⑴ PDB資料庫怎麼下載蛋白質的二級結構序列
蛋白質資料庫是指包括蛋白質信息的資料庫。常用的蛋白質資料庫有很多，其中Uniprot被認為收錄最廣泛和注釋信息最全面的蛋白質資料庫。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD，詳見Uniprot_網路。其他的蛋白資料庫有PDB（Protein Data Bank，簡稱PDB，開始建立於1971年）等。國內也有些如由上海生物信息技術研究中心下屬的生物信息科學數據共享平台建立及維護的SDSPB等。
⑵ 在NCBI中，如何獲取一個物種的所有蛋白質序列和二級結構
我可以告訴你，那是不可以能的。一個物種所包含的蛋白質有多少種？NCBI中儲存的數據是按照單個蛋白質序列貯存的，而且都只是序列，NCBI不是二級結構資料庫，要找二級結構去PDB找，在說了，就算你找到了所有的某個物種的所有蛋白質序列，您也基本上不可能找到所有對應的二級結構，因為PDB中已經測定的二級結構於NCBI已經測序的序列，那簡直就相差太多了。二級結構目前已經准確則需的大概1.3W中蛋白質，而NCBI中的序列數據的一個月增長速度也許都要比這個高。所以LZ所說的基本上是不可能的，主要是二級結構
⑶ PDB資料庫網址是什麼
http://www.uniprot.org/
新的「聯合蛋白質資料庫」預計在三年內建成，美國國家衛生研究所已決定為這項計劃斥資1500萬美元。這一全球性資料庫有望在2003年年底初步在網際網路上開放，各國研究人
員可通過訪問其網址www.uniprot.org，免費獲取信息。(新浪網 2002年11月01日)
蛋白質資料庫（Protein Data Bank, PDB）是一個生物大分子，如蛋白質和核酸，的資料庫。這些數據包括X光晶體衍射或者NMR核磁共振顯示以及由全世界生物學家和生物化學家上傳，在網上，它們可以通過PBD的會員組織（PDBe, PDBj, RCSB）免費獲取。PDB是由一個叫做世界蛋白質資料庫（Worldwide Protein Data Bank, wwPDB）管理。PDB是結構生物（如結構基因組學）的一個關鍵性資源。大部分學術刊物，以及一些官方科研機構[如美國的國立衛生研究院（NIH）]，現在都要求科學家將它們研究的蛋白質、核酸結構上傳到PDB
從PDB的網站上，可以通過蛋白質的編號查找到相應的3D結構，並可以將這個結構圖下載到電腦中，通過PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等軟體查看、編輯。 從PDB網站上下載的3D結構圖的後綴名為.pdb。
⑷ 生物信息學中的常用的核酸二級資料庫有哪些
常用的有microRNA資料庫miRBase
PDB、NDB資料庫，tRNA資料庫，以及你想要的其他種類的RNA資料庫。
其中PDB、NDB資料庫比較權威，可靠性較高，也比較全面
⑸ 一級資料庫和二級資料庫的區別
1.數據都直接來源於實驗獲得的原始數據，只經過簡單的歸類整理和注釋。
一級核酸資料庫有Genbank資料庫、EMBL核酸庫和DDBJ庫等；蛋白質序列資料庫有SWISS-PROT、PIR等；蛋白質結構庫有PDB等。
二級資料庫:在一級資料庫、實驗數據和理論分析的基礎上針對特定目標衍生而來,是對生物學知識和信息的進一步整理。人類基因組圖譜庫GDB、轉錄因子和
⑹ oracle pdb和cdb的區別
區別一：包含關系不同
1、PDB全稱為Pluggable Database，即可插拔資料庫
2、CDB全稱為Container Database，中文翻譯為資料庫容器，一個資料庫容器（CDB）承載多個可插拔資料庫（PDB）
區別二：用戶使用時存放位置不同
1、COMMON USERS(普通用戶)：經常建立在CDB層，用戶名以C##或c##開頭；
2、LOCAL USERS(本地用戶)：僅建立在PDB層，建立的時候得指定CONTAINER。
(6)pdb資料庫二級擴展閱讀
CDB組件（Components of a CDB）
ROOT組件
ROOT又叫CDB$ROOT, 存儲著ORACLE提供的元數據和Common User,元數據的一個例子是ORACLE提供的PL/SQL包的源代碼，Common User 是指在每個容器中都存在的用戶。
SEED組件
Seed又叫PDB$SEED,這個是你創建PDBS資料庫的模板，你不能在Seed中添加或修改一個對象。一個CDB中有且只能有一個Seed. 這個感念，個人感覺非常類似SQL SERVER中的model資料庫。
PDBS
CDB中可以有一個或多個PDBS，PDBS向後兼容，可以像以前在資料庫中那樣操作PDBS，這里指大多數常規操作。
這些組件中的每一個都可以被稱為一個容器。因此，ROOT(根)是一個容器，Seed(種子)是一個容器，每個PDB是一個容器。每個容器在CDB中都有一個獨一無二的的ID和名稱。
⑺ pdb的數據
蛋白質資料庫（Protein Data Bank,PDB） 是一個生物大分子(如蛋白質和核酸)資料庫, 內容包括由全世界生物學家和生物化學家上傳的蛋白質或核酸的X光晶體衍射或者NMR核磁共振結構數據，這些數據可以通過PBD的會員組織（PDBe,PDBj,RCSB）免費獲取。PDB是由世界蛋白質資料庫（Worldwide Protein Data Bank,wwPDB）管理。PDB是結構生物學的關鍵性資源，大部分學術刊物，以及一些官方科研機構[如美國的國立衛生研究院（NIH）]，現在都要求科學家將它們研究的蛋白質、核酸結構上傳到PDB。
從PDB的網站上，可以通過蛋白質的編號查找到相應的3D結構，並可以將這個結構圖下載到電腦中，通過PyMol、RasMol、Chimera、VMD、Swiss-PdbViewer等軟體查看、編輯。
從PDB網站上下載的3D結構圖的後綴名為.pdb。
⑻ 蛋白質序列資料庫包含哪些內容
蛋白質資料庫
1. PIR和PSDPIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.e/。
資料庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.e/pir/。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。
SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
RCSB的PDB資料庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。
COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。
下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。
⑼ PDB資料庫怎麼樣
用過，如果對市場數據不是要求很高的話也沒必要訂這個資料庫。主要查市場數據