A. 引物设计必须从序列的最前端开始吗
目的基因一般都上万bp,两头开始。
这个问题很简单,扩增序列应该称为目的基因,目的基因一般都上万bp,从两头开始当然不合适。PCR扩增只能扩增出上下游引物之间的序列,因为只有引物之间的DNA双链是解链状态的。
看引物设计的位置在哪里了,一般来说扩增的片段都是两条引物中间的那段模板。
你用扩增的引物测序的话,最好是双向测序。或者,重新合成引物进行测序会比较好,测序引物的纯化要求较高,而且引物片段不能大于20多个bp。
B. 如何将后台传来的json反序列化为前端具体对象
//jQuery方式var obj = $.parseJSON(json);....//evalvar obj = eval("("+json+")");//下载json2.jsvar obj = JSON.parse(json);
C. 关于多聚核糖体 第一个核糖体识别前端的SD序列 后面接上去的核糖体如何识别mRNA
不是这样理解的.
核糖体都是从mRNA的SD序列开始识别的.然后随着翻译的进行,离开SD序列,核糖体逐渐向下游移动,合成多肽链.紧随其后的核糖体又可以继续识别SD序列了.
核糖体,识别SD序列后,是会沿着mRNA移动的,就让出了SD序列,不是一直结合着SD序列的.就这样,随着每个核糖体向下游移动翻译多肽链,结合的核糖体就越来越多,形成多聚核糖体.
D. RNA-seq名词解释(1)
RNA-seq即 转录组测序 技术,就是用 高通量测序 技术进行测序分析,反映出mRNA,smallRNA,noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。RNA测序最经常用于分析差异表达基因(DEG)。
转录组 是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及 基因结构 ,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
gene :具有编码蛋白质或决定某一性状作用的一段核酸序列。
Q20,Q30 :Phred 数值大于 20、30 的碱基占总体碱基的百分比,其中
Phred=-10log10(e).
intron :内含子,是真核生物细胞 DNA 中的间插序列。这些序列被
转录在前体 RNA 中,经过剪接被去除,最终不存在于成熟 RNA 分
子中。术语内含子也指编码相应 RNA 内含子的 DNA 中的区域。
exon :外显子,是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。外显子是最后出现在成熟 RNA 中的基因序列,又称表达序列。既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的 RNA 分子中的核苷酸序列。术语外显子也指编码相应 RNA 外显子的 DNA 中的区域。
intergenic :基因间区,指基因与基因之间的间隔序列,不属于基因结构,不直接决定氨基酸,可能通过转录后调控影响性状的区域。
UTR :Untranslated Regions, 非翻译区域。是信使 RNA(mRNA)分子两端的非编码片段。5'-UTR 从 mRNA 起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至 AUG 起始密码子,3'-UTR 从编码区末端的终止密码子延伸至多聚 A 尾巴(Poly-A)的前端。
transcript :转录本,是由一条基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的 mRNA。一条基因通过内含子的不同剪接可构成不同的转录本。
isoform :同一个基因经可变剪切或内含子选择机制产生不同的转录本,这些不同转录本即称 isoform。 reconstruction:重组,由于不同 DNA 链的断裂和连接而产生 DNA片段的交换和重新组合,从而形成新 DNA 分子。plus strand/minus strand:正链/负链。对于一个基因来说,DNA 的两条链中有一条链作为 RNA 合成时的模板,这条链叫负链,另一条叫正链。
antisense strand/sense strand :无义链/有义链。模板链在双链 DNA中,用来转录 mRNA 的 DNA 链称为模板链(template strand),不用于转录的链则称为非模板链(nontemplate strand)。根据碱基互补配对原则,转录出的 mRNA 链的碱基序列与非模板链的碱基序列一致,惟一不同的是,非模板链中的 T 在 mRNA 链中全部置换成了 U。正是由于非模板链的碱基序列实际上代表了 mRNA 的碱基序列(只不过在 mRNA 中 T 换成了 U),因此非模板链又被称为编码链(coding strand),有义链(sense strand)和克里克链(crick strand),而用来转录mRNA 的 DNA 链被称为非编码链(anticoding strand)或无义(antisense strand)或沃森链(watson strand)。
gene family :基因家族。真核细胞中,许多相关的基因常按功能成套组合,被称为基因家族。它们来源于同一祖先,由一个基因通过基因重复产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似性,编码相似的蛋白质产物。
gtf/gff :基因结构注释文件。gtf(gene transfer format)指包含基因特
征的注释文件,而 gff(general feature format)是指包含基因组特征
的注释文件。
ORF :open reading frame,开放阅读框或开放读码框。是结构基因的正常核苷酸序列,从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的
多肽链,其间不存在使翻译中断的终止密码子。
reference genome/ reference :参考基因组。RNA-seq 有参分析的基础。
small RNA :是长度大约在 18-30bp 的非编码 RNA 分子,包括 micro RNAs、siRNAs 和 pi RNAs,是生命活动重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要作
用。
ncRNA :non-coding RNA,非编码 RNA。指不编码蛋白质的 RNA。其中包括 rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和 microRNA 等多种已知功能的 RNA,及未知功能的 RNA。其共同特点是都能从基因组上转录而来,不需要翻译成蛋白即可在 RNA 水平上行使各自的生物学功能。
lncRNA :long noncoding RNA,长链非编码 RNA。长度在 200-100000nt之间,不具有编码蛋白功能的转录本。根据与编码基因的位置关系可分为:Antisense lncRNA (反义长非编码 RNA)、Intronic lncRNA (内含子长非编码 RNA)、Long intergenic noncoding RNA (基因间区长非编码 RNA)、Sense lncRNA(正义长非编码 RNA)、Bidirectional lncRNA(双向长非编码 RNA)。
参考链接:
RNA-seq_网络 (.com)
