Ⅰ 美国SEER数据库怎么获取 就是那个有很多癌症病人数据的数据库,可以做研究发文章的,不知道怎么获取
这个数据库是挺好的,美国人比我们做的更规范,癌症患者都登记在册,这个系统最早是用于保险数据分析,现在有很多SCI文章是基于这个数据库发表。也是国内学者寻求大数据支持的一个好地方。我也去找过,官方网站全英文太复杂了,你可以去Tao宝搜搜,有人愿意帮忙的。我花过点钱,还是比较方便的。节约一个月的时间。现在这方面的数据文章被引用的比较多,所以杂志社比较愿意收这个数据库的文章。
Ⅱ 求个肺癌相关 miRNA数据库,最好是中文的,求个链接
以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,中文的暂时没有这种数据库吧,下面第一个基本就够用的了:
(1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。
(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。
(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。
(5) targetScan:
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。
(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。
(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site
accessibility)和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址:
(8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。
(9) miRanda和microRNA.org:是着名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright
实验室开发的microRNA靶标数据库。
(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。
(12) miRGator
v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。
(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。
(14) miRDB:
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。
(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。
(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。
(17) Targetfinder:
使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。
(18) miRU, psRNATarget:
一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。
(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。
(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。
Ⅲ 临床数据需要共享+可以放在哪些公共数据库
摘要 美国国家癌症数据库(National Cancer Database, NCDB)是经国家认证的,由美国外科医师学会和美国癌症学会联合组建的,它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库,来源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记录。
Ⅳ 国内高校老师可以申请seer数据库机构用户吗
可以。
seer数据库是美国的癌症数据库,最初是用于社会保险,今年来在医学领域也有广泛的应用,seer数据库的数据非常庞大,指标众多,比TCGA癌症数据库大很多,不容易出现你发表的论文别人已经发表了这种尴尬情况,总的来说,目前seer数据库对于新手来说,还是一个挖坟不错的好数据库。
