當前位置:首頁 » 數據倉庫 » 資料庫有二級結構怎麼查
擴展閱讀
sql字元串連接結果過長 2022-11-29 16:38:05
硬碟打碟聲 2022-11-29 16:32:25

資料庫有二級結構怎麼查

發布時間: 2022-10-03 16:33:05

A. MVB怎麼查蛋白質二級結構

摘要 一個物種所包含的蛋白質有多少種?NCBI中儲存的數據是按照單個蛋白質序列貯存的,而且都只是序列,NCBI不是二級結構資料庫,要找二級結構去PDB找,在說了,就算你找到了所有的某個物種的所有蛋白質序列,您也基本上不可能找到所有對應的二級結構,因為PDB中已經測定的二級結構於NCBI已經測序的序列,那簡直就相差太多了。二級結構目前已經准確則需的大概1.3W中蛋白質,而NCBI中的序列數據的一個月增長速度也許都要比這個高。所以LZ所說的基本上是不可能的,主要是二級結構

B. php查詢mysql資料庫中所有的四級數據以及第四級數據對應的第三級和第二級的名稱欄位怎麼查

這個需要用程序遞歸處理

$dept_tree=[];
$deptid=19;

while($deptid>0){
//假設你的資料庫查詢是這個函數,根據條件直接查詢一條記錄返回
$dept=getone('department',['id'=>$deptid]);
//防止數據丟失出錯
if(empty($dept))break;

array_unshift($dept_tree,$dept);
$deptid=$dept['dep_parentid'];

//如果需要防止數據錯亂出現遞歸,這里可以判斷一下
if(in_array($deptid,array_column($dept_tree,'id')!==false){
//說明職位關系亂了,有死循環
break;
}
}

可以把這段代碼封裝成一個函數使用。這里就不論從哪一級開始查詢了,總是能把該職位及其上級全部查詢出來,按順序放進數組里

$dept_tree 類似這樣

array(
0=>array(
'id'=>1,
'dep_parentid'=>0,
'dep_name'=>'頂級',
),
1=>array(
'id'=>2,
'dep_parentid'=>1,
'dep_name'=>'國燦金融',
),
2=>array(
'id'=>4,
'dep_parentid'=>2,
'dep_name'=>'招聘部',
),
3=>array(
'id'=>19,
'dep_parentid'=>4,
'dep_name'=>'經理助理',
),
)

C. 關於資料庫系統結構的二級映像問題

內模式是指資料庫系統的文件結構,模式是指資料庫系統中的所有表,外模式是指視圖。

資料庫系統從里到外分別是內模式、模式、外模式,內模式與模式之間有內模式/模式映像,模式與外模式之間有模式/外模式映像。

模式是由內模式和它們之間的映像決定的,外模式是由模式和它們之間的映像決定的,應用程序的數據結構大體上是由外模式決定的。當內模式改變時,改變其和模式的映像,這樣模式就不需要改變,從而外模式不需要改變;當模式改變時,改變其和外模式的映像,這樣外模式也不會受太大影響。這樣,應用程序就不會受太大影響。

這些東西只是理論,了解一下就行了,還是實踐重要。

D. 怎麼用SQL語句查看Informix資料庫表中的結構

informix查詢表結構方法有多種,可以通過系統信息表查詢,也可以通過系統功能查詢

查詢系統表存儲信息步驟:

  • 登錄資料庫

    dbaccess xxxdb ;

  • 執行查詢語句

    SELECT c.colname[1,20], c.coltype,c.collength

    FROM syscolumns c, systables t

    WHERE c.tabid = t.tabid

    AND t.tabname = 'xxxTable';


通過系統提供的命令功能查詢:

dbaccess -info 查詢表信息

dbschema命令導出表結構

E. 用bioedit怎麼 預測蛋白質二級結構

結構預測是有意義的,因為通過實驗來確定結構仍然要比通過實驗確定序列慢得多。結構預測幫助我們理解蛋白質的功能和作用機制,對合理的葯物設計也是很有意義的。

(理論基礎)蛋白質結構在進化中要比蛋白質序列保守得多。蛋白質可以自發地折疊成它們的天然結構,因此蛋白質的折疊在某種程度上就編碼在氨基酸序列中。並且尋找蛋白正確結構的過程不能是隨機搜索所有的可能性,探究蛋白質如何編碼三級結構以及理解該結構如何折疊式個很有科學價值的問題。

