‘壹’ RStudio Tour
安装RStudio之后，让我们对她进一步的熟悉。
1. 象限
RStudio有四个象限，每一个象限代表不同的功能，当你第一次打开RStudio, 你应该看到如下界面：
2. RStudio的主界面
你可能会错过左上象限，取而代之的是屏幕左侧只有一个区域，控制台——如果是这种情况，转到File> New File> R Script；现在它应该如下图所示了。您可以通过将鼠标悬停在象限之间的空间上并单击拖动分隔符来调整各部分的大小，从而更改每个象限的大小。我们将逐一介绍每个区域，并描述它们的一些主要功能。不可能涵盖RStudio可以做的所有事情，所以我们建议您也自己去探索RStudio！
3. 菜单栏
菜单栏横跨屏幕顶部，应该有两行。第一行应该是一个相当标准的菜单，从File和Edit开始。下面是一排图标，它们是您将经常使用的功能的快捷方式。
4. 主菜单栏中的常用选项
首先，让我们浏览一下您将使用的菜单栏的主要部分。第一个是File菜单。在这里，我们可以打开新建或已保存的文件，打开新建或已保存的项目(我们以后会有关于R项目的更多课程，请继续关注!)，保存当前的文档或关闭RStudio。如果您将鼠标移到新文件上，将出现一个新菜单，提示您可以使用的各种文件格式。R Script和R Markdown文件是最常见的文件类型，但你也可以生成R笔记本、网络应用、网站或幻灯片演示。如果您单击其中任何一个，Source象限中的一个新选项卡将打开。
5. 会话菜单
会话菜单有一些特定于R的功能，在这些功能中，你可以重启、中断或终止R——如果R不正常或卡住了，你想停止它正在做的事情并从头开始，这些功能会很有帮助。
6. 工具菜单
工具菜单是一个宝库的功能，供您探索。您可以在这里安装新软件包、设置版本控制软件、设置RStudio外观和功能的选项和首选项。现在，我们将不讨论这个问题，但是当您对RStudio有了更多的经验之后，一定要自己探索这些菜单，看看可以修改什么来最适合您的偏好。
7. 控制台
您应该对这个区域很熟悉——当您打开RGui时，会看到控制台。在这里输入和执行命令，并显示所述命令的输出。
来执行你的第一道命令，>1+5，然后回车键，你可以看到输出结果6
8. 环境/历史
单击“Titanic”行上的任何地方，Source象限上将出现一个新的选项卡，显示您创建的矩阵。在R中创建的任何数据格式或矩阵都可以在RStudio中以这种方式查看。
9. 文件、图形、包、帮助和查看器
我们将看到的最后一个区域位于RStudio窗口的右下角。在这个象限中，顶部有五个选项卡:文件、图形、包、帮助和查看器。
在文件中，您可以看到当前工作目录中的所有文件。如果这不是您希望保存或检索文件的地方，您还可以使用最右边的省略号在此选项卡中更改当前工作目录，找到所需的文件夹，然后在“More”齿轮下，将这个新文件夹设置为工作目录。
10. 当你需要查看包的功能和使用方法，帮助键是一个不错的选择。
后台回复RStudio，会提供一份RStudio快捷键的详细目录。
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‘贰’ 创建一个新工程Rstudio中如何找回之前的脚本
创建一个工程sayHello
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创建sayHello.R的脚本
编辑sayHello.Rd的文档
‘叁’ rstudio怎么进行数据去重
下载安装：R语言和它的UI界面非常安装比较简单，这里就不重复描述了，只需要到R的官网上，对应自己电脑的操作系统下载对应的版本即可。R提供window、linux和MAC OS X版本，对应下载即可，如笔者的是普通的window 32位。网络R官网，左上角的download，选择合适的镜像。如果找不到下载安装，那就不适合继续学习R语言了。
安装好之后，我们打开R界面，可以看到，R的界面非常简洁，只有一个菜单栏,和一个默认新建的R Console 控制台。
R Console 控制台的使用：我们可以在R Console 控制台内输入脚本进行运算、绘图和分析、如我们输入运算：1+2，按回车键。可以看到系统在下一行内弹出了一个3，有点类似于cmd的操作。
我们也可以对编辑脚本，打开文件--新建--new script，可以在弹出的R编辑器--R Editor中进行编辑录入脚本的操作，编辑完毕可以进行保存和读入等一系列操作
从上面的界面和操作可以看出，单单使用R自带的gui界面，难以进行方便快捷的操作，因此我们需要使用到R的辅助UI软件RStudio。同样地我们安装好并打开它。我们看到RStudio界面比R自身内容丰富很多，整个界面切成多个模块进行同步操作显示，脚本区、控制台区、文件区非常清晰易用。
同样的，我们操作1+2、1+3的运算，可以在脚本区编辑录入1+2，回车下一行继续录入1+3，这时我们看到编辑区有两行代码，证明这个区域与运行区是分离的，可以方便我们自由地编写修改脚本。
