❶ 如何分析一个mirna的调控基因
虽我做我知道相关软件算用于预测microRNA靶基比mirBase类比较用基miRNA数据库叫tarbase面基跟mirna应数据查查
❷ tarbase v.8数据库使用方法
根据给出相关的文献，组织类型，检验的方法等数据可以检验数据库。
可以同时输出miRNA和gene, 也可以只输入其中一种进行检索。输入的miRNA名称需要符合mirBase数据库中的miRNA名字的格式，对于gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID两种格式。
❸ 分析miRNA的数据库都有哪些
1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是着名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
❹ miRBase 中收录的miRNA都是实验验证的吗
显然不是。
miRBase中的miRNA很大一部分是计算预测得到的。
每一条miRNA记录页面都有显示该miRNA的文献来源，是否是实验发现的自然很容易判断，看Evidence即可。
在deep sequencing流行之后，miRBase增长速度明显加快，不可靠的信息也逐渐多起来了。这也是为什么随着版本升级一些miRNA会dead或者modified的原因。当然，实验手段也不见得完全可靠。
❺ 求个肺癌相关 miRNA数据库，最好是中文的，求个链接
以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：
（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。
（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
（5） targetScan:
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。
（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。
（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site
accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：
（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。
（9） miRanda和microRNA.org：是着名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright
实验室开发的microRNA靶标数据库。
（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。
（12） miRGator
v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。
（14） miRDB:
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。
（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。
（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。
（17） Targetfinder:
使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。
（18） miRU, psRNATarget:
一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。
（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。
（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。
❻ 如何预测调控一个基因的microRNA，请高手指教~~~
虽然我不做这个，但是我知道有相关的软件，算法用于预测microRNA的靶基因，比如mirBase之类的。有个比较常用的基因miRNA数据库叫tarbase，里面就有基因跟mirna的对应数据，你可以去查查。
❼ lncRNA和microRNA、smallRNA的关系
你说的这三类都是非编码RNA，不编码蛋白质。 smallRNA一般指用来描述细菌中发现的那些微小RNA，不过也被用于描述其他物种的非编码RNA，比如microRNA，siRNA，snoRNA等等，一般长度在20-30个核苷酸。microRNA属于smallRNA的一种，长度在22个核苷酸左右，通过靶向靶基因的3‘UTR抑制或者降解靶基因的表达，从而达到调控基因表达的目的。lncRNA是最近才火起来一类非编码RNA，长度大于200个核苷酸，作用机制尚不太十分明确。 目前已经有很多成熟的数据库来存储这些非编码RNA，比如mirbase，tarbase，lncRNAdb，lncipedia等等，你可以去这些数据库查找你想要的信息。
希望能帮到你。。
❽ IL-6受到miRNA的调控吗
这个可以给你指出几条途径： 首先你可以到pubmed数据库中查询有没有相关的miRNA来调控IL-6，我看了下这个是有的比如miR-17-92 cluster，miR-98，miR-26等等。然后你还可以到一些miRNA与其靶基因的数据库比如miRTarbase，tarbase这些，这个我就没有去查了。最后一个你还可以通过比如miranda，targetscan这些预测算法自己去预测，然后进行实验验证。。
❾ miRNA构建在质粒上是用miRNA的什么序列，cDNA还是在染色体上的基因序列，在什么地方查
MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，目前发现的数量就那么几条，从基因组DNA上转录下来，经过两次剪接，成为成熟的MiRNA。
给你三个数据库和软件：
miRbase：microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。
Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。
❿ Targetscan软件预测靶基因，是不是越靠前的，可能性越大
MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，目前发现的数量就那么几条，从基因组DNA上转录下来，经过两次剪接，成为成熟的MiRNA。给你三个数据库和软件：miRbase：microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。 Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。