『壹』 RStudio Tour
安裝RStudio之後，讓我們對她進一步的熟悉。
1. 象限
RStudio有四個象限，每一個象限代表不同的功能，當你第一次打開RStudio, 你應該看到如下界面：
2. RStudio的主界面
你可能會錯過左上象限，取而代之的是屏幕左側只有一個區域，控制台——如果是這種情況，轉到File> New File> R Script；現在它應該如下圖所示了。您可以通過將滑鼠懸停在象限之間的空間上並單擊拖動分隔符來調整各部分的大小，從而更改每個象限的大小。我們將逐一介紹每個區域，並描述它們的一些主要功能。不可能涵蓋RStudio可以做的所有事情，所以我們建議您也自己去探索RStudio！
3. 菜單欄
菜單欄橫跨屏幕頂部，應該有兩行。第一行應該是一個相當標準的菜單，從File和Edit開始。下面是一排圖標，它們是您將經常使用的功能的快捷方式。
4. 主菜單欄中的常用選項
首先，讓我們瀏覽一下您將使用的菜單欄的主要部分。第一個是File菜單。在這里，我們可以打開新建或已保存的文件，打開新建或已保存的項目(我們以後會有關於R項目的更多課程，請繼續關注!)，保存當前的文檔或關閉RStudio。如果您將滑鼠移到新文件上，將出現一個新菜單，提示您可以使用的各種文件格式。R Script和R Markdown文件是最常見的文件類型，但你也可以生成R筆記本、網路應用、網站或幻燈片演示。如果您單擊其中任何一個，Source象限中的一個新選項卡將打開。
5. 會話菜單
會話菜單有一些特定於R的功能，在這些功能中，你可以重啟、中斷或終止R——如果R不正常或卡住了，你想停止它正在做的事情並從頭開始，這些功能會很有幫助。
6. 工具菜單
工具菜單是一個寶庫的功能，供您探索。您可以在這里安裝新軟體包、設置版本控制軟體、設置RStudio外觀和功能的選項和首選項。現在，我們將不討論這個問題，但是當您對RStudio有了更多的經驗之後，一定要自己探索這些菜單，看看可以修改什麼來最適合您的偏好。
7. 控制台
您應該對這個區域很熟悉——當您打開RGui時，會看到控制台。在這里輸入和執行命令，並顯示所述命令的輸出。
來執行你的第一道命令，>1+5，然後回車鍵，你可以看到輸出結果6
8. 環境/歷史
單擊「Titanic」行上的任何地方，Source象限上將出現一個新的選項卡，顯示您創建的矩陣。在R中創建的任何數據格式或矩陣都可以在RStudio中以這種方式查看。
9. 文件、圖形、包、幫助和查看器
我們將看到的最後一個區域位於RStudio窗口的右下角。在這個象限中，頂部有五個選項卡:文件、圖形、包、幫助和查看器。
在文件中，您可以看到當前工作目錄中的所有文件。如果這不是您希望保存或檢索文件的地方，您還可以使用最右邊的省略號在此選項卡中更改當前工作目錄，找到所需的文件夾，然後在「More」齒輪下，將這個新文件夾設置為工作目錄。
10. 當你需要查看包的功能和使用方法，幫助鍵是一個不錯的選擇。
後台回復RStudio，會提供一份RStudio快捷鍵的詳細目錄。
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『貳』 創建一個新工程Rstudio中如何找回之前的腳本
創建一個工程sayHello
編輯DESCRIPTION
創建sayHello.R的腳本
編輯sayHello.Rd的文檔
『叄』 rstudio怎麼進行數據去重
下載安裝：R語言和它的UI界面非常安裝比較簡單，這里就不重復描述了，只需要到R的官網上，對應自己電腦的操作系統下載對應的版本即可。R提供window、linux和MAC OS X版本，對應下載即可，如筆者的是普通的window 32位。網路R官網，左上角的download，選擇合適的鏡像。如果找不到下載安裝，那就不適合繼續學習R語言了。
安裝好之後，我們打開R界面，可以看到，R的界面非常簡潔，只有一個菜單欄,和一個默認新建的R Console 控制台。
R Console 控制台的使用：我們可以在R Console 控制台內輸入腳本進行運算、繪圖和分析、如我們輸入運算：1+2，按回車鍵。可以看到系統在下一行內彈出了一個3，有點類似於cmd的操作。
我們也可以對編輯腳本，打開文件--新建--new script，可以在彈出的R編輯器--R Editor中進行編輯錄入腳本的操作，編輯完畢可以進行保存和讀入等一系列操作
從上面的界面和操作可以看出，單單使用R自帶的gui界面，難以進行方便快捷的操作，因此我們需要使用到R的輔助UI軟體RStudio。同樣地我們安裝好並打開它。我們看到RStudio界面比R自身內容豐富很多，整個界面切成多個模塊進行同步操作顯示，腳本區、控制台區、文件區非常清晰易用。
同樣的，我們操作1+2、1+3的運算，可以在腳本區編輯錄入1+2，回車下一行繼續錄入1+3，這時我們看到編輯區有兩行代碼，證明這個區域與運行區是分離的，可以方便我們自由地編寫修改腳本。
