Ⅰ RefSeq什么意思
就是参考序列。
英语在许多国际组织或者会议上都是必需语言,联合国秘书长的当选条件之一,是同时掌握英语和法语。
由于讲英语的两个主要国家——英国与美国,先后成为世界大国之故,并在商业、学术领域具较大影响力,在科技方面的突出贡献和领先地位,因此许多人都将英语做为一种外语或第二语言,把英语作为外国语使用的人约3亿—5亿。英语在欧洲大陆及日本是最普遍作为外语来学习的语言(94%),接着是法语和西班牙语,在中国等国家,英语是学校的必修外语课程。
英语作为第二语言和作为外国语这两种不同的使用法,说明英语正在愈来愈被看成一种国际交往的工具,它不再为一国或一个民族所专有,而是一种中性的信息媒介。
基本英语是为了国际交流使用而简化了的英语。它通常被一些飞机厂商和其他国际企业用作书写手册和交流。远东的一些学校把它作为基础英语来教授。
Ⅱ 转录测序中的nr,nt,swissprot,cog,kegg,go分别是什么意思
NR库属于非冗余蛋白序列数据库,是NCBI官方的蛋白序列数据库,数据来源于GenPept、SwissProt、PIR、PDF、PDB以及NCBI RefSeq,是默认的蛋白比对数据库。
NT数据库是美国国家生物技术信息中心NCBI官方的核酸序列数据库,NT库属于非冗余核酸序列数据库,数据来源于GenBank、EMBL 以及 DDBJ,是NCBI默认的核酸blast比对数据库。
SwissProt数据库是检查过的、手工注释的蛋白数据库,我们将Unigene注释到SwissProt数据库,以得到更加高质量的注释结果。
COG (clusters of orthologous groups)主要是原核生物和单细胞真核生物的直系同源物,KOG(clusters of euKaryotic Orthologous Groups)数据库包含了7个完整基因组的真核生物的直系同源家族蛋白, 构成每个 KOG 的蛋白集是被假定为来自于一个祖先蛋白,根据系统发生进行分类,一般COG指原核生物,KOG指真核生物,KOG与COG提供了相似的基因同源物的分类信息。
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是处理基因组、生物通路、疾病、药物和化学物质之间联系的集成数据库。 KEGG用于生物信息研究等,包括基因组,代谢组学等其他组学的数据分析,涵盖了Drug Development(药物开发)、 Cellular Processes(细胞过程)、 Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、 Human Diseases(人类疾病), Metabolism(代谢)、 Organismal Systems(有机系统)等方面。
GO( Gene Ontology ): 基因本体。生物技术的发展迅速,数据越来越多,不同数据库命名标准不统一,为了解决不同的生物学数据库可能会使用不同的术语的问题,从而基因本体联合会(Gene Onotology Consortium)开发GO来描述基因在分子、细胞和组织水平的功能体现。GO的基本描述单元是GO terms。GO主要包括三个分支: 生物过程(biological processes)、分子功能(molecular function)和细胞组成(cellular components),用于描述基因产物的功能。GO中使用了is_a、part_of和regulates三种互作关系。
Ⅲ 关于 NCBI 基因人工摘要数据库
一级数据库(PrimaryDatabases)
1、直接来源于测序工作者或实验室研究人员
2、数据库工作人员组织数据但不添加任何信息
例如:GenBank
衍生数据库(DerivativeDatabases)
1、人工校正的数据库
例如:RefSeq
2、计算机校正的数据库
例如:UniGene
Ⅳ RefSeq数据库的介绍
RefSeq数据库,即RefSeq参考序列数据库,美国国家生物信息技术中心(NCBI)提供的具有生物意义上的非冗余的基因和蛋白质序列。
Ⅳ 基因识别的识别方法
在基因的间接识别法(Extrinsic Approach)中,人们利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段。由给定的mRNA序列确定唯一的作为转录源的DNA序列;而由给定的蛋白质序列,也可以由密码子反转确定一族可能的DNA序列。因此,在线索的提示下搜寻工作相对较为容易,搜寻算法的关键在于提高效率,并能够容忍由于测序不完整或者不精确所带来的误差。BLAST是目前以此为目的最广泛使用的软件之一。
