『壹』 蛋白質組學目前有哪些資料庫
NCBI資料庫，包括
蛋白質序列資料庫
是從NCBI多個不同資源中編譯整理的。
蛋白質結構資料庫
包含來自X線晶體學和三維結構的實驗數據。其數據從PDB（Protein Data Bank）獲得。
『貳』 常用的查詢蛋白質結構以及序列的資料庫主要有哪些
1. PIR和PSD
PIR國際蛋白質序列資料庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列資料庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列資料庫，可在這里下載。這是一個全面的、經過注釋的、非冗餘的蛋白質序列資料庫，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻資料庫的交叉索引，以及資料庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特徵的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的資料庫，每周可以得到更新部分。
PSD資料庫有幾個輔助資料庫，如基於超家族的非冗餘庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基於文本的互動式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT是經過注釋的蛋白質序列資料庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。資料庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄後修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗餘序列，並與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的資料庫。SWISS-PROT只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
3. PROSITE
PROSITE資料庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，並能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬於哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由於功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源於X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認後存檔而成。目前PDB資料庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主伺服器和世界各地的鏡像伺服器提供資料庫的檢索和下載服務，以及關於PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光碟獲得。使用Rasmol等軟體可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)資料庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基於若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸於全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗餘的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對演算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)資料庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對於預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，並把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基於Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。
『叄』 美國礦物學家晶體結構資料庫怎麼用
AMCSD這個資料庫是用來查礦物的晶體結構的。答主能提供的檢索方法只有以下兩種，不過應該能夠滿足大部分用戶的需要，如果各位
如果您知道這種礦物的英文名稱，可以按照下面這種查找方式直接查詢：
以查詢黃鐵礦的晶體結構為例，登錄官網美國礦物學家晶體結構資料庫
我們知道黃鐵礦的英文名稱是Pyrite因此只需要在Mineral搜索框中輸入「Pyrite」（不帶雙引號），然後點擊search，就會自動跳轉出查詢結果了。
如果您不知道所查詢礦物的英文名稱，但是知道這種物質的化學式則可以按照這種方法查詢：例如目前知道這種物質中只含有O元素和Al元素，則可以在Chemistry Search搜索框中輸入
(Al,O) -
點擊Search，這樣所有的Al、O化合物就檢索出來了。需要注意的是，括住Al、O的括弧為英文狀態下的括弧，減號前面還有一個空格，搜索的時候不要忘記打上去。如果想了解更多化學式搜索的檢索方法，可以點擊Chemistry Search進行了解。
『肆』 discoverystudio如何單獨移動配體
在Discovery Studio（DS）中，可以直接構建分子結構，也可用其他繪制軟體繪制完成後，導入至DS中打開。（推薦大家使用ChemOffice軟體進行小分子的繪制，並轉為3D結構，保存為.mol2格式）①點擊View>Toolbars>Sketching，調出Sketching功能。隨後創建一個新的分子窗口用來繪制結構，如下圖，或者點擊File>New>Molecular Window；
②藉助Sketching繪制化合物的3D空間構象點擊View>Toolbars>View調出更多工具欄，使用上方工具進行結構繪制；
可以選中某個碳原子，選擇菜單欄Chemistry>Element更換原子類型。
隨後選擇菜單欄點擊Structrue>Clean Geometry優化該化合物的幾何三維結構。2.小分子配體結構優化
