⑴ PDB数据库怎么下载蛋白质的二级结构序列
蛋白质数据库是指包括蛋白质信息的数据库。常用的蛋白质数据库有很多，其中Uniprot被认为收录最广泛和注释信息最全面的蛋白质数据库。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，详见Uniprot_网络。其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。
⑵ 在NCBI中，如何获取一个物种的所有蛋白质序列和二级结构
我可以告诉你，那是不可以能的。一个物种所包含的蛋白质有多少种？NCBI中储存的数据是按照单个蛋白质序列贮存的，而且都只是序列，NCBI不是二级结构数据库，要找二级结构去PDB找，在说了，就算你找到了所有的某个物种的所有蛋白质序列，您也基本上不可能找到所有对应的二级结构，因为PDB中已经测定的二级结构于NCBI已经测序的序列，那简直就相差太多了。二级结构目前已经准确则需的大概1.3W中蛋白质，而NCBI中的序列数据的一个月增长速度也许都要比这个高。所以LZ所说的基本上是不可能的，主要是二级结构
⑶ PDB数据库网址是什么
http://www.uniprot.org/
新的“联合蛋白质数据库”预计在三年内建成，美国国家卫生研究所已决定为这项计划斥资1500万美元。这一全球性数据库有望在2003年年底初步在因特网上开放，各国研究人
员可通过访问其网址www.uniprot.org，免费获取信息。(新浪网 2002年11月01日)
蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB）是一个生物大分子，如蛋白质和核酸，的数据库。这些数据包括X光晶体衍射或者NMR核磁共振显示以及由全世界生物学家和生物化学家上传，在网上，它们可以通过PBD的会员组织（PDBe, PDBj, RCSB）免费获取。PDB是由一个叫做世界蛋白质数据库（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB）管理。PDB是结构生物（如结构基因组学）的一个关键性资源。大部分学术刊物，以及一些官方科研机构[如美国的国立卫生研究院（NIH）]，现在都要求科学家将它们研究的蛋白质、核酸结构上传到PDB
从PDB的网站上，可以通过蛋白质的编号查找到相应的3D结构，并可以将这个结构图下载到电脑中，通过PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑。 从PDB网站上下载的3D结构图的后缀名为.pdb。
⑷ 生物信息学中的常用的核酸二级数据库有哪些
常用的有microRNA数据库miRBase
PDB、NDB数据库，tRNA数据库，以及你想要的其他种类的RNA数据库。
其中PDB、NDB数据库比较权威，可靠性较高，也比较全面
⑸ 一级数据库和二级数据库的区别
1.数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释。
一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。
二级数据库:在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来,是对生物学知识和信息的进一步整理。人类基因组图谱库GDB、转录因子和
⑹ oracle pdb和cdb的区别
区别一：包含关系不同
1、PDB全称为Pluggable Database，即可插拔数据库
2、CDB全称为Container Database，中文翻译为数据库容器，一个数据库容器（CDB）承载多个可插拔数据库（PDB）
区别二：用户使用时存放位置不同
1、COMMON USERS(普通用户)：经常建立在CDB层，用户名以C##或c##开头；
2、LOCAL USERS(本地用户)：仅建立在PDB层，建立的时候得指定CONTAINER。
(6)pdb数据库二级扩展阅读
CDB组件（Components of a CDB）
ROOT组件
ROOT又叫CDB$ROOT, 存储着ORACLE提供的元数据和Common User,元数据的一个例子是ORACLE提供的PL/SQL包的源代码，Common User 是指在每个容器中都存在的用户。
SEED组件
Seed又叫PDB$SEED,这个是你创建PDBS数据库的模板，你不能在Seed中添加或修改一个对象。一个CDB中有且只能有一个Seed. 这个感念，个人感觉非常类似SQL SERVER中的model数据库。
PDBS
CDB中可以有一个或多个PDBS，PDBS向后兼容，可以像以前在数据库中那样操作PDBS，这里指大多数常规操作。
这些组件中的每一个都可以被称为一个容器。因此，ROOT(根)是一个容器，Seed(种子)是一个容器，每个PDB是一个容器。每个容器在CDB中都有一个独一无二的的ID和名称。
⑺ pdb的数据
蛋白质数据库（Protein Data Bank,PDB） 是一个生物大分子(如蛋白质和核酸)数据库, 内容包括由全世界生物学家和生物化学家上传的蛋白质或核酸的X光晶体衍射或者NMR核磁共振结构数据，这些数据可以通过PBD的会员组织（PDBe,PDBj,RCSB）免费获取。PDB是由世界蛋白质数据库（Worldwide Protein Data Bank,wwPDB）管理。PDB是结构生物学的关键性资源，大部分学术刊物，以及一些官方科研机构[如美国的国立卫生研究院（NIH）]，现在都要求科学家将它们研究的蛋白质、核酸结构上传到PDB。