如果我们需要运行刚才编辑的两行脚本，我们可以选中它，按Ctrl+回车即可进行运行，选中1行则执行一行，选中全部则执行全部。这里操作运算了3次，对应不同的运算结果显示在了编辑区下方的控制台Console 区域。同样地，我们可以对这类脚本进行保存、打开重编辑、运行等一系列操作
‘肆’ r语言如何运行脚本
rstudio可以运行脚本，脚本文件格式一般为rscript，打开脚本，选择程序，点击run按钮即可运行。
‘伍’ r studio中save什么意思
RStudio的左上角是脚本编辑窗口，编写好代码之后点击Run按钮运行即可。如果选中某几行代码点击Run，则只运行着几行代码。
新脚本文件建立: File-New File-R Script命令。
Source on Save：自动保存，最好勾上。
中间的发光棒包含多个功能，可以尝试用用
初步学习RStudio的使用
左下角是一个Rgui编辑器，可以写代码，也能显示运行结果。
初步学习RStudio的使用
右上角的History是运行的历史纪录界面。
To Console是将选择的代码送到左下角的操作平台运行。
To Source是将代码送到左上角的光标位置。
初步学习RStudio的使用
右上角的Environment，Save可以保存当前工作区；Import Dataset则是导入数据作为数据集；Clear可以将当前工作区的所有变量和函数清除干净。
初步学习RStudio的使用
右下角功能较多，展示如图。
‘陆’ RStudio中untitled中输入代码,一直弹出save file 的提示。很烦
这是在RStudio中语句没有编辑完的情况，
1.直接键盘按Esc键退出就可以把+号去掉，恢复正常的编辑状态，
2.清屏用快捷键Ctrl+L 就可以清除所有编辑的语句。
‘柒’ R语言细节汇总
开始一个新的R语言数据分析新项目，管理脚本、图片、文件的推荐方式：打开Rstudio，新建Rproject，新建脚本（脚本存放在生成的Rproject文件夹中）。
若要逆着优先顺序操作，将返回NA
x %in%y是判断x中的每一个元素是否在y中存在。
若x和y长度不一致，返回x个TRUE或者FALSE。
⚠️练习：按如下方式生成test数据框，提取test中，最后一列值为a或c的行，组成一个新的数据框，赋值给test2。
这里如果使用==来判断，就相当于拿test$n的15个值与c('a','c')的2个值来一一对应着比对，因为两者长度不同，会发生循环补齐，其效果如下图，明显不是我们想要的结果。
x%in%y：选出x是y中一个值时的所有行
另：取交集、差集、并集的函数为：intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)
match函数的用法参考： https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296
使用match函数修改矩阵的信息
方法1--设置CRAN镜像：打开R studio，点击tools--global option--packages，选择Package CRAN reposotory。
方法2--设置CRAN和bioconctor镜像
用于读取/导出文件的R包
rio可以不用区分读入文件类型，大部分文件可直接用import()读取。
@ 是R中，S4类的一个操作符， 用于提取S4对象中的内容（slot） ，比如：
这个时候$是不起作用的，因为被S4类重写了。可以自己定义$的行为。
⚠️： matrix不能直接用$取列
⚠️因此如果想取数据框中的部分行，在方括号中直接输入行数即可，返回的仍然是数据框。但如果加了逗号，会丧失数据框的格式，也就是会使数据框的行名（往往是基因名）丢失。
后面存图时可以用paste0连接GSE编号和图片类型及后缀，这样不同数据的分析得到的图片名就跟数据相一致。
通过将变量因子化来设置柱条的顺序
‘捌’ rstudio方法被覆盖怎么解决
删除不需要的R软件的安装目录，仅留下所需版本的目录即可。
打开RS选择磁盘然后选择你要恢复的磁盘右击扫描扫描完成后，选择你需要的目录进行拷贝导出。
使用rstudio可以打开RStudio软件后，进入软件的主界面，软件的左上角是脚本编辑窗口，您可以在这个窗口中编写代码，您可以点击点击Run按钮就可以运行您编写好的代码了。软件左下角是一个Rgui编辑器，在这个编辑中您既可以代码，也可以显示运行。RStudio软件右上角的History是运行的历史纪录界面。ToConsole是将选择的代码送到左下角的操作平台运行。ToSource是将代码送到左上角的光标位置。右上角的Environment，Save可以保存当前工作区。ImportDataset则是导入数据作为数据集。Clear可以将当前工作区的所有变量和函数清除干净。