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常用的基因数据库

发布时间: 2022-08-24 07:58:53

❶ 中国有哪七大生物基因库

佳学基因的基因库有以下几个部分组成。基因实体库,用来贮存DNA样本。基因功能库,用来贮存具有特殊功能的DNA序列。罕见疾病DNA数据库。基因序列变化数据库。人类基因序列变化与人体表征数据库。

❷ 基因组数据库的简介

基因组数据库是分子生物信息数据库的重要组成部分。基因组数据库内容丰富、名目繁多、格式不一,分布在世界各地的信息中心、测序中心、以及和医学、生物学、农业等有关的研究机构和大学。基因组数据库的主体是模式生物基因组数据库,其中最主要的是由世界各国的人类基因组研究中心、测序中心构建的各种人类基因组数据库。小鼠、河豚鱼、拟南芥、水稻、线虫、果蝇、酵母、大肠杆菌等各种模式生物基因组数据库或基因组信息资源都可以在网上找到。随着资源基因组计划的普遍实施,几十种动物、植物基因组数据库也纷纷上网,如英国Roslin研究所的ArkDB包括了猪、牛、绵羊、山羊、马等家畜以及鹿、狗、鸡等基因组数据库,美国、英国、日本等国的基因组中心的斑马鱼、罗非鱼(Tilapia)、青鳉鱼(Medaka)、鲑鱼(Salmon)等鱼类基因组数据库。英国谷物网络组织(CropNet)建有玉米、大麦、高粱、菜豆农作物以及苜蓿(Alfalfa)、牧草(Forage)、玫瑰等基因组数据库。除了模式生物基因组数据库外,基因组信息资源还包括染色体、基因突变、遗传疾病、分类学、比较基因组、基因调控和表达、放射杂交、基因图谱等各种数据库。

❸ 生物学数据库都有哪些

分子生物学数据库大全:核酸数据库、基因表达数据库、蛋白数据库、糖数据库、专利数据库等国际顶尖数据库列表可以在生物帮那里找到的,我一般找资料,最新资讯都是到那里的,他们比较专业,权威,也比较全面,技术文档,视频,产品都蛮丰富的。年来大量生物学实验的数据积累,形成了当前数以百计的生物信息数据库。它们各自按一定的目标收集和整理生物学实验数据,并提供相关的数据查询、数据处理的服务。

❹ 分析miRNA的数据库都有哪些

1、starBase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间:2013年11月。

2、miRbase

众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。最新版本发布时间:2010年9月。

3、ChIPBase

整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控,构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间:2012年11月。

4、Tarbase

一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2009年1月。

5、miRecords

一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间:2010年11月。

6、targetScan

基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间:2009年4月。

7、PicTar

基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间:2007年3月。

8、PITA

基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是着名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间:2008年8月。

9、RNA22

基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间:2007年。

10、miRanda和microRNA.org

是着名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间:2010年8月。

11、MicroCosm

EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

12、miRTarBase

整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间:2010年10月。

13、miRGator v2.0

整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间:2010年11月。

14、MiRNAMap

动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间:2008年1月。

15、miRDB

动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间:2010年8月。

16、RNAhybrid

一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间:2011年6月。

17、miRGen

microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间:2007年1月。

❺ 求基因表达常用数据库

IARS2-003指isoleucyl-tRNA synthetase 2基因003转录本。
ENST00000490891是IARS2-003的transcript ID,OTTHUMT00000090763是另一个数据库对同一转录本的编号(Havana transcript)。
http://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000067704;r=1:220267444-220321380;t=ENST00000490891
UCSC Microarray Expression Data 给出了基因mRNA在人类不同组织中的表达量
http://genome.ucsc.e/cgi-bin/hgGene?hgg_gene=uc001hmc.2&hgg_prot=B2RPG8&hgg_chrom=chr1&hgg_start=220267454&hgg_end=220321376&hgg_type=knownGene&db=hg19&hgsid=193781719
GEO数据库给出了详细的基因mRNA在不同组织中的表达数据,
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
基因的表达量不等于转录本的表达量,特定转录本IARS2-003的表达量需要自行实验证明。

存储基因数据,一般用什么数据库

基金数据可以使用mysql,sqlserver等关系型数据库
这种数据库存储效率高, 增删改查比较方便

❼ 基因组数据库的介绍

基因组数据库(GDB)为人类基因组计划(HGP)保存和处理基因组图谱数据。GDB的目标是构建关于人类基因组的网络全书,除了构建基因组图谱之外,还开发了描述序列水平的基因组内容的方法,包括序列变异和其它对功能和表型的描述。

❽ SNP研究常用数据库有哪些

SNP的研究在当前仍然可以用入火如荼形容,一方面 是各大数据库可以方便检索到几乎任何一个基因的SNP分布及其频率,另一方面SNP的功能研究有非常大的研究空间和前景,这应归于许多SNP的流行病关联 研究重复性差,因此只有在功能上对其阐述才能解决根本问题。当前SNP功能研究主要有以下几方面:1、报告基因转染技术:这一技术主要用于研究启动子 SNP对于mRNA转录效率,是通过观察转录结局来判断SNP是否具有功能。2、EMSA技术:通过在体外合成含SNP位点的寡 核苷酸与转录因子特异性结合,观察结合的强度和效率,但是该技术由于只人工合成较短长度的寡核苷酸,没有考虑SNP周围遗传背景环境的影响,因此在重复性 和说服力上不强。3、ChiP技术:该技术通过超声将染色体碎片化, 再将碎片化的核酸与转录因子的结合,最后通过PCR技术观察判断结合的效率和强度,该技术克服了EMSA的一些缺点,当前做的文献较多。

❾ 基因数据库有哪些

单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述。
集合所有已知核酸的核苷酸序列,单核苷酸多态性、结构、性质以及相关描述,包括它们的科学命名、来源物种分类名称、参考文献等信息的资料库。
基因和基因组的资料也包含在DNA数据库中。目前国际上比较重要的核酸(含蛋白质)一级数据库有美国的GenBank、欧洲的EMBL和日本的DDBJ。三个数据库信息共享,每日交换,故资料是一样的,唯格式有所不同。