E. Web前端工程师应该知道的提高JavaScript技能的技巧!
今天小编要跟大家分享的文章是关于Web前端工程师应该知道的提高JavaScript
技能的技巧!熟悉web前端工作的小伙伴都知道,JavaScript是前端工程师的必备技能。JavaScript
是一种复杂的语言。如果是你是高级或者初级web开发人员,了解它的基本概念非常重要。本篇文章小编就为大家介绍几种提高JavaScript
技能的技巧,下面让我们一起来看一看吧!
01、变量赋值(值vs引用)
理解JavaScript如何给变量赋值可以帮助我们减少一些不必要的bug。如果你不理解这一点,可能很容易地编写被无意中更改值的代码。
JavaScript总是按照值来给变量赋值。这一部分非常重要:当指定的值是JavaScript的五种基本类型之一(即
Boolean,null,undefined,String和Number)时,将分配实际值。但是,当指定的值是
Array,Function或Object时,将分配对内存中对象的引用给变量。
在以下代码段中,使用var1对var2进行赋值。由于var1是基本类型(String),因此var2的值等于var1的String
值,并且可以认为此时与var1完全不同。因此,重新赋值var2对var1没有影响。letvar1='Mystring'
letvar2=var1;
var2='Mynewstring'
console.log(var1);
//'Mystring'
console.log(var2);
//'Mynewstring'
接着,与对象赋值进行比较。letvar1={name:'Jim'}
letvar2=var1;
var2.name='John'
console.log(var1);
//{name:'John'}
console.log(var2);
//{name:'John'}
如果你期望它会像原始类型赋值那样,很可能会出问题!如果你创建了一个无意中会改变对象的函数,就会出现一些非预期的行为。
02、闭包
闭包是一个重要的JavaScript模式,可以私有访问变量。在本例中,createGreeter返回一个匿名函数,这个函数可以访问参数
greeting(在这里是“Hello”)。在后续的调用中,sayHello将有权访问这个greeting!functioncreateGreeter(greeting){
returnfunction(name){
console.log(greeting+','+name);
}
}
constsayHello=createGreeter('Hello');
sayHello('Joe');
//Hello,Joe
在更真实的场景中,你可以设想一个初始函数apiConnect(apiKey),它返回一些使用APIkey的方法。在这种情况下,apiKey
只需要提供一次即可。functionapiConnect(apiKey){
functionget(route){
returnfetch(`${route}?key=${apiKey}`);
}
functionpost(route,params){
returnfetch(route,{
method:'POST',
body:JSON.stringify(params),
headers:{
'Authorization':`Bearer${apiKey}`
}
})
}
return{get,post}
}
constapi=apiConnect('my-secret-key');
//
api.get('#/get-endpoint');
api.post('#/post-endpoint',{name:'Joe'});
03、解构
JavaScript参数解构可以从对象中干中提取所需属性的常用方法。constobj={
ame:'Joe',
food:'cake'
}
const{name,food}=obj;
console.log(name,food);
//'Joe''cake'
如果要以其他名称提取属性,可以使用如下方式:constobj={
ame:'Joe',
food:'cake'
}
const{name:myName,food:myFood}=obj;
console.log(myName,myFood);
//'Joe''cake'
解构经常也用于直接用于提取传给函数的参数。如果你熟悉React,可能已经见过这个:constperson={
ame:'Eddie',
age:24
}
functionintroce({name,age}){
console.log(`I'm${name}andI'm${age}yearsold!`);
}
console.log(introce(person));
//"I'mEddieandI'm24yearsold!"
