Ⅰ 什麼是腫瘤甲基化基因檢測
現有應用於臨床的腫瘤基因甲基化檢測，是由德國EIP公司研發的一項基於基因靶點是否出現甲基化表達變化的技術，主要用於腫瘤超早期篩查，在歐洲多家醫療機構進行試驗後，獲得了歐盟CE認證。德國EIP與美國博爾誠公司共同開發了對結直腸癌、胃癌、肝癌、食管癌、肺癌等惡性腫瘤的檢測試劑，在美國MD安德森癌症中心進行臨床試驗，獲得了美國FDA認證。該項技術於2016年被列入了美國疾病預防工作委員會（USPSTF）的篩查項目指南中，作為美國40歲以上人群的常規癌症超早期篩查項目之一。
2014年美國博爾誠進入中國後，在北京成立博爾誠醫學檢驗公司，與國內北京協和、北京301、四川大學華西醫院等幾十家三甲醫院進行臨床試驗，於2015年獲中國食葯監局認證，目前此技術被用於癌症超早期以及早期的篩查，具有重要的臨床診斷學意義。
Ⅱ 如何直接查找tcga數據中某一基因在某一腫瘤中的表達
一個良好的開端就是分析感興趣基因的突變和其它異常，ICGC數據門戶提供了幾條研究路線。輸入一個基因名稱，NCBI登錄號，或者Ensembl基因ID，點擊基因報告（Gene Report），就能在突變摘要（Mutation Summary）中找到已發現的突變和拷貝數變化，以及迄今為止，這些突變在腫瘤中出現的頻率。COSMICsection就在體細胞突變列表下方，包括了點突變，少量缺失，以及插入突變等方面的數據。
另外一種方法就是在一種腫瘤中尋找所有受到影響的基因，在ICGC數據門戶中，研究人員能通過點擊數據搜索（Database Search）下的Genes，然後選擇感興趣的腫瘤類型，以及一些其它參數，比如分析的途徑等，這樣就能找到所有受到影響的基因。除此之外，TCGA數據門戶中，還可以從Download Data menu上選擇批量下載（Bulk Download），獲取體細胞突變數據，以及其它類型數據，比如拷貝數，DNA甲基化，基因表達。
Ⅲ 如何快速掌握TCGA資料庫
在proportional裡面搜你感興趣的腫瘤，然後就會出現很多研究，在每個研究後面都有summary，你點擊進去就有臨床數據，有的還有變異和拷貝數變化的數據。目前個人感覺臨床數據這塊還是proportional這兒比較方便，其他的例如基因表達的數據cancer browser還是可能會好些，各種各樣的都可以試試，不過原始的TCGA數據還是覺得一般是高手才去弄，新手還是多學習，站在巨人的肩膀上再去。The Cancer Genome Atlas，TCGA， 資料庫。TCGA數據源大部分都是公開的。目前來能夠從TCGA資料庫中提取數據的處理工具有proportional。
Ⅳ 怎麼知道一個基因是否在某一腫瘤細胞中表達
人類結構基因4個區域：①編碼區，包括外顯子與內含子；②前導區，位於編碼區上游，相當於RNA5』末端非編碼區（非翻譯區）；③尾部區，位於RNA3』編碼區下游，相當於末端非編碼區（非翻譯區）；④調控區，包括啟動子和增強子等。基因編碼區的兩側也稱為側翼順序
Ⅳ 如何看go資料庫中查出來的pathway，是否與腫瘤相關
我對這個也不算非常了解，簡單說下我的經驗，僅供參考。
首先其實有很多pathway都與腫瘤相關，一般來說與腫瘤發生相關的pathway包括細胞信號轉導（akt，notch，MAPK等）、細胞損傷修復（ATM，NHEJ等）、細胞周期調控（Cdk）、基因表達調控（如 p53）以及細胞遷移等，而且它們之間一般都有交叉。雖然大多數pathway都或多或少參與腫瘤發生，但是直接相關的一般是我提到的這些，主要作用於cancer的發生，成熟以及遷移。
其次，通過你這個圖上列出來的這個腫瘤基因有可能參與的過程，我覺得有可能參與腫瘤發生的包括：regulation of cell morphogenesis（因為腫瘤細胞形成中細胞形態會發生變化）；regulation of gene expression（比如p53就會抑制與cancer發生相關基因的表達，但這個功能實在太寬泛了，可以說所有細胞活動都和基因表達相關，請問你這個基因是transcript factor嗎？如果是的話這就很可能是它直接參與cancer development的原因）；positive regulation of peptidase activity （和前面那點一樣，這種廣譜性影響蛋白質變化的過程可以參與任何方面）；response to corticosteroid （有可能通過response to一些皮質類激素調節cell signal）；positive regulation of macromolecule biosynthetic process（調節大分子生物合成也可能影響蛋白質表達）；anatomical structure formation involved in morphogenesis （同在morphogenesis的解釋）。
最後說明一點，僅僅通過這種方法其實並不會很大的縮小范圍，但是如果結合你的目的蛋白的功能研究（如果之前有相關文獻報道或者你已知目的蛋白具有酶活性）或定位分析，就可以大大縮小范圍了。
希望能對你有所幫助，如果有進一步問題，我們可以繼續討論。
Ⅵ pan-cancer的基因表達在哪個資料庫
資料庫名稱：Oncomine資料庫。
基因表達差異分析（通過檢索基因表達譜差異，挖掘具有研究價值的靶分子，檢索特定研究靶分子，分析其在腫瘤中的表達情況），多基因共表達分析，Oncomine和TCGA相比的優勢就是，它除了數據，還提供了一些簡潔易操作的分析工具，如差異表達分析、共表達分析等，分析後可以直接出圖用在文章里。另外它還整合了TCGA和GEO的部分數據。
Ⅶ 什麼是中腫瘤基因，我們有必要去做腫瘤基因檢測嗎
基因檢測對於健康的人群也可以進行，但是如果已經有腫瘤，那麼基因檢查至關重要。比如常用的靶向葯物治療，如果沒有基因檢測的協助，靶向葯物的使用和療效判定幾乎是不可能的。在化療的使用中，基因檢測也可以為化療葯物的敏感性、適用性、適用范圍以及毒副反應的發生提供依據。
Ⅷ the cancer omics atlas的基因表達數據來源
TCGA。
使用的癌症基因表達數據來源於TCGA。
該資料庫目前共收錄了33種癌症類型，超過了2個PB的數據，該數據是免費公開的，極大的幫助癌症研究者提高對癌症的預防，診斷和治療。