① 怎樣用CSCD預測circRNA的下游miRNA
1、篩選PTC中潛在的circRNA，GEO資料庫中查找甲狀腺乳頭狀癌相關的數據集，最終找到GSE93522。通過GEO2R在線差異分析工具進行差異分析，此處組別的設置為：（正常vs良性）；（正常vs惡性）。在挑選候選circRNA分子時，只挑選在（正常vs惡性）中的差異分子，排除在（正常vs良性）中上調或者下調的circRNA。最終找到13個上調和1個下調的PTC發生和進展相關的circRNA分子。隨後，我們通過circBase資料庫找到這14個circRNA分子的親本基因以及在基因組中的座位。為了繪制circRNA圈圖，我們在CSCD資料庫中查找這14個circRNA，最終找到11個circRNA，並用其中的數據繪制圈圖。
2、預測和分析PTC中與潛在circRNA分子結合的miRNA，circRNA分子發揮作用存在三種比較常見的機制：作為miRNA的海綿；與RBP結合；翻譯為短肽或者蛋白質。從繪制的圈圖看，這11個miRNA均存在MRE元件，可能可以與相應的miRNA相互作用。因此，我們使用CSCD和CRI資料庫來預測相應的結合miRNA，並用Cytoscape軟體構建相應的circRNA-miRNA網路圖。隨後，通過使用TCGA資料庫中的數據，分析上述miRNA在甲狀腺乳頭狀癌中的表達和預後價值。3、預測和分析PTC中上述miRNA下游的靶基因，通過上述的表達分析和預後分析，符合篩選要求的只有miR-605-5p和miR-876-3p兩個miRNA。接著，我們使用綜合性靶基因預測資料庫miRNet，預測這兩個miRNA下游的靶基因。通過蛋白互作網路分析，我們構建靶基因PPI網路，並結合CytoHubba中的演算法（Cytoscape中的插件），最終篩選出20個hub基因。同時，使用STRING資料庫，我們對預測出的靶基因進行GO和KEGG富集分析。
4、構建PTC中潛在的信號通路：hsa_circ_0088494-miR-876-3p-CTNNB1/CCND1，還是通過Cytoscape，我們構建miRNA-hub基因網。使用starBase資料庫，我們對miRNA-hubgene關系對作表達相關性分析，從中篩選呈顯著負相關的關系對（3個關系對符合）。最後，對三個關系對中的hub基因作表達分析，發現只有CTNNB1和CCND1在甲狀腺乳頭狀癌中顯著高表達，符合要求。
② 哪裡有circRNA（環狀RNA）資料庫資源
隨著對circRNA研究的越來越多，已知的circRNA數據信息在快速增長，在這里我們肽度時界（timedoo）整理了當前circRNA相關的資料庫列表，希望能幫到您：
1.circBase[1]，是一個通過收集和整合已經發布的circRNA數據構建的資料庫。目前該資料庫收集包括以下6個物種的circRNA信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀麗線蟲(ce6)、黑腹果蠅 (dm3)、矛尾魚 (latCha1)、腔棘魚 (latCha1)。該資料庫最新版本發布時間為2014年1月。網址：http://www.circbase.org/。通過在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID號或基因組區域位置信息，可以快速查詢相關circRNA信息；研究者也可以通過tablebrowser進行條件設置，篩選自己所需要的circRNA數據。
2.circRNABase[2] , 該資料庫通過整合已發表的circRNA數據，構建miRNA與circRNA以及circRNA與RNA結合蛋白（RBP)的互作網路。最新版本發布時間：2013年12月 。網址：http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ，是一個收集與人類疾病或性狀潛在關聯的circRNA資料庫。該資料庫通過預測miRNAs和人類的蛋白質編碼基因、長鏈非編碼基因及環狀RNA間的相互作用關系，構建了相互作用網路,並對miRNAs-circRNA相互作用組中的蛋白編碼基因進行了GO富集分析；此外，將與疾病相關的SNPs位點定位到circRNA基因座上，並鑒定了環狀RNAs上的Ago相互作用位點。最新版本發布時間：2013年12月 。網址：http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4]，利用464個RNA-seq測序數據，進行新circRNA預測及基因組注釋，並計算已知的及新預測的circRNA表達情況，構建circRNA-miRNA-genet調控網路，以上信息均可從該資料庫獲得。版本發布時間：2015年12月 。網址：http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 該數據平台收集了大約15萬多的circRNA基因（人、鼠、果蠅、線蟲等），並構建了最全面的circRNA的表達圖譜。最新版本發布時間：2015年10月 網址：http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]該資料庫預測了已知的109個RNA結合蛋白數據集與circbase中的circRNA的結合位點，並利用Targetscan軟體預測了miRNAs與circRNA的潛在結合位點。最新版本發布時間：2015年12月網址：http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度時界（timedoo）查看circRNA（環狀RNA）學術解讀資料。
③ 分析miRNA的資料庫都有哪些
1、starBase
一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調控關系。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。最新版本發布時間：2013年11月。
2、miRbase
眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數據探討microRNA的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microRNA->靶標的調控網路。最新版本發布時間：2012年11月。
4、Tarbase
一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2009年1月。
5、miRecords
一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。最新版本發布時間：2010年11月。
6、targetScan
基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月。
7、PicTar
基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。最新版本發布時間：2007年3月。
8、PITA
基於靶位點的可接性和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。最新版本發布時間：2008年8月。
9、RNA22
基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。最新版本發布時間：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發布時間：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
12、miRTarBase
整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。最新版本發布時間：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。最新版本發布時間：2010年11月。
14、MiRNAMap
動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。最新版本發布時間：2008年1月。
15、miRDB
動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
16、RNAhybrid
一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發布時間：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2007年1月。