㈠ 高通量測序數據公共資料庫有哪些
我原來常用的：
NCBI：持有INSDC的節點。網站上有核酸、蛋白、基因名、基因組名等等的搜索工具，以及BLAST序列比對搜索工具，PUBMED文獻資料庫，Taxonomy數據，COG蛋白家族庫等等。FTP可以下到它全部的資料庫，BLAST的單機程序，以及各種工具程序。
EBI：和NCBI類似，歐洲搞的對等物。感覺EBI網站比NCBI要清楚簡潔。另外EBI網站整合了更多的工具，比如多序列比對。
Uniprot：全蛋白庫。NCBI和EBI的蛋白庫來源於此。目前包括兩部分：SwissProt是人工校對過的，TrEMBL是自動校對的。
Pfam：蛋白家族庫。可以使用配套的HMMER進行搜索。比BLAST能找到更遠緣的東西，而且找到的東西是結構域。
Rfam：RNA的，類似Pfam。
㈡ 微生物多樣性高通量測序norank什麼意思
比對資料庫中出現一些分類學譜系中的中間等級沒有科學名稱，用 norank做標記。即此等級未定名。
㈢ Illumina_HiSeq_2000高通量測序結果分析
raw_count應該是某個轉錄本/基因的測到的原始reads條數，normalized_count是經過標准化的數據量；
差異分析需要統計 raw_count, FPKM值，pvalue
㈣ geo資料庫的優點
免費且只要是目前已經發表的論文，論文中涉及到的基因表達檢測的數據都可以通過這個資料庫中找到。
GEO資料庫是一個儲存晶元、二代測序以及其他高通量測序數據的一個資料庫。利用這個資料庫，我們可以檢索到其他一些人上傳的一些實驗測序數據。
不涉及任何檢測原理的角度來說的話，所謂的高通量檢測，其實就是一次性檢測很多指標變化的技術。例如我們說的表達譜數據，就是來檢測基因表達水平。比如我們要對一個人來進行高通量檢測的話，就能知道這個人上萬個基因的表達水平了。
由於GEO資料庫和我們之前介紹的gene資料庫 [資料庫推薦]gene:基因相關信息查詢 以及我們常用來搜索文獻的pubmed都是一個機構的。使用這個資料庫，我們需要做的就是就是就是提供檢索式。檢索式可以是簡單的幾個關鍵詞，也可以是制定特殊的檢索式。
㈤ 病原微生物高通量基因檢測(二代測序法)結果是核收,什麼意思
摘要 病原微生物是指可以侵犯人體，引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。病原體中，以細菌和病毒的危害性最大。病原微生物指朊毒體、寄生蟲（原蟲、蠕蟲、醫學昆蟲）、真菌、細菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。二代測序指利用二代測序技術，檢驗樣本中所有的核酸序列，通過與病原體基因組資料庫進行比對和分析，精準確定病原體，用於感染性疾病的病原體檢測，為臨床病原學診斷提供重要參考依據。
㈥ 高通量測序16srrna基因序列用什麼基因資料庫比對比較好
silva最好，其次greengene（很久沒更新了），rdp官網也提供資料庫；還有ncbi 提供了人工矯正過的16s database。
㈦ 如何解讀高通量測序數據的QC報告
教程的初稿已經整理好，相關也在附件中，請多多指教。希望能對蟲友們有幫助。如果有問題，隨時反饋，更新！
資料庫改版了，現在提交數據的步驟和這個教程有些出入，但是整體思路還是一樣的！
總有人說有木馬，我當時上傳的時候沒有木馬！我特意自己下來看了下，好像真的有。介意的就不要了。建議大家把數據傳到歐洲那個資料庫，操作很簡單。
㈧ geo資料庫一定要下載原始數據嗎
對。一般高通量測序文章發表時會將原始數據上傳至GEO資料庫並在文章中提供GSE號,如果想對某些文章的數據進行在分析,可以在GEO資料庫搜索文章中的GSE號。
㈨ 基因組高通量測序的原理
測序方案建立在雙脫氧測序法(Sanger等，1977)的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序，每一個質粒模板DNA板應配備兩個384孔循環測序反應板。
測序反應採用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和標准M13或常用正向引物和反向引物。測序反應通過BiomekFX(Beckman)移液操作工作站建立。
機械臂負責等分模板試樣，起與反應液混合的作用，反應液含有雙脫氧核苷酸、熒游標記的核苷酸、TaqDNA聚合酶、序列引物和緩沖液。
模板和反應板有條形碼，且在BiomekFX移液操作工作站上有條形碼讀取器跟蹤，確保模板和反應液轉移中沒有錯誤。30～40線性擴增步驟連續循環在MJResearchTetrads或9700熱循環儀(Ap—pliedBiosystems)中進行。
(9)高通量測序資料庫擴展閱讀：
技術發展：
高通量測序平台(high-throughput_genome_sequence_database)自從2005年454 Life Sciences公司（2007年該公司被Roche正式收購）推出了454 FLX焦磷酸測序平台（454 FLX pyrosequencing platform）以來。
曾推出過3730xlDNA測序儀（3730xl DNA Analyzer）的Applied BioSystem（ABI）這家一直占據著測序市場最大份額的公司的領先地位就開始動搖了。
因為他們的拳頭產品毛細管陣列電泳測序儀系列（series capillary array electrophoresis sequencing machines）遇到了兩個強有力的競爭對手，一個就是羅氏公司(Roche)的454 測序儀(Roch GS FLX sequencer)。
另一個就是2006年美國Illumina公司推出的Solexa基因組分析平台（Genome Analyzer platform），為此，2007年ABI公司推出了自主研發的SOLiD 測序儀(ABI SOLiD sequencer)。這三個測序平台即為目前高通量測序平台的代表。