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癌症数据库分析单个基因

发布时间: 2022-10-20 12:28:58

1. 癌症基因信息数据库有什么用

深圳市盛景基因医疗的癌症基因信息数据库可以创建有统计意义的中国人中常见癌症变异与效果基线

2. 克隆到一个基因,该基因和癌症有关系,如何设计实验证明它是原癌基因还是抑癌基因

大致有这样的一个模式,你可以根据你的具体情况来选择。
1.回答这个基因是否与癌症的病理等级/分型、临床分期、临床预后等参数有关?
a. 如果已有该基因产物的抗体:
i. 病理切片-->免疫组化-->免疫评分-->统计分析
ii. 新鲜临床标本-->Western blot-->结果分析
b. 如果没有相应抗体: 收集临床新鲜肿瘤组织标本-->RT-PCR-->结果分析
回答了第一个问题,就可以大致推断该基因可能是癌基因或者抑癌基因。当然做到这一步还远不能证实你的问题。如果你是硕士的话,做到这一步是可以接受的。如果是博士的话,你就需要继续回答下面的问题。
2. 该基因对某癌症的肿瘤生物学有如何影响?
对该基因进行上调或者下调,然后观察下面的现象
体外实验 (多选):
a. 该基因如何影响了肿瘤细胞的生长/存活/增殖?细胞生长曲线/MTT、WST-1 /BrdU掺入实验 等等
b. 该基因如何影响了肿瘤细胞的细胞周期?细胞周期分析
c. 该基因如何影响了肿瘤细胞的凋亡?凋亡分析(TUNEL法、Annixin V/PI双染法)
d. 该基因如何影响了肿瘤细胞的迁移? 如:细胞划痕实验
e. 该基因如何影响了肿瘤细胞的侵袭转移? 如:Transwell 实验
体内实验:
裸鼠体内成瘤实验!
观察肿瘤生长速度(体积、肿瘤);血管密度
其他,如:肿瘤细胞增殖、凋亡等

回答了第二个问题,可以基本了解该基因影响了肿瘤生物学的哪个方面。
基本上可以够博士毕业。

但是如果你要求比较高,还可以考虑回答第三个问题。
3. 该基因通过何种机制来影响肿瘤生物学的某个方面。
这个问题需要根据你第二个问题的结果具体来看。就不详说了。
以上只是我个人的一些建议,希望能使你有个大致的轮廓印象。

3. 腺癌基因检测结果,TP53检查结果p.R65Qfs*84Exon4代表什么

TP53基因又称为P53,是一种抑癌基因,该基因编码一种分子量为53kDa的蛋白质。在所有恶性肿瘤中,50%以上会出现该基因的突变,由这种基因编码的蛋白质是一种转录因子,控制着细胞周期的启动,从细胞分裂初始这个蛋白就起着决定性作用了。如果这个细胞受损,又不能得到修复,则P53蛋白将参与启动过程,使这个细胞在细胞凋亡中死去。有TP53缺陷的细胞没有这种控制,甚至在不利条件下继续分裂。TP53基因可以在多个肿瘤类型里发生,不同肿瘤类型中TP53基因的突变频率不同,最高的是子宫癌肉瘤,肺腺癌居然也达到了60%多。
p.R65Qfs*84Exon4是4号外显子上有一个移码突变,目前未在相关的癌症数据库中查到该突变是不是有害信息,你可以发一下染色体的位置,然后再判断一下。

4. geo怎么分析一个癌基因在正常组织和癌组织中的mrna表达

原癌基因和抑癌基因在正常细胞中表达。解析:原癌基因:主要负责调节细胞周期,控制细胞生长和分裂的进程。抑癌基因:主要是阻止细胞不正常的增殖。

5. 如何直接查找tcga数据中某一基因在某一肿瘤中的表达

一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常,ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称,NCBI登录号,或者Ensembl基因ID,点击基因报告(Gene Report),就能在突变摘要(Mutation Summary)中找到已发现的突变和拷贝数变化,以及迄今为止,这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方,包括了点突变,少量缺失,以及插入突变等方面的数据。

另外一种方法就是在一种肿瘤中寻找所有受到影响的基因,在ICGC数据门户中,研究人员能通过点击数据搜索(Database Search)下的Genes,然后选择感兴趣的肿瘤类型,以及一些其它参数,比如分析的途径等,这样就能找到所有受到影响的基因。除此之外,TCGA数据门户中,还可以从Download Data menu上选择批量下载(Bulk Download),获取体细胞突变数据,以及其它类型数据,比如拷贝数,DNA甲基化,基因表达。

6. 如何确定一个基因是癌基因和抑癌基因说明理由

原癌基因和抑癌基因都存在于正常的细胞中,癌基因可以通过病毒感染,非病毒因子诱发等多种途径被激活,然后诱导触发一系列与细胞生长分化有关的基因表达,从而至病,抑癌基因的丢失,突变,失活,也会导致细胞的癌变。
两组细胞群一起通过进行试验,一组为已经癌变的细胞,另一组为未发生癌变的细胞。然后分别导入该段基因。同样条件培养,一段时间后,分别观察两组细胞群是否癌变,如果癌变组细胞死亡,非癌变组无明显反应,则证明该基因为抑癌基因;非癌变组细胞癌变,癌变组细胞不明显反应,则证明该基因具有原癌特征。

7. 做了一个癌症的基因检测。结果说我有6个癌症基因是不是我很快就会得病而死

基因检测的主要用途是用来优生的。
也就是家庭中有某种遗传性的疾病,就需要做基因检测,生育后代时,针对性的选择不生育含致病基因的孩子,这样来保证后代的健康。
现在市场化的,对没有生育要求人一些病人,甚至是普通疾病也做什么基因检测,就纯粹是看中你的钱了。
真正的基因检测只有错位、倒位、缺失、移位等术语。使用高风险、阴性、阳性这类用语的,只是假借了基因检测这个名,不多说,你应当懂的。
如果从基因的角度看每一个人,世界上就没有完美的人,人人都有基因方面的缺陷,甚至一个人携带多个致病基因,只表明这个人患某种疾病的概率比别人大,但并不会表现出病态。
建议你安心快乐的生活,就这把次所谓检测的结果当做一个屁吧

8. 如何确定一个基因是癌基因和抑癌基因说明理由

原癌基因和抑癌基因都存在于正常的细胞中,癌基因可以通过病毒感染,非病毒因子诱发等多种途径被激活,然后诱导触发一系列与细胞生长分化有关的基因表达,从而至病,抑癌基因的丢失,突变,失活,也会导致细胞的癌变.
两组细胞群一起通过进行试验,一组为已经癌变的细胞,另一组为未发生癌变的细胞.然后分别导入该段基因.同样条件培养,一段时间后,分别观察两组细胞群是否癌变,如果癌变组细胞死亡,非癌变组无明显反应,则证明该基因为抑癌基因;非癌变组细胞癌变,癌变组细胞不明显反应,则证明该基因具有原癌特征.