04、展开运算
ES6的一个常用之一的特性就是展开(...)运算符了,在下面的例子中,Math.max不能应用于arr
数组,因为它不将数组作为参数,但它可以将各个元素作为参数传入。展开运算符...可用于提取数组的各个元素。constarr=[4,6,-1,3,10,4];
constmax=Math.max(...arr);
console.log(max);
//10
05、剩余参数
剩余参数语法和展开语法看起来的一样的,不同的是展开语法是为了结构数组和对象;而剩余参数和展开运算符是相反的,剩余参数收集多个元素合成一个数组。functionmyFunc(...args){
console.log(args[0]+args[1]);
}
myFunc(1,2,3,4);
//3
restparameters和arguments的区别
1.arguments是伪数组,包含所有的实参
2.剩余参数是标准的数组,可以使用数组的方法
06、数组方法
JavaScript数组方法通常可以提供令人难以置信的、优雅的方法来执行所需的数据转换。作为StackOverflow
的贡献者,我经常看到关于如何以某种方式操纵对象数组的问题,这往往也是数组方法的完美用例。
map、filter、rece
JavaScript数组方法map、filter和rece容易混淆,这些都是转换数组或返回聚合值的有用方法。
map:返回一个数组,其中每个元素都使用指定函数进行过转换。constarr=[1,2,3,4,5,6];
constmapped=arr.map(el=>el+20);
console.log(mapped);
//[21,22,23,24,25,26]
filter:返回一个数组,只有当指定函数返回true时,相应的元素才会被包含在这个数组中。constarr=[1,2,3,4,5,6];
constfiltered=arr.filter(el=>el===2||el===4);
console.log(filtered);
//[2,4]
rece:按函数中指定的值累加constarr=[1,2,3,4,5,6];
constreced=arr.rece((total,current)=>total+current);
console.log(reced);
//21
find,findIndex,indexOf
find:返回与指定条件匹配的第一个实例,如果查到不会继续查找其他匹配的实例。constarr=[1,2,3,4,5,6,7,8,9,10];
constfound=arr.find(el=>el>5);
console.log(found);
//6
再次注意,虽然5之后的所有元素都满足条件,但是只返回第一个匹配的元素。当你发现匹配项时,通常会中断for循环,在这种情况下,这实际上非常有用。
findIndex:这与find几乎完全相同,但不是返回第一个匹配元素,而是返回第一个匹配元素的索引。constarr=['Nick','Frank','Joe','Frank'];
constfoundIndex=arr.findIndex(el=>el==='Frank');
console.log(foundIndex);
//1
indexOf:与findIndex几乎完全相同,但它不是将函数作为参数,而是采用一个简单的值。
当w你需要更简单的逻辑并且不需要使用函数来检查是否存在匹配时,可以使用此方法。
constarr=['Nick','Frank','Joe','Frank'];
constfoundIndex=arr.indexOf('Frank');
console.log(foundIndex);
//1
push,pop,shift,unshift
push:这是一个相对简单的方法,它将一个项添加到数组的末尾。它就地修改数组,函数本身会返回添加到数组中的项。
letarr=[1,2,3,4];
constpushed=arr.push(5);
console.log(arr);
//[1,2,3,4,5]
console.log(pushed);
//5
pop:这将从数组中删除最后一项。同样,它在适当的位置修改数组,函数本身返回从数组中删除的项。
letarr=[1,2,3,4];
constpopped=arr.pop();
console.log(arr);
//[1,2,3]
console.log(popped);
//4
shift:从数组中删除第一项。同样,它在适当的位置修改数组。函数本身返回从数组中删除的项。
letarr=[1,2,3,4];
constshifted=arr.shift();
console.log(arr);
//[2,3,4]
console.log(shifted);
//1
unshift:将一个或多个元素添加到数组的开头。同样,它在适当的位置修改数组。与许多其他方法不同,函数本身返回数组的新长度。
letarr=[1,2,3,4];
constunshifted=arr.unshift(5,6,7);
console.log(arr);
//[5,6,7,1,2,3,4]
console.log(unshifted);
//7
splice,slice
splice:通过删除或替换现有元素和/或添加新元素来更改数组的内容,此方法会修改了数组本身。
下面的代码示例的意思是:在数组的位置1上删除0个元素,并插入b。
letarr=['a','c','d','e'];
arr.splice(1,0,'b')
slice:从指定的起始位置和指定的结束位置之前返回数组的浅拷贝。如果未指定结束位置,则返回数组的其余部分。
重要的是,此方法不会修改数组,而是返回所需的子集。
letarr=['a','b','c','d','e'];
constsliced=arr.slice(2,4);
console.log(sliced);
//['c','d']
console.log(arr);
//['a','b','c','d','e']
sort
sort:根据提供的函数对数组进行排序。这个方法就地修改数组。如果函数返回负数或0,则顺序保持不变。如果返回正数,则交换元素顺序。
letarr=[1,7,3,-1,5,7,2];
constsorter=(firstEl,secondEl)=>firstEl-secondEl;
arr.sort(sorter);
console.log(arr);
//[-1,1,2,3,5,7,7]
07、Generators(生成器)
生成器是一种特殊的行为,实际上是一种设计模式,我们通过调用next()方法来遍历一组有序的值。想象一下,例如使用遍历器对数组[1,2,3,4,5]进行遍历。第一次调用next()方法返回1,第二次调用next()方法返回2,以此类推。当数组中的所有值都返回后,调用next()方法将返回null或false或其它可能的值用来表示数组中的所有元素都已遍历完毕。
function*greeter(){
yield'Hi'
yield'Howareyou?'
