『壹』 求個肺癌相關 miRNA資料庫，最好是中文的，求個鏈接
以下是常用的microRNA靶標資料庫和軟體資源列表，中文的暫時沒有這種資料庫吧，下面第一個基本就夠用的了：
（1） miRbase：眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。
（2） starBase：一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫，整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。
（3） Tarbase：一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。
（4） miRecords：一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。
（5） targetScan:
基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。
（6） PicTar：基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因的軟體，假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。該文章位列miRNA相關文章引用Top5。
（7） PITA：基於靶位點的可接性（target-site
accessibility）和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。網址：
（8） RNA22：基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。
（9） miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial
Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。
（10） MicroCosm：EMBL-EBI的Enright
實驗室開發的microRNA靶標資料庫。
（11） miRTarBase：整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。
（12） miRGator
v2.0：整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。
（13） MiRNAMap:動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。
（14） miRDB:
動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。
（15） RNAhybrid：一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標的軟體。
（16） miRGen：microRNA基因和microRNA靶標資料庫。
（17） Targetfinder:
使用基於植物的靶標罰分策略預測小RNA的靶標軟體。
（18） miRU, psRNATarget:
一個網頁版的植物microRNA靶標預測工具。
（19） CleaveLand:一個基於mRNA降解組數據預測microRNA靶標的工具。
（20） Target-align：一個就鑒定植物microRNA靶標的工具。
『貳』 分析miRNA的資料庫都有哪些
1、starBase
一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調控關系。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。最新版本發布時間：2013年11月。
2、miRbase
眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數據探討microRNA的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microRNA->靶標的調控網路。最新版本發布時間：2012年11月。
4、Tarbase
一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2009年1月。
5、miRecords
一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。最新版本發布時間：2010年11月。
6、targetScan
基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月。
7、PicTar
基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。最新版本發布時間：2007年3月。
8、PITA
基於靶位點的可接性和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。最新版本發布時間：2008年8月。
9、RNA22
基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。最新版本發布時間：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發布時間：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
12、miRTarBase
整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。最新版本發布時間：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。最新版本發布時間：2010年11月。
14、MiRNAMap
動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。最新版本發布時間：2008年1月。
15、miRDB
動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
16、RNAhybrid
一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發布時間：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2007年1月。
『叄』 如何使用miranda進行mirna進行靶基因預測
如何使用miranda進行mirna進行靶基因預測
目前更先進的方法是通過紫外線照射以交聯復合物，然後開展深度測序以鑒定發現的RNA，這種方法被稱為紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用這種方法來尋找miRNA的靶基因，能夠明顯降低miRNA結合位點的假陽性預測率，並且縮小miRNA結合位點的空間范圍，可在全基因組范圍內鑒定AGO蛋白與不同RNA上的結合。
Clontech公司（Takara旗下）也推出了一種新工具，能協助鑒定細胞中的miRNA靶點。這一工具名為MirTrap系統。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體，允許miRNA與其目標結合，但限制進一步的加工。此亞基整合到內源的Argonaute/RISC復合物中，並「鎖定」miRNA-目標mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK（FLAG表位）標簽有助於整個Ago/RISC復合物的捕獲和分離。這樣就能實現miRNA及其目標的免疫沉澱，從而通過新一代測序或定量PCR來鑒定或定量。
『肆』 做miRNA的預測怎麼從資料庫選取已知的miRNA及其靶基因，新手求教，最好詳細的說下操作步驟，多謝了
如果是要初步的篩選，最好用至少3個資料庫進行預測，然後取共有的target gene進行下一步的驗證，常用的資料庫有targetscan，RNA22，mirbase，PITA，microcosom等等
『伍』 mirna靶基因預測的軟體有哪些
免疫沉澱當然，確定miRNA與mRNA之間的互作，我們還有更直接的方法，那就是從實驗上尋找物理相互作用。我們可以利用RNA誘導沉默復合物（RISC）中的Argonaut（AGO）蛋白的抗體進行免疫共沉澱（co-IP）。生物通 目前更先進的方法是通過紫外線照射以交聯復合物，然後開展深度測序以鑒定發現的RNA，這種方法被稱為紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序（HITS-CLIP），或CLIP-seq。利用這種方法來尋找miRNA的靶基因，能夠明顯降低miRNA結合位點的假陽性預測率，並且縮小miRNA結合位點的空間范圍，可在全基因組范圍內鑒定AGO蛋白與不同RNA上的結合。現在有多家公司提供CLIP-seq服務，如銳博生物。 Clontech公司（Takara旗下）也推出了一種新工具，能協助鑒定細胞中的miRNA靶點。這一工具名為MirTrap系統。它利用RISC蛋白的顯性失活突變體，允許miRNA與其目標結合，但限制進一步的加工。此亞基整合到內源的Argonaute/RISC復合物中，並「鎖定」miRNA-目標mRNA。顯性失活亞基上的DYKDDDDK（FLAG表位）標簽有助於整個Ago/RISC復合物的捕獲和分離。這樣就能實現miRNA及其目標的免疫沉澱，從而通過新一代測序或定量PCR來鑒定或定量。
『陸』 miRNA靶基因預測軟體和miRNA靶點database的區別是什麼
使用計算機預測植物miRNA靶基比較簡單植物miRNA與靶基幾乎完全互補配式結合預測需要復雜算預測物miRNA靶基則存定困難主要目前已知miRNA靶基及其確切靶點算編寫沒足夠
『柒』 如何預測和鑒定miRNA的靶基因
用一些預測軟體，例如TargetScan、miRDB等。
可以同時使用幾個軟體預測，挑選出重疊的靶標，進行靶標驗證。一般預測的靶標都是3'UTR區有結合位點，因此通常使用雙熒光素酶報告實驗來證明是否真的是直接靶標。然後通過mimics、inhibitor處理，發現靶標確實發生了相應的變化則證明為直接靶標。
『捌』 哪個資料庫能找到mirna已經被驗證的靶基因
這里有一個軟體：miRTarBae，不錯！它整合實驗證實的miRNA靶標的資料庫。輸入感興趣的miRNA，即可找到驗證了的靶基因。靶基因在Wikipedia就可找到它的功能！
目前自己的實驗驗證了10個miRNA,找到一個有意思的miR483,它在小鼠上靶基因是SOCS3（Suppressor of cytokine signaling 3）
『玖』 想問一下有批量預測miRNA靶基因的網站或者軟體嗎
今天我們不介紹文章了，回答一個問題：批量miRNA的靶基因預測，不用代碼怎麼實現？
具體來說是這樣的：有同學說在做數據分析的時候通過GEO的晶元分析找到了幾十條顯著差異的miRNA，想對這些miRNA進行靶基因預測，下面是22條舉例的miRNA：
『拾』 怎麼對多個miRNA同時進行靶基因預測
怎麼對多個miRNA同時進行靶基因預測
miRNA通常位於基因間或者內含子區域，在細胞核內有RNA聚合酶Ⅱ轉錄產生具有帽子結構多聚腺苷酸尾巴的pri-miRNA。在核酸酶Drosha及其輔助因子Pasha的作用下，pri-miRNA被處理成70個核苷酸組成具有莖環結構的pre-miRNA，然後由Exportin 5等轉運至細胞質。Dicer將pre-miRNA切割成約22nt的雙鏈miRNA，雙鏈miRNA講解形成單鏈的成熟miRNA。成熟miRNA還需要與Argonaute蛋白等組裝形成RNA誘導沉默復合體（RISC），RISC作用於特異mRNA的3』UTR，從而抑制翻譯過程或者直接講解mRNA。