很多時候我們需要處理多個配體結構，我們可以使用DS進行統一處理，進行加氫、能量最低化等。利刃君這里是使用ChemOffice畫好了結構，點擊File>Open打開畫好的結構，一共有52個小分子；
在工具瀏覽器中，展開點擊Small Molecules>Prepare or Filter Ligands>Prepare Ligands， 打開相應的流程參數設置面板；設置Input Ligands 參數為52structures:All，即表示對所有的小分子進行處理，其餘參數一般設置默認值即可；
參數設置完成後，點擊Run即可運行任務，任務完成需要一點時間；
任務完成後，彈出如下窗口，點擊Report，打開報告界面，可以看到一些處理信息；
點擊View Results，可觀察處理後的分子結構，此時小分子即處理完畢。
另外，如果需要添加立場對小分子進行結構優化，可點擊Small Molecules|Minimize Ligands>Full Minimization，選擇所有小分子，點擊Run即可批量優化小分子結構。
二、蛋白處理
1.蛋白結構的導入
①通過DS直接從PDB資料庫中下載
需要電腦聯網，點擊菜單欄File>Open URL可出現下圖對話框，直接輸入蛋白ID號（PDB編號），點擊Open即可。
②從蛋白質晶體結構資料庫PDB中下載後導入
PDB資料庫網址：http://www.rcsb.org/
利刃君這里以TRK-A蛋白為例，下載其晶體結構，編號為6PL1。打開PDB網址後，在搜索框輸入6PL1，點擊Go即可；
我們可以在搜索結果上看到該晶體結構的諸如解析度、來源、序列、共晶化合物等相關信息。點擊Dowload Files>PDB Format，即可下載該蛋白晶體結構的PDB格式文件；然後從File 中直接打開下載好的本地文件。
2.蛋白質結構處理
從系統視圖中選中水分子Water，點擊鍵盤Delete 刪除（水分子一般不保留，除非有特殊需求，如水分子作為蛋白與配體之間的橋梁）。
註：可通過快捷鍵Ctrl+H 打開系統視圖，Ctrl+T 打開表格視圖。
隨後，我們需要對蛋白質進行去除蛋白多構象，補充非完整的氨基酸殘基，為蛋白加氫等處理。在工具瀏覽器中，點擊Macromolecules>Prepare Protein>Clean Protein即可完成對蛋白質的處理。
另外，在顯示窗口中點擊滑鼠右鍵選擇Display Style，可改變蛋白質的顯示類型、顏色、光照等，這些內容大家可以按自己意願進行更改即可。
以上就是利刃君為大家帶來的使用Discovery Studio 2016軟體進行小分子配體及蛋白准備的教程啦~
『伍』 uniref90是蛋白資料庫嗎
PDB，protein data bank.主要就是蛋白質的晶體三維結構的資料庫，特別是球蛋白。三維結構就是由一級結構折疊而成的。
『陸』 在ncbi上我搜到了一個蛋白~我如何知道這個蛋白有沒有3d結構
所有的蛋白都有3D結構。如果想看的話可以在ncbi該蛋白的基因頁面里找到UniProtKB的鏈接，再從UniProt里的Cross-references找到3D structure databases。
不放心的話，可以在string啦，或者其他的資料庫中找相關的鏈接，看看有沒有PDB的相關標號，就是4位由數字和字母混合成的晶體結構標號。
幾方面一綜合，就知道有沒有了。不過如果不是關鍵蛋白質的話不要抱太大的希望，結晶難度很大，所以存在的晶體結構不是很多的，沒有晶體結構的3D結構都是預測或者推測的，不作數。
NCBI上對於這些同源蛋白的名字已經有了明確的規定了，可以去NCBI上搜索這些蛋白，結果里會包含這些蛋白的詳細信息，包括鹼基序列，氨基酸序列等。
『柒』 我們生物化學講到蛋白質的內容，想問一下一個名詞，什麼叫「蛋白質三級結構的資料庫」
蛋白質結構可以進行預測。通過已知氨基酸序列，利用計算的手段預測蛋白質的二級結構和空間三維結構。
目前蛋白質結構資料庫 PDB中所存儲的蛋白質三維結構主要通過X 射線晶體衍射和核磁共振成像技術，蛋白質的結構檢測比序列檢測要難得多。
『捌』 如何查找基因涉及到的蛋白晶體結構，以及生成文件 (.pdb文件）。例如基因ZNF347。
很多基因所表達的蛋白晶體結構是尚沒用研究報道的，因為做蛋白結晶是需要很高的試驗技術水平和相關儀器設備的，大多數的實驗室是沒這個實力的。
看你的問題，似乎是想查找感興趣基因的相關研究文獻吧。找科研文獻比較容易：1、你可以上google學術搜索，輸入感興趣的關鍵詞（包括基因名稱、蛋白名稱、物種名稱、作者、作者單位等等等）就行；2、你可以登錄NCBI網站，在裡面的pubmed資料庫中輸入相關關鍵詞進行搜索。搜索到的文獻有的是可以免費獲得全文的，有的則只能獲得摘要，全文需要花錢購買。
希望對你有所幫助。
『玖』 蛋白質三維結構資料庫的功能
PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質、核酸和糖)2.5維（以二維的形式表示三維的數據）結構的資料庫,是通過X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實驗手段確定的蛋白質、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結構資料庫。隨著晶體衍射技術的不斷改進,結構測定的速度和精度也逐步提高。90年代以來,隨著多維核磁共振溶液構象測定方法的成熟,使那些難以結晶的蛋白質分子的結構測定成為可能。蛋白質分子結構資料庫的數據量迅速上升。據2000年5月統計，PDB資料庫中已經存放了1萬2千多套原子坐標,其中大部分為蛋白質，包括多肽和病毒。此外,還有核酸、蛋白和核酸復合物以及少量多糖分子。核酸三維結構測定進展迅速。PDB資料庫中已經收集了800多套核酸結構數據。
PDB資料庫允許用戶用各種方式以及布爾邏輯組合(AND、OR和NOT)進行檢索，可檢索的欄位包括功能類別、PDB代碼、名稱、作者、空間群、解析度、來源、入庫時間、分子式、參考文獻、生物來源等項。用戶不僅可以得到生物大分子的各種注釋、坐標、三維圖形、VAML等,並能從一系列指針連接到與PDB有關的資料庫，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等。可通過FTP下載PDB數據。所有的PDB文件均有壓縮和非壓縮版以適應用戶傳輸需要。PDB的電子公告版BBS和電子郵件興趣小組(Mailing List)為用戶提供了交流經驗和發布新聞的空間。在PDB的伺服器上還提供與結構生物學相關的多種免費軟體如Rasmol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。