① biolog能对微生物种类进行鉴定吗原理是什么
biolog微生物鉴定仪鉴定原理:
1、Biolog公司独创的碳源利用方法,利用微生物对不同碳源代谢率的差异,针对每一类微生物筛选95种不同碳源,配合四唑类显色物质(如TTC、TV),固定于96孔板上(A1孔为阴性对照),接种菌悬液后培养一定时间,通过检测微生物细胞利用不同碳源进行新陈代谢过程中产生的氧化还原酶与显色物质发生反应而导致的颜色变化(吸光度)以及由于微生物生长造成的浊度差异(浊度),与标准菌株数据库进行比对,即可得出***终鉴定结果。
2、鉴定细菌时,全部基于显色反应原理
3、鉴定酵母时,A-C行基于显色反应原理,D-H行基于浊度差异原理
4、鉴定真菌时,系统自动为95种碳源测定两套数据,即显色反应和浊度
② 科研人员为什么要做细胞株鉴定
细胞株(Cell lines)作为科研工作者常用的工具,主要用于生物医学研究的体外实验(In vitro)研究。截止目前,被ATCC及DSMZ官方数据库收录的商用细胞株约为4000种左右。近年来,随着细胞株的广泛应用,细胞株被错误鉴定和交叉污染问题显得尤为突出。为了确保实验结果的可重复性,NIH和ATCC近期对此发出呼吁,要求研究者对细胞株进行鉴定,已明确所使用细胞的身份。多种主流杂志也纷纷要求作者在投稿时提交细胞株鉴定(Cell Line Authentication)报告,有些杂志甚至要求作者提供实验前、实验中和实验后等不同阶段的细胞株鉴定报告。
大量研究表明STR Profiling方法是进行细胞交叉污染和性质鉴定的最有效和准确的方法之一,STR Profiling应用于细胞鉴定已被ATCC等机构强烈推荐。苏州鉴达生物科技(Genetic Testing Biotechnology(Suzhou))目前采用六色荧光复合扩增体系,可同时检测20余个STR基因座,获得每个基因座的STR分型结果。根据ATCC推荐的8个核心STR基因座数据进行检索匹配,来确定细胞株身份。该方法灵敏度高,可检测低至10ng的基因组DNA,且能排除非人源DNA的污染,为广大科研工作者提供了方便快捷的细胞株鉴定绿色通道。
用户只需提交细胞悬液样本,直接送检或邮寄细胞样本。一般一个工作日出具英文鉴定报告,报告可直接用于外文杂志投稿。目前应用苏州鉴达生物科技报告已发表的论文期刊包括Caner Res,Carcinogenesis,Intl J Cancer等。
③ 公安部进行dna数据库比对一般要多长时间
2周到3周之内
④ 做蛋白质亚细胞定位分析使用什么数据库
预测蛋白质的亚细胞定位,是通过生物信息学的方法的。
或者你在NCBI数据库中比对到了编码类似蛋白的基因,如果该基因有人做过亚细胞定位的实验,你也可以大概知道其编码的蛋白质在细胞内部的定位。不同物种,不同基因家族成员有可能有区别。最终还是需要实验来验证的。
功能基因研究中,经常会进行基因编码的蛋白质的亚细胞定位的,
如待定位蛋白和GFP、YFP、RFP等融合后,观察融合蛋白在细胞内的定位,
或者将预测部位(如该蛋白可能在液泡膜上)的蛋白提取出来,进行western实验,来验证等。
希望对你有帮助吧
⑤ 如何判定蛋白质的质谱鉴定结果的差异
1 单个蛋白鉴定
1. 用于鉴定纯化的单个蛋白的溶液或粉末,或经过SDS-PAGE(Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis)的单个条带或二维电泳的单个点。
2. 蛋白酶解成多肽。
3. 液相分离多肽,离子化的多肽进入质谱,母离子检测,母离子裂解成一系列子离子,子离子检测。
4. 数据库检索。
5. 人工验证,输出报告。
2 蛋白混合物的鉴定
•用于鉴定含多种蛋白的混合物,根据样品的复杂程度采取不同的策略分离后再进行质谱鉴定。
3 差异蛋白分析
•相对定量:比较两组细胞/体液中的蛋白,找出差异蛋白
⑥ 细胞组分的分离和鉴定的实验结果是什么比较前三组涂片有什么不同
结果是有蛋白质,DNA,脂类物质。涂片的不同应该是细胞核的有无,染色后的分布。
细菌等绝大部分微生物以及原生动物由一个细胞组成,即单细胞生物,高等植物与高等动物则是多细胞生物。细胞可分为原核细胞、真核细胞两类,但也有人提出应分为三类,即把原属于原核细胞的古核细胞独立出来作为与之并列的一类。
细胞体形极微,在显微镜下始能窥见,形状多种多样。主要由细胞核与细胞质构成,表面有细胞膜。高等植物细胞膜外有细胞壁,细胞质中常有质体,体内有叶绿体和液泡,还有线粒体。
动物细胞无细胞壁,细胞质中常有中心体,而高等植物细胞中则无。细胞有运动、营养和繁殖等机能。
(6)细胞鉴定数据库比对扩展阅读:
所有细胞都是由水、盐类、核酸、蛋白质、糖、脂质,以及其他各种微量物质如维生素、细胞代谢中间产物等组成的。
水、盐离子和某些维生素或与细胞中的大分子组成复合物,或者游离存在。不同细胞或不同的生物中,它们含量的差别往往很大。
⑦ 16SrDNA测序后在ncbi上比对
是的。
99%就基本可以认为是同一种菌。
不过我问一下你是不是做了TA克隆获得了16srDNA全长序列。