如果我們需要運行剛才編輯的兩行腳本，我們可以選中它，按Ctrl+回車即可進行運行，選中1行則執行一行，選中全部則執行全部。這里操作運算了3次，對應不同的運算結果顯示在了編輯區下方的控制台Console 區域。同樣地，我們可以對這類腳本進行保存、打開重編輯、運行等一系列操作
『肆』 r語言如何運行腳本
rstudio可以運行腳本，腳本文件格式一般為rscript，打開腳本，選擇程序，點擊run按鈕即可運行。
『伍』 r studio中save什麼意思
RStudio的左上角是腳本編輯窗口，編寫好代碼之後點擊Run按鈕運行即可。如果選中某幾行代碼點擊Run，則只運行著幾行代碼。
新腳本文件建立: File-New File-R Script命令。
Source on Save：自動保存，最好勾上。
中間的發光棒包含多個功能，可以嘗試用用
初步學習RStudio的使用
左下角是一個Rgui編輯器，可以寫代碼，也能顯示運行結果。
初步學習RStudio的使用
右上角的History是運行的歷史紀錄界面。
To Console是將選擇的代碼送到左下角的操作平台運行。
To Source是將代碼送到左上角的游標位置。
初步學習RStudio的使用
右上角的Environment，Save可以保存當前工作區；Import Dataset則是導入數據作為數據集；Clear可以將當前工作區的所有變數和函數清除干凈。
初步學習RStudio的使用
右下角功能較多，展示如圖。
『陸』 RStudio中untitled中輸入代碼,一直彈出save file 的提示。很煩
這是在RStudio中語句沒有編輯完的情況，
1.直接鍵盤按Esc鍵退出就可以把+號去掉，恢復正常的編輯狀態，
2.清屏用快捷鍵Ctrl+L 就可以清除所有編輯的語句。
『柒』 R語言細節匯總
開始一個新的R語言數據分析新項目，管理腳本、圖片、文件的推薦方式：打開Rstudio，新建Rproject，新建腳本（腳本存放在生成的Rproject文件夾中）。
若要逆著優先順序操作，將返回NA
x %in%y是判斷x中的每一個元素是否在y中存在。
若x和y長度不一致，返回x個TRUE或者FALSE。
⚠️練習：按如下方式生成test數據框，提取test中，最後一列值為a或c的行，組成一個新的數據框，賦值給test2。
這里如果使用==來判斷，就相當於拿test$n的15個值與c('a','c')的2個值來一一對應著比對，因為兩者長度不同，會發生循環補齊，其效果如下圖，明顯不是我們想要的結果。
x%in%y：選出x是y中一個值時的所有行
另：取交集、差集、並集的函數為：intersect(x,y)、union(x,y)、setdiff(x,y)、setdiff(y,x)
match函數的用法參考： https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/84927296
使用match函數修改矩陣的信息
方法1--設置CRAN鏡像：打開R studio，點擊tools--global option--packages，選擇Package CRAN reposotory。
方法2--設置CRAN和bioconctor鏡像
用於讀取/導出文件的R包
rio可以不用區分讀入文件類型，大部分文件可直接用import()讀取。
@ 是R中，S4類的一個操作符， 用於提取S4對象中的內容（slot） ，比如：
這個時候$是不起作用的，因為被S4類重寫了。可以自己定義$的行為。
⚠️： matrix不能直接用$取列
⚠️因此如果想取數據框中的部分行，在方括弧中直接輸入行數即可，返回的仍然是數據框。但如果加了逗號，會喪失數據框的格式，也就是會使數據框的行名（往往是基因名）丟失。
後面存圖時可以用paste0連接GSE編號和圖片類型及後綴，這樣不同數據的分析得到的圖片名就跟數據相一致。
通過將變數因子化來設置柱條的順序
『捌』 rstudio方法被覆蓋怎麼解決
刪除不需要的R軟體的安裝目錄，僅留下所需版本的目錄即可。
打開RS選擇磁碟然後選擇你要恢復的磁碟右擊掃描掃描完成後，選擇你需要的目錄進行拷貝導出。
使用rstudio可以打開RStudio軟體後，進入軟體的主界面，軟體的左上角是腳本編輯窗口，您可以在這個窗口中編寫代碼，您可以點擊點擊Run按鈕就可以運行您編寫好的代碼了。軟體左下角是一個Rgui編輯器，在這個編輯中您既可以代碼，也可以顯示運行。RStudio軟體右上角的History是運行的歷史紀錄界面。ToConsole是將選擇的代碼送到左下角的操作平台運行。ToSource是將代碼送到左上角的游標位置。右上角的Environment，Save可以保存當前工作區。ImportDataset則是導入數據作為數據集。Clear可以將當前工作區的所有變數和函數清除干凈。