Ⅳ 依托真实世界专病数据库,明智医疗如何打造肿瘤大数据服务平台
随着医疗大数据行业企业走向上市进程,企业发展途径也变得日益明晰,从初期切入时的数据标准制定、数据清洗,到基于数据的辅助药物研发、智能诊断等,再到肿瘤全周期诊疗服务,企业几乎都会经历从为B端、H端赋能,逐步走向服务C端患者的道路。
成立于2018年,专注于肿瘤领域的明智医疗,依托联合临床肿瘤学会发起的全国单癌种真实世界研究、基于循证医学证据建立的以患者为中心的全病程 健康 数据库,致力于为药企、患者、医疗机构提供闭环大数据解决方案。
在巨头虎视眈眈的情形下,他们的优势在哪里?他们又如何看待肿瘤大数据服务平台可能的发展?我们采访了明智医疗创始人朱宏。
明智医疗创始人朱宏,本身有着生物信息学专业背景。在2014年,朱宏便开始主导开展医疗大数据研发工作,与中国临床肿瘤学会达成了长期战略合作,共同建立了中国肿瘤患者专病数据信息库。
早年的医疗大数据行业从业经历,让他意识到了一场以数据为基础的智慧医疗变革正在悄然发生。对医疗 科技 前沿信息的接触与 探索 ,也让他更为坚信自身的观点——在大数据 社会 ,智慧医疗的变革势必会发生,它将成为一场颠覆式的创新,需要参与者从产品创新、商业模式发现和价值网络搭建三方面同步进行。
这场变革本身有着内在的需求推动。当前患者面临的并不仅仅是看病难、看病贵的问题,在他看来,更为关键的问题在于缺乏对患者的疾病全程管理。例如,一名肿瘤患者在出院时,医生往往只会叮嘱患者注意饮食等,而患者院外管理流程几乎是缺失的。患者如何在院外更好地实现自我管理,在当前医疗资源相对紧缺、相对固定的结构层次下,几乎是难以解决的问题。而以数据为基础的智慧医疗将从根本上解决这个问题,在助力药企、医院的同时,更好地助力患者全病程管理,实现患者获益。
对市场的调研进一步坚定了他的信心。据估算,2025年,肿瘤大数据市场有望实现超2000亿元的突破。在这背后,本身是肿瘤治疗服务改善、药品研发加速的需求。政策也向着更好的方向发展:国家进一步缩短了创新药IND和NDA申请的审评审批时间,加速创新药商业化,解决紧迫的、未满足的临床需求。
最终,朱宏将锚点放在了医疗大数据真实世界研究方向上。在他看来,要实现这一目标,需要坚定的信念与正确的策略:
要确信以数据为基础的智慧医疗将得以实现。朱宏找到了一批志同道合且经验丰富的人士加入到团队中。例如副总裁王洋,具备10年以上医药企业市场营销咨询服务经验和多年IT领域新产品研发经验,是难得的创新跨界人才;副总裁金海欣,更有着复旦大学药学专业背景,是多年外资药企市场和营销冠军,长期从事医药学术研究市场应用研究;CMO,是北京大学医学院医学部博士、美国西北大学和密西西比医学中心博士后,具有10年以上基础医学科研经验、6年肿瘤学术、临床检测和诊断产品医学推广经验。
坚持长期发展策略。朱宏指出,“临床医生使用的听诊器,从发明到固定成型使用,经历了漫长的数十年。”在严肃的医疗领域,更需要坚持长期策略,稳扎稳打地做好医疗大数据服务平台。
为了更好地实现医疗大数据服务平台的发展,在最初设定中,朱宏认为应当着重发展3大模块:
1、诊疗路径方面,线下诊疗路径往往与临床指南与诊疗规范有关。线上化过程中,需要思考如何构建核心功能组件、模块,实现以真实世界研究为支撑依据,科学结合诊疗规范及临床指南。为此,明智医疗布局真实世界研究,并迈入该领域第一梯队阵营中。
2、通过可穿戴监测设备实现对患者数据的实时掌握,获得数据,并以患者为中心,实现对患者全病程管理。目前,明智医疗在管理患者及患者随访过程中逐步积淀了真实世界数据,助力真实世界研究,为后续申报数字疗法奠定基础。
3、具备算法能力。肿瘤疾病数据库与临床指南、诊疗规范,需要通过算法实现连接,更好地助力临床决策。2019年,明智医疗便与清华大学达成了战略合作,开发肿瘤AI辅助决策系统。
早年对行业的接触与洞察,让朱宏很早便意识到了专病数据库的重要性。明智医疗成立后,选择联合中国临床肿瘤学会发起中国原发性肝癌临床登记调查(CLCS),历时4年,专注于建设专病数据库,643个数据采集点覆盖了95%以上RWS数据要求,基本满足专家对临床研究的需求,同时也具备易于多中心联合的特点。该肝癌疾病数据库最终覆盖了5000+核心专家、25万+肿瘤患者、100+核心医院。
朱宏指出,“在过去几年,虽然其他医疗大数据公司也可以选择与学会合作建设专病数据库,但少有公司进行这样的尝试。一定程度上是因为明智医疗合作开发的医疗数据库本身足够专业。另一方面则是因为专家时间有限,不会选择重复建设同样的事物。”
