Ⅰ 16S rRNA基因序列是什么
16S rRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。16S rRNA具有高度的保守性和特异性以及该基因序列足够长（包含约50个功能域）。随着PCR技术的出现及核酸研究技术的不断完善，16S rRNA基因检测技术已成为病原菌检测和鉴定的一种强有力工具。数据库的不断完善，应用该技术可以实现对病原菌进行快速、微量、准确简便地分类鉴定和检测。该技术主要有三个步骤：首先是基因组DNA的获得，其次是16S rRNA基因片段的获得，最后是进行16S rRNA基因序列的分析。
16S RNA 即 16S ribosomal RNA，是原核核糖体30S小亚基的组成部分。16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。
16S rRNA具有多项功能。
1.对于核糖体蛋白的固定起到脚手架的作用。
2.3'末端包含反向的SD序列，用来与mRNA的AUG起始密码子结合。16S rRNA的3'端与S1、S21的结合被发现与蛋白质合成的开始有关系。
3.与23S进行交互，帮助两个核糖体子单元的结合。（50S+30S）
4.在A site 稳定密码子与反密码子的正确配对。
Ⅱ 16s rRNA序列中有专门区分种跟属的区域吗
参看上图，16s rRNA是总长1.6kb的序列，其中包含有9个可变区域，这些可变区域在不同的物种中是存在序列变异的。一般我们将相似度大于97%的序列归为同一种菌，所以通过对全长16s或其中的部分可变区域进行测序，然后比对根据相似度我们就可以鉴定细菌的种类的。
Ⅲ 为什么通常用18S rRNA 进行物种鉴定
在细菌中是16s，在动植物中是18s。序列高度保守，在进化过程中只有少量碱基发生变化，通过这些变化来推断在进化过程中的亲缘关系，即通过系统发生树的构建做物种鉴定。
Ⅳ tRNAdb 是什么生物信息数据库
ncRNA(non-coding RNA) 就是非编码RNA ，如小分子核仁RNA(sonRNA)、小RNA(miRNA)、小干扰RNA(siRNA)。NcRNA应该是遗传信息的携带者，RNA的一种,目前主要有三大种tRNA｜转运RNA，翻译｜mRNA信使RNA，转录｜｜rRNA核糖体RNA构成核糖体
Ⅳ 将16s rRNA测序数据上传NCBI的SRA数据库，释放数据的时间选择最好是什么时候
一般上传数据到NCBI SRA的过程需要6步：
1、Create a BioProject for this research
2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)
3、Gather Sequence Data Files
4、Enter Metadata on SRA website
a、Create SRA submission
b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample
c、Create Run(s)
5、Transfer Data files to SRA
6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes
需要注意的一点是，上传的过程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各处的Alias。但是，可以联系NCBI的工作人员修改内容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超过48小时，就可以得到确认，并拿到登录号。
Ⅵ 16s rRNA的简述
16S rRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌的基因组中。16S rRNA具有高度的保守性和特异性以及该基因序列足够长（包含约50个功能域）。随着PCR技术的出现及核酸研究技术的不断完善，16S rRNA基因检测技术已成为病原菌检测和鉴定的一种强有力工具。数据库的不断完善，应用该技术可以实现对病原菌进行快速、微量、准确简便地分类鉴定和检测。该技术主要有三个步骤：首先是基因组DNA的获得，其次是16S rRNA基因片段的获得，最后是进行16S rRNA基因序列的分析。
Ⅶ 高通量测序16srrna基因序列用什么基因数据库比对比较好
silva最好，其次greengene（很久没更新了），rdp官网也提供数据库；还有ncbi 提供了人工矫正过的16s database。
Ⅷ rrna是什么名称
核糖体RNA（ribosomalRNA，rRNA）是生物细胞中主要的核糖核酸之一，是一种具有催化能力的核糖酶，但其单独存在时不能如其他核糖核酸那样发挥作用，仅在与多种核糖体蛋白质共同构成核糖体（一种无膜细胞器）后才能执行其功能。
23S和28S rRNA在转译过程中作为肽酰转移酶催化多肽（包括蛋白质）中氨基酸之间肽键的形成。rRNA是单链RNA，但通过折叠形成了广泛的双链区域。
特点
核糖体RNA在各种生物中都有其特性，因此可以从不同生物的rRNA的对比中得出关于生物进化历程的结论。
rRNA为肽酰转移酶（peptidyl transferase）时，催化使肽键形成，不需要额外的能量。
过去认为，大亚基的蛋白质具有酶的活性，促使肽键形成，故称为转肽酶。
20世纪90年代初，H.F.Noller等证明大肠杆菌的23SrRNA能够催化肽键的形成，才证明核糖体是一种核酶，从而根本改变了传统的观点。核糖体催化肽键合成的是rRNA，蛋白质只是维持rRNA构象，起辅助的作用。
(8)rrna数据库扩展阅读：
rRNA的重要性
rRNA的某些特征在物种进化及医药方面的研究十分重要。
1、rRNA是所有细胞中都会表达的基因，即所有拥有细胞结构的生物都拥有rRNA。
因此可以通过对编码rRNA的基因进行测序来对某种生物进行分类学上的分类、计算出相关的种群或估测物种的差异度。已有逾千种rRNA已被测序，测序的结果被储存在特殊的数据库（如RDP-II和SILVA）中。
2、核糖体中的rRNA是多种临床有关抗生素的靶位点，例如：巴龙霉素可特异性地与原核生物核糖体的30S小亚基的A区（该区存在16S rRNA）结合，干扰翻译过程的正常进行。
其他通过与rRNA反应起到杀菌作用的抗生素还有：氯霉素、红霉素、春雷霉素、微球菌素、蓖麻毒素、帚曲霉素、大观霉素、链霉素及硫链丝霉素。