❶ 如何分析一個mirna的調控基因
雖我做我知道相關軟體算用於預測microRNA靶基比mirBase類比較用基miRNA資料庫叫tarbase面基跟mirna應數據查查
❷ tarbase v.8資料庫使用方法
根據給出相關的文獻，組織類型，檢驗的方法等數據可以檢驗資料庫。
可以同時輸出miRNA和gene, 也可以只輸入其中一種進行檢索。輸入的miRNA名稱需要符合mirBase資料庫中的miRNA名字的格式，對於gene, 支持gene symbol和ensembl gene ID兩種格式。
❸ 分析miRNA的資料庫都有哪些
1、starBase
一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調控關系。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。最新版本發布時間：2013年11月。
2、miRbase
眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數據探討microRNA的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microRNA->靶標的調控網路。最新版本發布時間：2012年11月。
4、Tarbase
一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2009年1月。
5、miRecords
一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。最新版本發布時間：2010年11月。
6、targetScan
基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月。
7、PicTar
基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。最新版本發布時間：2007年3月。
8、PITA
基於靶位點的可接性和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。最新版本發布時間：2008年8月。
9、RNA22
基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。最新版本發布時間：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發布時間：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
12、miRTarBase
整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。最新版本發布時間：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。最新版本發布時間：2010年11月。
14、MiRNAMap
動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。最新版本發布時間：2008年1月。
15、miRDB
動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
16、RNAhybrid
一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發布時間：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2007年1月。
❹ miRBase 中收錄的miRNA都是實驗驗證的嗎
顯然不是。
miRBase中的miRNA很大一部分是計算預測得到的。
每一條miRNA記錄頁面都有顯示該miRNA的文獻來源，是否是實驗發現的自然很容易判斷，看Evidence即可。
在deep sequencing流行之後，miRBase增長速度明顯加快，不可靠的信息也逐漸多起來了。這也是為什麼隨著版本升級一些miRNA會dead或者modified的原因。當然，實驗手段也不見得完全可靠。
❺ 求個肺癌相關 miRNA資料庫，最好是中文的，求個鏈接
以下是常用的microRNA靶標資料庫和軟體資源列表，中文的暫時沒有這種資料庫吧，下面第一個基本就夠用的了：
（1） miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。
（2） starBase：一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫，整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。
（3） Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。
（4） miRecords：一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。
（5） targetScan:
基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。
（6） PicTar：基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因的軟體，假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。該文章位列miRNA相關文章引用Top5。
（7） PITA：基於靶位點的可接性（target-site
accessibility）和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。網址：
（8） RNA22：基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。
（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright
實驗室開發的microRNA靶標資料庫。
（11） miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。
（12） miRGator
v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。
（13） MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。
（14） miRDB:
動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。
（15） RNAhybrid：一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標的軟體。
（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶標資料庫。
（17） Targetfinder:
使用基於植物的靶標罰分策略預測小RNA的靶標軟體。
（18） miRU, psRNATarget:
一個網頁版的植物microRNA靶標預測工具。
（19） CleaveLand:一個基於mRNA降解組數據預測microRNA靶標的工具。
（20） Target-align：一個就鑒定植物microRNA靶標的工具。
❻ 如何預測調控一個基因的microRNA，請高手指教~~~
雖然我不做這個，但是我知道有相關的軟體，演算法用於預測microRNA的靶基因，比如mirBase之類的。有個比較常用的基因miRNA資料庫叫tarbase，裡面就有基因跟mirna的對應數據，你可以去查查。
❼ lncRNA和microRNA、smallRNA的關系
你說的這三類都是非編碼RNA，不編碼蛋白質。 smallRNA一般指用來描述細菌中發現的那些微小RNA，不過也被用於描述其他物種的非編碼RNA，比如microRNA，siRNA，snoRNA等等，一般長度在20-30個核苷酸。microRNA屬於smallRNA的一種，長度在22個核苷酸左右，通過靶向靶基因的3『UTR抑制或者降解靶基因的表達，從而達到調控基因表達的目的。lncRNA是最近才火起來一類非編碼RNA，長度大於200個核苷酸，作用機制尚不太十分明確。 目前已經有很多成熟的資料庫來存儲這些非編碼RNA，比如mirbase，tarbase，lncRNAdb，lncipedia等等，你可以去這些資料庫查找你想要的信息。
希望能幫到你。。
❽ IL-6受到miRNA的調控嗎
這個可以給你指出幾條途徑： 首先你可以到pubmed資料庫中查詢有沒有相關的miRNA來調控IL-6，我看了下這個是有的比如miR-17-92 cluster，miR-98，miR-26等等。然後你還可以到一些miRNA與其靶基因的資料庫比如miRTarbase，tarbase這些，這個我就沒有去查了。最後一個你還可以通過比如miranda，targetscan這些預測演算法自己去預測，然後進行實驗驗證。。
❾ miRNA構建在質粒上是用miRNA的什麼序列，cDNA還是在染色體上的基因序列，在什麼地方查
MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中發現的一類內源性的具有調控功能的非編碼RNA，目前發現的數量就那麼幾條，從基因組DNA上轉錄下來，經過兩次剪接，成為成熟的MiRNA。
給你三個資料庫和軟體：
miRbase：microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。
Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。
PicTar：基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因的軟體，假陽性率也較低。
❿ Targetscan軟體預測靶基因，是不是越靠前的，可能性越大
MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中發現的一類內源性的具有調控功能的非編碼RNA，目前發現的數量就那麼幾條，從基因組DNA上轉錄下來，經過兩次剪接，成為成熟的MiRNA。給你三個資料庫和軟體：miRbase：microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。 Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。PicTar：基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因的軟體，假陽性率也較低。