yield'Bye'
}
constgreet=greeter();
console.log(greet.next().value);
//'Hi'
console.log(greet.next().value);
//'Howareyou?'
console.log(greet.next().value);
//'Bye'
console.log(greet.next().value);
//undefined
使用生成器生成无限个值:
function*idCreator(){
leti=0;
while(true)
yieldi++;
}
constids=idCreator();
console.log(ids.next().value);
//0
console.log(ids.next().value);
//1
console.log(ids.next().value);
//2
//etc...
08、恒等运算符(===)与相等运算符(==)
大家一定要知道JavaScript中的恒等运算符(===)和相等运算符(==)之间的区别!
==运算符在比较值之前会进行类型转换,而===运算符在比较之前不会进行任何类型转换。
console.log(0==Ɔ');
//true
console.log(0===Ɔ');
//false
09、对象比较
我看到JavaScript新手所犯的错误是直接比较对象。变量指向内存中对象的引用,而不是对象本身!实际比较它们的一种方法是将对象转换为JSON
字符串。这有一个缺点:对象属性顺序不能保证!比较对象的一种更安全的方法是引入专门进行深度对象比较的库(例如,lodash的isEqual)。
下面的对象看起来是相等的,但实际上它们指向不同的引用。
constjoe1={name:'Joe'};
constjoe2={name:'Joe'};
console.log(joe1===joe2);
//false
相反,下面的计算结果为true,因为一个对象被设置为与另一个对象相等,因此指向相同的引用(内存中只有一个对象)。
constjoe1={name:'Joe'};
constjoe2=joe1;
console.log(joe1===joe2);
//true
相反,以下计算结果为true,因为一个对象设置为等于另一个对象,因此指向相同的引用(内存中只有一个对象)。
constjoe1={name:'Joe'};
constjoe2=joe1;
console.log(joe1===joe2);
//true
10、回调函数
很多人都被JavaScript回调函数吓倒了!他们很简单,举个例子。console.log函数作为回调传递给myFunc。
它在setTimeout完成时执行。
functionmyFunc(text,callback){
setTimeout(function(){
callback(text);
},2000);
}
myFunc('Helloworld!',console.log);
//'Helloworld!'
11、Promises
一旦你理解了JavaScript回调,很快就会发现自己陷入了“回调地狱”中。这个时候可以使用promise,将异步逻辑包装在promise
中,成功时resolve或在失败时reject使用“then”来处理成功的情况,使用catch来处理异常。
constmyPromise=newPromise(function(res,rej){
setTimeout(function(){
if(Math.random()<0.9){
returnres('Hooray!');
}
returnrej('Ohno!');
},1000);
});
myPromise
.then(function(data){
console.log('Success:'+data);
})
.catch(function(err){
console.log('Error:'+err);
});
//IfMath.random()returnslessthan0.9thefollowingislogged:
//"Success:Hooray!"
//IfMath.random()returns0.:
//"Error:Onno!"