专业的肝肿瘤数据库,帮助使用者基于其产出了多项具有国际影响力的研究成果,基于数据库发表的专病学术洞见,也被学术界广泛引用。事实上,当前仍旧有很多疾病病种有待建立专业数据库。朱宏表示,他也希望业界同行可以更为重视专病数据库的建设。
实际上,建设专病数据库的过程比想象的困难得多。比如原始数据的标准化,在明智医疗拓展的100家医院中,不同医院对于同一事物往往有不同说法。如果这仅意味着工作量,那么另一些事情便意味着巨大的挫折与挑战。
比如部分医院关键指标数据缺失;部分大医院不愿意与其他医院共享数据。明智医疗迈过了大量门槛,并通过建立起沟通机制,如建设数据使用委员会解决数据共享的问题,形成了良性的运转机制,在拓增数据的同时,助力临床科研。
明智医疗规划的主营业务分为三类,基于专病数据库的大数据服务平台以及真实世界研究项目,辅助药企实现患者招募、真实世界研究、提供市场洞察、精准营销、学术推广服务;针对医疗机构搭建一体化科研平台、智能患者随访平台,协助医院信息化建设,搭建辅助诊断模型;针对患者,建立从短期肿瘤治疗管理到长期患者全病程智能 健康 管理体系,并于日后提供数字疗法。
目前,明智医疗与大量创新药企达成了合作。其实,早在2018年,其便与某日资药企达成为期三年的数据库赋能合作。当时企业面临缺乏行业洞察和学术推广渠道,上市新药无真实世界安全性和有效性证据等问题,难以得到行业专家的认可。明智医疗通过委托项目专家发起新药真实世界数据研究作为专病平台的亚组研究,同时为药企提供基于数据库的行业洞察,最终帮助其获得了远超预期的销售业绩。
在这个过程中,明智医疗也在进行从单癌种肝癌疾病向其他癌种疾病的横向拓展。在朱宏看来,横向复制复制成本相对较低。“就像你看到的冰山一样,表面可能是独立的冰山,但底部早已实现连接。”底层逻辑与资源的共享让明智医疗可以在资源有限的情形下,实现进一步的扩张。比如肝癌属于消化道肿瘤,其他消化道肿瘤疾病如胆管癌、胰腺癌、胃癌、结直肠癌、食道癌等均可共享部分医生科室资源。
在纵向拓展方面,据朱宏介绍,“中国前200家肿瘤专科医院,诊治了中国肿瘤治疗人群的差不多60~70%。”明智医疗在实现头部肿瘤医院签约数量增长的同时实现着规模增长,以便更有利于以数据为支撑的真实世界研究,并助力药械企业进行精准学术营销。
随着数据赋能的深入推进,明智医疗将推出面向患者的数字疗法。朱宏强调,数字疗法指向智慧医疗的未来。由软件程序驱动,以循证医学为基础的干预方案,用以治疗、管理或预防疾病的数字疗法,本身涉及患者的全程管理。一旦90%的时间无需医生管理患者,将极大地改善当前患者全病程管理状况。数字疗法本身也在助力药企实现精准药物治疗,进而进一步促进针对患者的精准治疗。
相对于以往药械企业为数字疗法付费,朱宏认为患者端付费是可能实现的。因为患者本身是最终的获益方。当前难点在于患者尚无付费习惯,企业不知如何与患者沟通助力患者提升对数字疗法的信心。在他看来,数字疗法是以循证医学为基础的电子药物,其对于患者的疗效是基于证据支持的。企业一旦研发出使患者获益的数字疗法,通过学术推广和数字疗法本身所具备的患者多维度体验,患者会遵循医嘱为数字疗法买单并具有良好的用药依从性。
朱宏表示,当前存在两种可能的付费方式:一种是一次性付费,用于专家会诊提供个性化的院外治疗、康复方案制定;一种是日常监护管理费用。此外,当前数字疗法领域仍旧需要不同领域的企业进入做大市场,充分实现竞争相互促进,让患者更好地了解数字疗法可以助益患者这一实际。当患者、药企、医生三方均存在意愿时,颠覆性创新局面才可以更快的到来。而明智医疗也有望在这个过程中获得首批癌症数字疗法的认证。
明智医疗计划继续拓展签约的医院数量,实现肿瘤诊疗人群的覆盖。在取得互联网医院牌照后,其计划进一步基于真实世界数据,实现真实世界研究,获得真实世界证据,打造并取得针对不同癌种疾病的数字疗法。
当前,明智医疗真实世界研究已跃入行业第一梯队,其服务了多家肿瘤制药公司,与多家行业协议/学会、国内外知名药企保持着长期合作关系。其此前尚未进行过融资,目前计划引进外部资金实现创新业务拓展。
其计划将融资获得的资金用于数据库的建设,实现患者人群的进一步覆盖,并拓展至其他疾病领域;在建设互联网医院基础上,实现数字疗法的打造,更好地实现患者院外的疾病全流程管理。
Ⅵ 癌症基因信息数据库有什么用
深圳市盛景基因医疗的癌症基因信息数据库可以创建有统计意义的中国人中常见癌症变异与效果基线
Ⅶ 癌症检查方法有哪些