結構預測是指僅依據蛋白序列的信息來預測蛋白質每個原子在三維空間中的相對位置。
(理論基礎)可以是從零開始的,嘗試計算並最小化自由能,或得出一個合適的近似最小值的方法
也可以是基於一些已有知識的,嘗試使用已知結構資料庫中的信息來預測蛋白質結構。
結構預測方法 比較建模法, 折疊識別法, 二級結構預測法, 從頭預測法以及跨膜片段預測法
比較建模預測結構過程【掌握大概過程,復習課有講】 書P161
保守核心殘基的定位——可變回環的模型化——側鏈的定位和優化——模型的提煉
保守殘基和一些側鏈的位置可以直接從模板結構信息中推導出,可變回環的建模常利用備件演算法,對於側鏈的定位也有精密的演算法來獲得優化包裹的疏水核心。
多序列信息:使用相關序列的多序列比對結果可以揭示某些特定二級結構的保守模式,從而顯著地提高了二級結構預測的精確度,使得目前這方面預測的精確度達到了66%左右
二級結構預測:
當某一特定目標序列沒有合適的相關模板結構時,可以考慮採用二級結構預測法。與比較建模法不同的是,該方法並不產生一個全原子三級結構模型,而是對每個殘基二級結構狀態進行預測,即預測該二級結構是否是螺旋、鏈或延伸以及圈。二級結構預測方法有Chou-Fasman法則和基於資訊理論的GOR方法
跨膜片段的預測:內在膜蛋白中的跨膜片段可以通過搜索跨越脂質膜的連續疏水殘基來進行預測。有些方法還預測 跨膜片段的方向(進—出)或拓撲結構,但是這通常都不太准確。
跨膜片段往往含有較高比例的疏水殘基,長度常常在20個殘基以上,對應於6-7個跨膜螺旋的螺旋圈。這種相對較長的強烈疏水殘基系列在可溶性球蛋自中很少見。這意味著可以基於疏水殘基系列來進行預測。 預測工具:TMPred, TMHMM and TopPred 可在ExPASy的站點上找到
高級蛋白質結構預測 折疊識別(線程):致力於檢測非常疏遠的結構和進化關系,能確定二級結構是如何包裹成三級折疊的 從頭預測

預測策略 【詳細看看】PPT10 91,92頁 書P174
鑒定出該查詢序列中的任何特徵——採取一個適當的預測方法(首選比較建模,不行就二級結構預測,二級結構預測之後要進行折疊識別)
Step 1: 鑒定出該查詢序列中的任何特徵。E.g. 潛在跨膜片段; 低組成復雜度; 捲曲螺旋; 已知結構域或序列的整體結構域 (通過Interpro); 其他相關序列和亞序列 (通過PSI-BLAST)。如果蛋白質是多結構域的,而且序列中結構域的位置可以找出,那麼分別預測每個結構域將會很有用。
Step 2: 採取一個適當的預測方法。
首選 比較建模方法,如果不成功, 則進行二級結構預測 (可應用到對任何序列的結構預測,但對球蛋白的結構域預測更為精確) ,二級結構預測之後要進行fold recognition ,該方法能確定二級結構是如何包裹成三級折疊的,但是應該謹慎使用這類方法。

1.通過核酸資料庫GenBank進行搜索,找到與該序列片段同源性較高的基因和基因組序列,獲得這些序列的序列接受號
2. 根據獲得的序列接受號,通過使用如Entrez信息查詢系統獲得這些序列的詳細序列信息,從而推測未知序列的相應功能信息
3.利用BioEdit軟體對上述未知功能序列進行分析,如mRNA外顯子調控區等序列,通過ORF框查看,對上述序列進行新基因發現
4.利用2、3步的相關信息,進一步利用Clustalx軟體對已知序列做多序列比對,使用phylip軟體構建系統發育樹等方法,分析推測該未知序列的蛋白質編碼序列和相關蛋白的功能
5.利用BioEdit軟體對未知蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成和疏水性等基本性質分析,利用PredictProtein server對未知蛋白質進行二級結構預測,利用比較建模軟體swiss-model對未知蛋白進行三維結構預測
6.通過上述結構預測的結果進行推測該未知蛋白的功能

F. PDB資料庫怎麼下載蛋白質的二級結構序列

蛋白質資料庫是指包括蛋白質信息的資料庫。常用的蛋白質資料庫有很多,其中Uniprot被認為收錄最廣泛和注釋信息最全面的蛋白質資料庫。Uniprot下包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR-PSD,詳見Uniprot_網路。其他的蛋白資料庫有PDB(Protein Data Bank,簡稱PDB,開始建立於1971年)等。國內也有些如由上海生物信息技術研究中心下屬的生物信息科學數據共享平台建立及維護的SDSPB等。

G. 什麼是資料庫的三級模式和二級映像它有什麼優點

三級模式-兩級映射屬於層次型架構設計,保證資料庫中數據具有較高的邏輯獨立性和物理獨立性。

1、內模式:

內模式又稱存儲模式,對應於物理級,它是資料庫中全體數據的內部表示或底層描述,它描述了數據在存儲介質上的存儲方式及物理結構(順序存儲、按照B樹結構存儲還是按hash方法存儲),對應著實際存儲在外存儲介質上的資料庫。

① 一個資料庫只有一個內模式;

② 一個表可能由多個文件組成,如:數據文件、索引文件。

2、概念模式:

模式又稱概念模式或邏輯模式,對應於概念級。它是由資料庫設計者綜合所有用戶的數據,按照統一的觀點構造的全局邏輯結構,是對資料庫中全部數據的邏輯結構和特徵的總體描述,是所有用戶的公共數據視圖(全局視圖)。

它是由資料庫管理系統提供的數據模式描述語言(Data Description Language,DDL)來描述、定義的,體現、反映了資料庫系統的整體觀。

① 一個資料庫只有一個模式;