12、Async/Await
在掌握了promise的用法后,你可能也会喜欢asyncawait,它只是一种基于promise
的“语法糖”。在下面的示例中,我们创建了一个async函数,并awaitgreeterpromise。
constgreeter=newPromise((res,rej)=>{
setTimeout(()=>res('Helloworld!'),2000);
})
asyncfuncti
F. JQuery的post提交方式为什么要序列化,而Get提交方式就不用序列化做了什么
这是因为后台能够直接处理的数据格式,是一种经过序列化的键值对数据,比如前端要向后台提交三个参数,分别是a=1,b=2,c=3,那么后台接收到的数据就应该是a=1&b=2&c=3(可以看到其实就是每个“键值对”之间用&连接)。当我们用get方式提交数据时,参数是直接附加到url后面的,即
xxx.xxx这是域名此略.xxx?a=1&b=2&c=3
可以看到?后面的正是后台程序能够直接处理的数据格式,所以get方式提交数据的话,就不需要再对参数进行序列化处理了,直接提交即可。
而当我们用post方式提交时,通常我们提交的数据本身就是一个json对象,比如说像这样的:
var data = {a:1, b:2, c:3};
而提交时数据是直接以原始格式存储在body中而不是以键值对的方式附加到url中的,所以后台程序是无法直接识别的,这时候就需要在提交前先把data转换为 a=1&b=2&c=3 的格式再提交,这就是序列化。
当然,如果数据是通过表单提交的,那么不管是post方式还是get,浏览器会自动进行序列化,无需前端js再做任何处理。
G. jquery或js前端提交数据的几种方式
1.jquery提交数据的方式:
(1)第一种jquery序列化提交数据方式:
通过id获取的form表单元素.serialize();
(2)第二种模拟form表单提交元素:
$('#form表单id').attr('method','post');
$('#form表单id'').find('input[name="type"]').val(test);
$('#form表单id').find('input[name="dfrom_to1"]').val(dfrom_to);
$('#form表单id').find('input[name="gt_road_new"]').val(gt_road);
$('#form表id').attr('action',AdminLTE.ctx+'/moles/ltegt/findAllCoverAndInterfere.do');
$('#analysisForm').submit();
2.js提交数据的方式:
(1).js提交表单( .submit()方法提交表单 )
function doSearch(){
var action ="<%=path%>/User_queryAllUser";
document.all.form.action = action;
document.all.form.submit();}
(2).js替代超链接( window.location.href )
<input type="button" id="modify" value="修改工号" οnclick="modifyEmp(${ myList.employeeId })">
//js不能起名为modify,为敏感关键字
function modifyEmp( employeeId ){
//employeeId 作为js的参数传递进来
window.location.href = '<%=path%>/User_openUserUpdate?employeeId='+employeeId;
H. 利用PCR技术的前提是要有一段已知目的基因的核苷酸序列,一端已知目的基因的核苷酸序列是什么意思
DNA的合成前端必须是有一小段序列,接着这段序列合成,而不能凭空合成。它前面这一小段序列就是你所要有设计的引物,也就是“一段已知目的基因的核苷酸序列”.需要根据你的模板链设计。因此,扩增不同的基因需要设计不同的引物。
I. 建设银行前端序列错误
浏览器设置问题,您重设置一下浏览器试试看,(点击IE浏览器的"工具菜单"-internet选项-高级选项卡-重置按键,重置完成后重启浏览器。
浏览器安全设置级别较高,插件被拦截了,您交易过程中注意浏览器上方或下方有没有弹出阻止加载项之类的,如果有您点击加载或在所有网站运行即可。
在出现问题的界面点击浏览器的“工具菜单”-“兼容性视图设置”;在弹出的窗口中点击“添加”按键,此时会把建行的网站添加进去,添加完成后点击“关闭”按键,然后刷新网页再重新登陆即可。
程序错误是指在软件运行中因为程序本身有错误而造成的功能不正常、死机、数据丢失、非正常中断等现象。系统程序错误是指系统程序本身有错误而造成的功能不正常、死机或中断等现象。有些系统程序错误会造成计算机安全隐患,此时叫做系统漏洞。
J. PCR引物是什么
聚合酶链式反应简称PCR(Polymerase Chain Reaction) (又称:多聚酶链式反应) PCR是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变性、低温退火(复性)及适温延伸等反应组成一个周期,循环进行,使目的DNA得以迅速扩增,具有特异性强、灵敏度高、操作简便、省时等特点。
它不仅可用于基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究,还可用于疾病的诊断或任何有DNA,RNA的地方。PCR又称无细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。
(10)前端序列合成扩展阅读:
PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:
模板DNA的变性
模板DNA经加 热至93℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;
模板DNA与引 物的退火(复性)
模板DNA经加热变性成单链后,温度降至55℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;
引物的延伸
DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链,重复循环变性--退火--延伸三过程,就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。
每完成一个循环需 2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。到达平台期(Plateau)所需循环次数取决于样品中模板的拷贝。
参考资料来源:
网络-PCR扩增