首先是血液检查,这种检查非常方便,只要去检验科或者找病房护士抽几管血,就可以等待结果出来,这是因为如果身体上长癌,癌细胞会向四周散发特定的分子,比如可以促进血管生长的因子(因为癌症组织也需要血管供给它营养物质)等,所以这些物质都叫做“肿瘤标志物”,下面的表格展示了常见的肿瘤标志物:
肿瘤标志物
相关肿瘤
肿瘤标志物
相关肿瘤
肿瘤标志物
相关肿瘤
AFP(甲胎蛋白)
肝细胞癌
CEA (癌胚抗原)
常见的癌症
CA125(癌抗原125)
卵巢癌
CA199(糖基抗原)
胰腺癌、胆管癌、结直肠癌
CA153
乳腺癌
CA724
胃癌
CA50
胰腺、结直肠癌
NSE
小细胞癌
PSA
前列腺癌
SCCA
宫颈鳞癌
CA242
胰腺癌、胃癌
CYFRA21-1
肺鳞癌、宫颈癌、食管癌
影像检查,最常见的是X光照相,它成本低廉然,但提供的信息比较有限,CT是更常用的检查手段,此外还有PET/CT检查和磁共振成像,对于早期癌症筛查来说,CT、X片以及超声最为常见,磁共振成像有自身的优势,如在脑部检查时可以提供丰富的信息,有助于医生诊断。对于乳腺检查,还有专门的钼靶检查成像。
内镜检查,如检查肠胃的肠镜、胃镜,诊断鼻咽癌的鼻咽镜等,内镜可以直接观察到人体内丰富的信息:形态、色泽、纹理。如果能发现病变,还可以同时采集某些组织,为进一步做病理活检提供帮助,可以为临床诊断提供更加准确的信息。
其他检查,其他零零散散的检查方法可以归入此类,比如宫颈癌的细胞涂片检查,直肠癌检查的肛门指检,新型的技术还有基因检测,可以发现特定基因片段的突变情况。
上面只是说了早期发现癌症的手段,并非“方法”,因为CT和血检只是检查的工具,不是早期发现的策略。正如问题“在拳击场上如何击倒对手?”回答显然不是“用拳头”,而是“如何使用钩拳,摆拳等拳法配合技巧抓住时机以取得胜利”,同样的,人们最想要明白的是,什么情况下“我去抽血化验?”,什么情况下“我去放射科拍一张CT片?”否则,身体没有任何症状,人们为什么要无缘无故去做检查呢?无论是时间还是金钱,看起来都不太划算。
还有两个值得我们注意的问题:一是癌症本身不是一种病,而是多种疾病的集合。因为不同人体器官产生的癌症性质不同,对于同一种病不同人产生的特征也是不同的,所以早期癌症的检测方法应随部位的不同、病人的不同而进行调整,试图用一种手段一劳永逸地发现所有早期癌症,是非常困难的,至少目前看来有相当长的路要走;二是以上的手段均无法100%确定“得癌”或者“不得癌”,因为医学上有所谓“假阳性”和“假阴性”之说,即会出现这样的情况:不是癌症的病人,被诊断成癌症了,或者反过来,本来出现了病变却没查出来,这些源于检查手段的局限性。
正是一些检查手段的“假阳性”和“假阴性”率较高,所以对于一些癌症检测方法带来的整体收益是否有利于病人,还存在一些争议。假阳性是一种“过度诊断”,被误诊为癌症的病人会带来疾病的重压,亲朋好友也会焦虑恐慌,进一步会导致更多的检查,乃至侵袭性的治疗,在《众病之王:癌症传》中有一个很好的比喻:蜘蛛耗尽体力来织出完美的网来捕获空中的苍蝇,如果网的密度增加,虽然捕获苍蝇的可能也会增加,但同样,捕获到空中的垃圾和碎屑的概率也会增加(假阳性),如果把网织得稀松一些,那么会出现一些漏网的苍蝇(假阴性)。
同时,就上面提及的检查手段来说,血液检查的准确性其实不高,因为很多癌症分子可以释放的,我们体内正常的细胞也能释放,所以就算是“肿瘤标志物”也有很高的错误率;对影像检查来说,从CT影像上早期辨别癌症也是相当困难的工作,所以很多肿瘤临床部门往往是多个医生各自提出意见,共同下最后的诊断。国外曾经有研究得出的结论是乳腺癌早期钼靶检查,并没有使病人的生存时间延长,反而大大了“致乳腺癌”的可能性,大量放射性检查(如CT,PETCT)也对患病儿童的健康很不利,在患病儿童的癌症预后方面,复查频率和剂量有严格的限制。
这样说来,什么样的方法才能算早期发现癌症的方法呢?它至少要满足以下几个特性:
1.时效性。能把控时机,我们刚好能在癌前病变或者局部病灶时就能发现,不会在检查时让我们扑个空,不会让我们发现已经很大或者转移,就是提高医疗实践中的“投入产出比”。一些早期的“体征”,如“长时间”的咳嗽和便血等,这样的现象值得我们多加注意;女性朋友也可以对乳腺进行自检,可以发现早期的包块等;
2. 准确性。太高的“假阳性率”和“假阴性率”是无法接受的,这种方法应有令人满意的准确度,否则会得不偿失;
3. 经济性。时间短,成本低,最好能让我们自己在家里测,国外很多城市已经实现家庭医疗的远程数据分析,以减少交通支出,采集对象可以使用血液,这样采集快速方便,一般影像设备都复杂精密,决定了其检查费用很难降低。希望伴随着基因检测的普及化,相关检测费用会降低。