你之前也问过这个问题,我跟你说了不是直接上NCBI上比对的,NCBI上的序列是人人都可以上传的,你比对出来和某个序列99%相似,可能这条最相似的序列并没有被正式承认,也就是没有被正式学术资格的。你可以打开NCBI序列的详细信息,里面有标示是否unpublished,标有unpublished就说明是没有被认可的,这种对比结果你是不能采用的,因为对比的对象都是不可信的。
比如我今天做了一个菌,发现和大肠杆菌的最相似,相似度是97%,然后我上传了这个序列,名称当然只能写大肠杆菌,但是到底是不是还有待鉴定,然后明天你也做了同一种菌,然后对比,发现和我的相似度是99%,那你说你做的菌也大肠杆菌?显然是没有道理的。
你可以用NCBI比对,但是你必须要看序列是不是unpublished的
所以有韩国人为了方便就自己建立了一个二级数据库,剔除了NCBI中unpublished的序列,你搜索Eztaxon就能搜到。
⑧ 公安局的DNA数据库是怎么进行比对的
如果在拐入地发现有孩子涉嫌被拐卖,首先进行孩子和拐入地大人进行DNA比对,一旦数据比对结果不吻合,则将这些孩子的DNA数据录入打拐数据库。打拐数据库中存有大量拐出地父母的DNA数据,电脑可迅速进行全国范围的远程比对,为找回孩子大大节省了办案时间。
打拐DNA数据库的功能除了鉴别来历不明的流浪、乞讨未成年人是否涉嫌拐卖,还用于将来找到亲人时进行亲子鉴定。DNA检验技术具有个体识别率高、亲缘关系认定准确的特点,是确认被拐卖儿童身份最有效的技术手段之一。
当再面对很多的大人带孩子乞讨的情况,民政部门就可以通过该技术手段比对大人与孩子的DNA,简单而又准确地确定他们之间的血缘关系。DNA检测要求通过18个基因座来比对、识别。专家认为通过18个基因座来比对,识别准确率可以达到99.99%以上。
(8)细胞鉴定数据库比对扩展阅读
与其他非DNA数据库相比时,由于每个DNA序列的巨大的大小,DNA数据库占据更多的存储空间。每年DNA数据库呈指数级增长。这对存储,数据传输,检索和搜索提出了重大挑战。为了解决这些难题,DNA数据库被压缩以在数据传输期间节省存储空间和带宽。
它们在搜索和检索期间解压缩。任何压缩算法的效率取决于它压缩和解压缩的好和快,这通常以压缩比测量。压缩比越大,算法的效率越好。
同时,压缩和减压的速度也被考虑用于评价。DNA序列以回文形式包含A,C,T,G的重复。序列的压缩涉及搜索和编码这些重复,并且当解压缩时对它们进行解码。
⑨ 为什么要进行细胞株鉴定(Cell Line Authentication)
细胞生物学方面的数据一直在发表,但是应用于生物医学研究领域的哺乳动物细胞被错误鉴定和交叉污染的问题,一直是一个普遍存在的突出问题。早在1970年代,一项研究就发现,被广泛使用的Hela细胞系就曾被污染,这一事件当时就促使首个细胞系质量控制手册的诞生。HeLa细胞株是由正常子宫颈细胞被一 人类乳突状瘤病毒(Human Papillomavirus 18或HPV18)转型成癌细胞的,而且和正常子宫颈细胞有许多不同。
从那时候开始,细胞身份鉴定成 一个受科学家关注的问题,也是从那时候开始越来越多的细胞被污染事件开始出现。人们已经开始意识到细胞被污染的问题,导致细胞交叉污染的原因和预防措施也已经被公布,然而问题却一直有增无减,研究人员继续发表从错误鉴定和交叉污染的细胞系所获取的数据。
据估计, 国外实验室已建株细胞有接近 20% 存在上述问题, 有 15-25% 的研究论文因为使用了被错误辨识和交叉污染的细胞而导致错误的结论。这造成大量研究经费的浪费,并产生了大量无效或错误数据。
2008年,Josephine Nefkens研究所的分子生物学家Winand Dinjens与同事发现食管腺癌细胞其实与食管扁平细胞癌细胞系具有相似的基因型。这些结果促使他们开始关注细胞身份问题。 Dinjens开始验证这些细胞系,将它们与原始的组织进行基因型比对,结果发现,这些细胞系与原始组织细胞已经有不同的基因型。在13株食管腺癌细胞系中,其中3株:SEG-1,BIC-1和SK-GT-5被污染,这些细胞株混合有其他癌细胞。这些细胞系已经被多家实验室应用在两个临床试验、并发表了超过100篇SCI文章,并申请了11个美国专利,这一研究结果被发布在最新一期的Journal of the National Cancer Institute(JNCI)。
2007 年 NIH发布了通知,强烈建议在使用培养细胞的时候进行鉴定(authentication)。2008 年底,专家提议ATCC致力于人源细胞系的鉴定工作,并制定鉴定的标准程序。
近年来,大量研究表明 STR 基因分型 方法是进行细胞交叉污染和性质鉴定的最有效和准确的方法之一,STR基因分型应用于细胞鉴定已被ATCC等机构强烈推荐。美国的ATCC 细胞库、德国的DSMZ细胞库以及日本的JCRB细胞库等为STR 分型提供了各细胞株的数据供比对。
国内专业的鉴定机构苏州鉴达生物科技(Genetic Testing Biotechnology)就在江苏省苏州市工业园区,可以邮寄细胞株进行鉴定,起步比较早,提供的英文报告可直接用于投稿。