⑴ DNA数据库的EMBL
欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等, 1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍。1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo sapiens), 线虫(Caenorhabditis elegans),啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),小鼠(Mus musculus)和拟南芥(Arabidopsis thalania)。
可以利用序列查询系统 SRS(Sequence Retrieval System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。
⑵ 核酸序列数据库(genbank)和基因组数据库(ensemble)的区别
搜一下:核酸序列数据库(genbank)和基因组数据库(ensemble)的区别?
⑶ 是哪位科学家首次在世界上建立了蛋白质数据库是哪位科学家首次在世界上建立了DNA序列数据库
EMBL是欧洲生物信息学研究所
(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等,
1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍。1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo
sapiens),
线虫(Caenorhabditis
elegans),啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae),小鼠(Mus
musculus)和拟南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查询系统
SRS(Sequence
Retrieval
System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。
⑷ 核酸序列、结构数据库有哪些
美国的核酸数据库GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
欧洲核酸序列数据库EMBL
http://www.embl-heidelberg.de
日本核酸序列数据库DDBJ
http://www.ddbj.nig.ac.jp
这是目前世界三大核酸数据库.不本我们用的最多的还是NCBI,基本上是不用日本的!
⑸ DNA数据库的EMBL
欧洲生物信息学研究所(European
Bioinformatics
Institute,
EBI)创建的一个核酸序列数据库。EMBL的数据来源主要有两部分,一部分由科研人员或某些基因组测序机构通过计算机网络直接提交,另一部分则来自科技文献或专利(Stoesser等,
1998)。EMBL与DDBJ、GenBank建有合作关系,他们分别在全世界范围内收集核酸序列信息,每天都将新发现或更新过的数据相互交换。
DNA数据库的规模正在以指数方式增长,平均不到9个月就增加一倍。1998年1月,EMBL中收录的序列数已超过一百万,包括15,500个物种,其中模式生物的序列占50%以上,它们包括人类(Homo
sapiens),
线虫(Caenorhabditis
elegans),啤酒酵母(Saccharomyces
cerevisiae),小鼠(Mus
musculus)和拟南芥(Arabidopsis
thalania)。
可以利用序列查询系统
SRS(Sequence
Retrieval
System)从EMBL数据库中提取有关信息(Etzold等,1996年)。SRS序列查询系统通过超文本链接将DNA序列数据库和蛋白质序列、功能位点、结构、基因图谱以及文献摘要MEDLINE等各种数据库联系在一起。利用EBI网站提供的BLAST或FastA程序,可以对EMBL数据库进行未知序列同源性搜索。
⑹ 核酸序列数据库和基因组数据库的区别
核酸序列数据库(genbank)和基因组数据库(ensemble)的区别:
1、GenBank
是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。
2、Ensemble数据库可为药物研发提供超过167,000种生物活性化合物包括化学结构在内的必要信息。本数据库利用用户容易掌握的界面将数据、文本和图象资料有机地结合起来,便于查询。Ensemble可从药品专利开始,再通过其临床前和临床研究资料,直至注册信息、市场概况及其他方面的相关资料来跟踪药物。数据库每月更新一次,每年增加约10,000
种新化合物。
⑺ 转录测序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分别是什么意思
NR库属于非冗余蛋白序列数据库,是NCBI官方的蛋白序列数据库,数据来源于GenPept、SwissProt、PIR、PDF、PDB以及NCBI RefSeq,是默认的蛋白比对数据库。
NT数据库是美国国家生物技术信息中心NCBI官方的核酸序列数据库,NT库属于非冗余核酸序列数据库,数据来源于GenBank、EMBL 以及 DDBJ,是NCBI默认的核酸blast比对数据库。
SwissProt数据库是检查过的、手工注释的蛋白数据库,我们将Unigene注释到SwissProt数据库,以得到更加高质量的注释结果。
COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物,KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库包含了7个完整基因组的真核生物的直系同源家族蛋白, 构成每个 KOG 的蛋白集是被假定为来自于一个祖先蛋白,根据系统发生进行分类,一般COG指原核生物,KOG指真核生物,KOG与COG提供了相似的基因同源物的分类信息。
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是处理基因组、生物通路、疾病、药物和化学物质之间联系的集成数据库。 KEGG用于生物信息研究等,包括基因组,代谢组学等其他组学的数据分析,涵盖了Drug Development(药物开发)、 Cellular Processes(细胞过程)、 Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、 Human Diseases(人类疾病), Metabolism(代谢)、 Organismal Systems(有机系统)等方面。
GO( Gene Ontology ): 基因本体。生物技术的发展迅速,数据越来越多,不同数据库命名标准不统一,为了解决不同的生物学数据库可能会使用不同的术语的问题,从而基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)开发GO来描述基因在分子、细胞和组织水平的功能体现。GO的基本描述单元是GO terms。GO主要包括三个分支: 生物过程(biological processes)、分子功能(molecular function)和细胞组成(cellular components),用于描述基因产物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三种互作关系。