根据以上的特性,我们可以归纳“早发现”的一些建议:
1. 正是因为血液检查的不确定性,我们需要做动态监测,以减少“假阳性”和“假阴性”的可能;最好将自己之前的检查资料留存,建立自己的健康数据库,这样通过“健康曲线”的走势,我们会发现一些端倪;
2. 情况允许的条件下,建议做基因检测,了解基因缺陷可能导致的癌症倾向,医学上这叫做“易感基因”。有必要了解自己家里的家族病史,如结直肠癌,现在已经有孕前基因检测,据观察,在家庭中如果父母患结肠息肉导致的结肠癌,那么子女患上同类癌症的可能性高达50%;家族中姐妹患有乳腺癌,那么其患乳腺癌的几率会加倍;视网膜母细胞瘤大约有90%发生在3岁之前,有家族遗传性,与遗传缺陷有关系;
3. 建立符合经济和时间要求的癌症筛查策略,对此请看下面的表格:
1次/年
<30岁
>30岁
>40岁
>50岁
男 性
直肠指检
痰液细胞学检查(肺癌)
胸部低剂量CT
乙状结肠镜检查
大便潜血试验
前列腺癌筛查(PSA,超声)
女 性
宫颈刮片检查
盆腔检查
B超乳腺检查
直肠指检
钼靶检查结合超声
乙状结肠镜检查
大便潜血试验
当然科研人员不会满足于现有的手段,最新出现的一些技术给我们带来新的曙光,如清华大学去年发现的新的肿瘤标志物Hsp90α(热休克蛋白),对于早期肺癌的检测会带来帮助(注意,媒体据此解读成“一滴血”检测癌症是很不准确的)。美国的一个研究团队最近设计了一个检测早期癌症的原型机,通过特质的生物制剂与人体血液中一种特别的核苷酸序列反应,可以检测一些早期的癌症;美国Google公司着名的前沿创新实验室(GoogleX,曾设计出无人驾驶汽车,Google Class等产品)今年开始了一个新项目,利用纳米粒子融入我们每个人的血液中,让它无时不刻检测我们的血液,也许不远的将来,人们可以只是戴着一个监测腕带,帮助我们早期发现癌症,提醒我们及时就医。
最后值得一提的是,虽说早期发现可以提高癌症的治疗疗效,其实癌症预防是更加睿智的抗癌方法,举例来说,烟草是避免癌症最大可以避免的因素,所以世界卫生组织提倡“无烟草运动”,因为烟草不仅仅与肺癌,还与食管癌、喉癌、口腔癌等密切相关,世界卫生组织估计烟草使用每年导致22%的癌症死亡,2004年,全球740癌症死亡者中,有160万为烟草使用导致的,因此要是论效用,改善生活方式,积极预防是更加有效地抗癌策略。
Ⅷ 如何在数据库里面找到疾病相关的microrna 表达情况
如何在数据库里面找到疾病相关的microrna表达情况:好像还没有这样的数据库。癌症比较复杂,microRNA在癌症中的表达谱差别比较大,各阶段、各类型、甚至个体之间也有差别,结论也不完全统一。可以查一下最近microRNA相关的综述,可能会有比较全的介绍
Ⅸ 中英文医学文献检索的数据库各有哪些
常见的英文医学检索数据库:
1、Medline——世界上最着名的医学文献检索系统之一
2、AIDS Databases——有关艾滋病的临床实验、药物研制以及相关文献数据库
3、CANCERLIT——癌症数据库(National Cancer Institute)
4、CHID online——综合卫生信息数据库,提供有关卫生、卫生教育资源的题录、文摘等信息
5、ClinicalTrials.gov——向医患人员提供的临床实验信息数据库
6、DIRLINE——收集美国约17,000个政府机构、研究机构、公司、学术机构等信息
7、药物信息库——包含有9,000余种美国处方与非处方药物信息
8、HSTAT——包括有健康指南、评价、和消费者指南信息的全文数据库
9、NCCAM Resources——补充和替代医学资源
常见的中文医学检索数据库:
1、中国知网——知网,是国家知识基础设施的概念。
2、生物医学文献数据库——中国医科院信息研究所研制,综合性生物医学数据库,国内权威。
3、中国科学引文索引数据库——收集我国出版315种重要期刊,91-94年13万篇论文及45万引文摘要。
4、中医中药数据库——中国科学院科学数据库提供
5、中国中医药文献检索中心——由中国中医研究院信息中心制作,提供中医药方面的Web界面文献检
Ⅹ 常用的医药文献检索外文数据库有哪些
1.Pubmed
是医学,生命科学领域的数据库,旨在组织、分享科研领域信息。为用户提供文献检索,图片检索,影响因子查询,免费全文下载,国家自然科学基金统计分析等服务
如果是校外没有这些数据库账号,可以从seek68文献馆中找到。而且还省米。