② 是資料庫數據在邏輯級上的視圖;

③ 資料庫模式以某一種數據模型為基礎;

④ 定義模式時不僅要定義數據的邏輯結構(如數據記錄由哪些數據項構成,數據項的名字、類型、取值范圍等),而且要定義與數據有關的安全性、完整性要求,定義這些數據之間的聯系。

3、外模式:

外模式又稱子模式,對應於用戶級。它是某個或某幾個用戶所看到的資料庫的數據視圖,是與某一應用有關的數據的邏輯表示。外模式是從模式導出的一個子集,包含模式中允許特定用戶使用的那部分數據。

用戶可以通過外模式描述語言來描述、定義對應於用戶的數據記錄(外模式),也可以利用數據操縱語言(Data Manipulation Language,DML)對這些數據記錄進行處理。外模式反映了資料庫的用戶觀(視圖、查出數據的表)。

① 一個資料庫可以有多個外模式;

② 外模式就是用戶視圖;

③ 外模式是保證數據安全性的一個有力措施。

4、外模式一模式映射:

定義和建立某個外模式與概念模式間的對應關系,將外模式與模式聯系起來,當模式發生改變時,只要改變其映射,就可以使外模式保持不變,對應的應用程序也可保持不變

5、概念模式一內模式映射:

定義建立數據的邏輯結構(概念模式)與存儲結構(內模式)間的對應關系,當數據的存儲結構發生變化時,只需改變概念模式一內模式映射,就能保持概念模式不變,因此應用程序也可以保持不變。

優點:

通過外模式-模式映射和模式-內模式映射這兩個映射保證了資料庫系統中的數據具有較高的邏輯獨立性和物理獨立性。

(7)資料庫有二級結構怎麼查擴展閱讀:

基本知識

資料庫(DB)是指長期存儲在計算機內的、有組織的。可共享的數據集合。

資料庫系統(DBS)從廣義上講是由資料庫、硬體、軟體和人員組成,管理的對象是數據。

資料庫管理系統(DBMS)是一種操縱和管理資料庫的大型軟體,用於建立、使用和維和資料庫。主要功能有數據定義、資料庫操作、資料庫運行管理、數據組織、存儲和管理、資料庫的建立與維護及其他功能。

DBMS通常分為三類:關系DBS,對象關系DBS,面向對象的DBS

資料庫的結構與模式:

資料庫結構的基礎是數據模型,是用來描述數據的一組概念和定義。

數據模型的三要素:數據結構、數據操作、數據的約束條件

H. 如何查詢資料庫表結構

mysql 中
describe 表名 (查詢表結構)
show tables(查表名)
show databases(查資料庫名)

I. 什麼是資料庫資料庫檢索方法有哪些

資料庫,簡單來說是本身可視為電子化的文件櫃——存儲電子文件的處所,用戶可以對文件中的數據進行新增、截取、更新、刪除等操作。
資料庫指的是以一定方式儲存在一起、能為多個用戶共享、具有盡可能小的冗餘度、與應用程序彼此獨立的數據集合。
在經濟管理的日常工作中,常常需要把某些相關的數據放進這樣的「倉庫」,並根據管理的需要進行相應的處理。
例如,企業或事業單位的人事部門常常要把本單位職工的基本情況(職工號、姓名、年齡、性別、籍貫、工資、簡歷等)存放在表中,這張表就可以看成是一個資料庫。有了這個"數據倉庫"我們就可以根據需要隨時查詢某職工的基本情況,也可以查詢工資在某個范圍內的職工人數等等。這些工作如果都能在計算機上自動進行,那我們的人事管理就可以達到極高的水平。此外,在財務管理、倉庫管理、生產管理中也需要建立眾多的這種"資料庫",使其可以利用計算機實現財務、倉庫、生產的自動化管理。
資料庫是依照某種數據模型組織起來並存放二級存儲器中的數據集合。這種數據集合具有如下特點:盡可能不重復,以最優方式為某個特定組織的多種應用服務,其數據結構獨立於使用它的應用程序,對數據的增、刪、改、查由統一軟體進行管理和控制。從發展的歷史看,資料庫是數據管理的高級階段,它是由文件管理系統發展起來的。
基本的有:布爾邏輯,截詞檢索,加權檢索,位置算符等
但是,根據實際情況,可以說有無限種。

J. 在NCBI中,如何獲取一個物種的所有蛋白質序列和二級結構

我可以告訴你,那是不可以能的。一個物種所包含的蛋白質有多少種?NCBI中儲存的數據是按照單個蛋白質序列貯存的,而且都只是序列,NCBI不是二級結構資料庫,要找二級結構去PDB找,在說了,就算你找到了所有的某個物種的所有蛋白質序列,您也基本上不可能找到所有對應的二級結構,因為PDB中已經測定的二級結構於NCBI已經測序的序列,那簡直就相差太多了。二級結構目前已經准確則需的大概1.3W中蛋白質,而NCBI中的序列數據的一個月增長速度也許都要比這個高。所以LZ所說的基本上是不可能的,主要是二級結構