若DNA序列的某一片段与mRNA或蛋白质序列具有高度相似性,这说明该DNA片段极有可能是蛋白编码基因。但是,测定mRNA或蛋白质序列的成本高昂,而且在复杂的生物体中,任意确定的时刻往往只有一部分基因得到了表达。这意味着从任何单个细胞的mRNA和蛋白质上都只能获得一小部分基因的信息;要想得到更为完整的信息,不得不对成百上千个不同状态的细胞中的mRNA和蛋白质测序。这是相当困难的。比如,某些人类基因只在胚胎或胎儿时期才得到表达,对它们的研究就会受到道德因素的制约。
尽管有以上困难,对人类自身和一些常见的实验生物如老鼠和酵母菌,人们已经建立了大量转录和蛋白质序列的数据库。如RefSeq数据库,Ensembl数据库等等。但这些数据库既不完整,也含有相当数量的错误。 鉴于间接识别法的种种缺陷,仅仅由DNA序列信息预测蛋白质编码基因的从头计算法(Ab Initio Approach)就显得十分重要了。一般意义上基因具有两种类型的特征,一类特征是“信号”,由一些特殊的序列构成,通常预示着其周围存在着一个基因;另一类特征是“内容”,即蛋白质编码基因所具有的某些统计学特征。使用Ab Initio方法识别基因又称为基因预测。通常我们仍需借助实验证实预测的DNA片段是否具有生物学功能。
在原核生物中,基因往往具有特定且容易识别的启动子序列(信号),如Pribnow盒和转录因子。与此同时,构成蛋白质编码的序列构成一个连续的开放阅读框(内容),其长度约为数百个到数千个碱基对(依据该长度区间可以筛选合适的密码子)。除此之外,原核生物的蛋白质编码还具有其他一些容易判别的统计学的特征。这使得对原核生物的基因预测能达到相对较高的精度。
对真核生物(尤其是复杂的生物如人类)的基因预测则相当有挑战性。一方面,真核生物中的启动子和其他控制信号更为复杂,还未被很好的了解。两个被真核生物基因搜寻器识别到的讯号例子有CpG islands及poly(A) tail的结合点。
另一方面,由于真核生物所具有的splicing机制,基因中一个蛋白质编码序列被分为了若干段(外显子),中间由非编码序列连接(基因内区)。人类的一个普通蛋白质编码基因可能被分为了十几个外显子,其中每个外显子的长度少于200个碱基对,而某些外显子更可能只有二三十个碱基对长。因而蛋白质编码的一些统计学特征变得难于判别。
高级的基因识别算法常使用更加复杂的概率论模型,如隐马尔可夫模型。Glimmer是一个广泛应用的高级基因识别程序,它对原核生物基因的预测已非常精确,相比之下,对真核生物的预测则效果有限。GENSCAN计划是一个着名的例子。 由于多个物种的基因组序列已完全测出,使得比较基因组学得以发展,并产生了新的基因识别的方法。该方法基于如下原理:自然选择的力量使得基因和DNA序列上具有生物学功能的其他片段较其他部分有较慢的变异速率,在前者的变异更有可能对生物体的生存产生负面影响,因而难以得到保存。因此,通过比较相关的物种的DNA序列,我们能够取得预测基因的新线索。2003年,通过对若干种酵母基因组的比较,人类对原先的基因识别结果作了较大的修改;类似的方法也正在应用于人类的基因组研究,并可能在将来的若干年内取得成果。
Ⅵ refseq geneid 怎么找到对应的基因
就是参考序列。
NCBI 参考序列计划提供了校正的序列数据和相关的信息,给同行提供使用的标准。GenBank是一个序列的存储池,RefSeq数据库将是一个参考序列的非冗余集合,包括构建的基因组contig,mRNA,蛋白,和,在未来,整个染色体。
Ⅶ 基因组中:RefSeq是什么意思
就是参考序列。
NCBI 参考序列计划提供了校正的序列数据和相关的信息,给同行提供使用的标准。GenBank是一个序列的存储池,RefSeq数据库将是一个参考序列的非冗余集合,包括构建的基因组contig,mRNA,蛋白,和,在未来,整个染色体。RefSeq记录是有三种可以获得的状态:预测的,临时的和检查过的。检查过的记录代表了我们目前关于一个基因和它的转录子的知识的汇编。在检查的过程中,我们整合了更多的信息,只要是可以获得,如序列数据,发表物,命名,和特征注解,都来自于很多GenBank记录,人类基因组命名委员会,和OMIM。
最开始的RefSeq记录版本包括人类mRNA和蛋白参考序列。目前的范围只局限于人类序列