‘壹’ 求个肺癌相关 miRNA数据库，最好是中文的，求个链接
以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，中文的暂时没有这种数据库吧，下面第一个基本就够用的了：
（1） miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。
（2） starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
（3） Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
（4） miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
（5） targetScan:
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。
（6） PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。
（7） PITA：基于靶位点的可接性（target-site
accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：
（8） RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。
（9） miRanda和microRNA.org：是着名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright
实验室开发的microRNA靶标数据库。
（11） miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。
（12） miRGator
v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
（13） MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。
（14） miRDB:
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。
（15） RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。
（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。
（17） Targetfinder:
使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。
（18） miRU, psRNATarget:
一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。
（19） CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。
（20） Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。
‘贰’ 分析miRNA的数据库都有哪些
1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
6、targetScan
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是着名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
16、RNAhybrid
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
‘叁’ 如何使用miranda进行mirna进行靶基因预测
如何使用miranda进行mirna进行靶基因预测
目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物，然后开展深度测序以鉴定发现的RNA，这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用这种方法来寻找miRNA的靶基因，能够明显降低miRNA结合位点的假阳性预测率，并且缩小miRNA结合位点的空间范围，可在全基因组范围内鉴定AGO蛋白与不同RNA上的结合。
Clontech公司（Takara旗下）也推出了一种新工具，能协助鉴定细胞中的miRNA靶点。这一工具名为MirTrap系统。它利用RISC蛋白的显性失活突变体，允许miRNA与其目标结合，但限制进一步的加工。此亚基整合到内源的Argonaute/RISC复合物中，并“锁定”miRNA-目标mRNA。显性失活亚基上的DYKDDDDK（FLAG表位）标签有助于整个Ago/RISC复合物的捕获和分离。这样就能实现miRNA及其目标的免疫沉淀，从而通过新一代测序或定量PCR来鉴定或定量。
‘肆’ 做miRNA的预测怎么从数据库选取已知的miRNA及其靶基因，新手求教，最好详细的说下操作步骤，多谢了
如果是要初步的筛选，最好用至少3个数据库进行预测，然后取共有的target gene进行下一步的验证，常用的数据库有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等
‘伍’ mirna靶基因预测的软件有哪些
免疫沉淀当然，确定miRNA与mRNA之间的互作，我们还有更直接的方法，那就是从实验上寻找物理相互作用。我们可以利用RNA诱导沉默复合物（RISC）中的Argonaut（AGO）蛋白的抗体进行免疫共沉淀（co-IP）。生物通 目前更先进的方法是通过紫外线照射以交联复合物，然后开展深度测序以鉴定发现的RNA，这种方法被称为紫外交联免疫沉淀结合高通量测序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用这种方法来寻找miRNA的靶基因，能够明显降低miRNA结合位点的假阳性预测率，并且缩小miRNA结合位点的空间范围，可在全基因组范围内鉴定AGO蛋白与不同RNA上的结合。现在有多家公司提供CLIP-seq服务，如锐博生物。 Clontech公司（Takara旗下）也推出了一种新工具，能协助鉴定细胞中的miRNA靶点。这一工具名为MirTrap系统。它利用RISC蛋白的显性失活突变体，允许miRNA与其目标结合，但限制进一步的加工。此亚基整合到内源的Argonaute/RISC复合物中，并“锁定”miRNA-目标mRNA。显性失活亚基上的DYKDDDDK（FLAG表位）标签有助于整个Ago/RISC复合物的捕获和分离。这样就能实现miRNA及其目标的免疫沉淀，从而通过新一代测序或定量PCR来鉴定或定量。
‘陆’ miRNA靶基因预测软件和miRNA靶点database的区别是什么
使用计算机预测植物miRNA靶基比较简单植物miRNA与靶基几乎完全互补配式结合预测需要复杂算预测物miRNA靶基则存定困难主要目前已知miRNA靶基及其确切靶点算编写没足够
‘柒’ 如何预测和鉴定miRNA的靶基因
用一些预测软件，例如TargetScan、miRDB等。
可以同时使用几个软件预测，挑选出重叠的靶标，进行靶标验证。一般预测的靶标都是3'UTR区有结合位点，因此通常使用双荧光素酶报告实验来证明是否真的是直接靶标。然后通过mimics、inhibitor处理，发现靶标确实发生了相应的变化则证明为直接靶标。
‘捌’ 哪个数据库能找到mirna已经被验证的靶基因
这里有一个软件：miRTarBae，不错！它整合实验证实的miRNA靶标的数据库。输入感兴趣的miRNA，即可找到验证了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！
目前自己的实验验证了10个miRNA,找到一个有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）
‘玖’ 想问一下有批量预测miRNA靶基因的网站或者软件吗
今天我们不介绍文章了，回答一个问题：批量miRNA的靶基因预测，不用代码怎么实现？
具体来说是这样的：有同学说在做数据分析的时候通过GEO的芯片分析找到了几十条显着差异的miRNA，想对这些miRNA进行靶基因预测，下面是22条举例的miRNA：
‘拾’ 怎么对多个miRNA同时进行靶基因预测
怎么对多个miRNA同时进行靶基因预测
miRNA通常位于基因间或者内含子区域，在细胞核内有RNA聚合酶Ⅱ转录产生具有帽子结构多聚腺苷酸尾巴的pri-miRNA。在核酸酶Drosha及其辅助因子Pasha的作用下，pri-miRNA被处理成70个核苷酸组成具有茎环结构的pre-miRNA，然后由Exportin 5等转运至细胞质。Dicer将pre-miRNA切割成约22nt的双链miRNA，双链miRNA讲解形成单链的成熟miRNA。成熟miRNA还需要与Argonaute蛋白等组装形成RNA诱导沉默复合体（RISC），RISC作用于特异mRNA的3’UTR，从而抑制翻译过程或者直接讲解mRNA。