从PDB的网站上，可以通过蛋白质的编号查找到相应的3D结构，并可以将这个结构图下载到电脑中，通过PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等软件查看、编辑。
从PDB网站上下载的3D结构图的后缀名为.pdb。
⑻ 蛋白质序列数据库包含哪些内容
蛋白质数据库
1. PIR和PSDPIR国际蛋白质序列数据库(PSD)是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。这是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库，包含超过142,000条蛋白质序列(至99年9月)，其中包括来自几十个完整基因组的蛋白质序列。所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。PSD的注释中还包括对许多序列、结构、基因组和文献数据库的交叉索引，以及数据库内部条目之间的索引，这些内部索引帮助用户在包括复合物、酶－底物相互作用、活化和调控级联和具有共同特征的条目之间方便的检索。每季度都发行一次完整的数据库，每周可以得到更新部分。
PSD数据库有几个辅助数据库，如基于超家族的非冗余库等。PIR提供三类序列搜索服务：基于文本的交互式检索；标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索GeneFIND等。
PIR和PSD的网址是：http://pir.georgetown.e/。
数据库下载地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。数据库由蛋白质序列条目构成，每个条目包含蛋白质序列、引用文献信息、分类学信息、注释等，注释中包括蛋白质的功能、转录后修饰、特殊位点和区域、二级结构、四级结构、与其它序列的相似性、序列残缺与疾病的关系、序列变异体和冲突等信息。SWISS-PROT中尽可能减少了冗余序列，并与其它30多个数据建立了交叉引用，其中包括核酸序列库、蛋白质序列库和蛋白质结构库等。
利用序列提取系统(SRS)可以方便地检索SWISS-PROT和其它EBI的数据库。
SWISS-PROT只接受直接测序获得的蛋白质序列，序列提交可以在其Web页面上完成。
SWISS-PROT的网址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。
3. PROSITE
PROSITE数据库收集了生物学有显着意义的蛋白质位点和序列模式，并能根据这些位点和模式快速和可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族。有的情况下，某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能的需要保留了与功能密切相关的序列模式，这样就可能通过PROSITE的搜索找到隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相关检索服务。
PROSITE的网址是：http://www.expasy.ch/prosite/。
4. PDB
蛋白质数据仓库(PDB)是国际上唯一的生物大分子结构数据档案库，由美国Brookhaven国家实验室建立。PDB收集的数据来源于X光晶体衍射和核磁共振(NMR)的数据，经过整理和确认后存档而成。目前PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织(RCSB)负责。RCSB的主服务器和世界各地的镜像服务器提供数据库的检索和下载服务，以及关于PDB数据文件格式和其它文档的说明，PDB数据还可以从发行的光盘获得。使用Rasmol等软件可以在计算机上按PDB文件显示生物大分子的三维结构。
RCSB的PDB数据库网址是：http://www.rcsb.org/pdb/。
5. SCOP
蛋白质结构分类(SCOP)数据库详细描述了已知的蛋白质结构之间的关系。分类基于若干层次：家族，描述相近的进化关系；超家族，描述远源的进化关系；折叠子(fold)，描述空间几何结构的关系；折叠类，所有折叠子被归于全α、全β、α/β、α＋β和多结构域等几个大类。SCOP还提供一个非冗余的ASTRAIL序列库，这个库通常被用来评估各种序列比对算法。此外，SCOP还提供一个PDB-ISL中介序列库，通过与这个库中序列的两两比对，可以找到与未知结构序列远缘的已知结构序列。
SCOP的网址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。
6. COG
蛋白质直系同源簇(COGs)数据库是对细菌、藻类和真核生物的21个完整基因组的编码蛋白，根据系统进化关系分类构建而成。COG库对于预测单个蛋白质的功能和整个新基因组中蛋白质的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某个蛋白质与所有COGs中的蛋白质进行比对，并把它归入适当的COG簇。COG库提供了对COG分类数据的检索和查询，基于Web的COGNITOR服务，系统进化模式的查询服务等。
COG库的网址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。
下载COG库和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。
⑼ PDB数据库怎么样
用过，如果对市场数据不是要求很高的话也没必要订这个数据库。主要查市场数据