① biolog能對微生物種類進行鑒定嗎原理是什麼
biolog微生物鑒定儀鑒定原理:
1、Biolog公司獨創的碳源利用方法,利用微生物對不同碳源代謝率的差異,針對每一類微生物篩選95種不同碳源,配合四唑類顯色物質(如TTC、TV),固定於96孔板上(A1孔為陰性對照),接種菌懸液後培養一定時間,通過檢測微生物細胞利用不同碳源進行新陳代謝過程中產生的氧化還原酶與顯色物質發生反應而導致的顏色變化(吸光度)以及由於微生物生長造成的濁度差異(濁度),與標准菌株資料庫進行比對,即可得出***終鑒定結果。
2、鑒定細菌時,全部基於顯色反應原理
3、鑒定酵母時,A-C行基於顯色反應原理,D-H行基於濁度差異原理
4、鑒定真菌時,系統自動為95種碳源測定兩套數據,即顯色反應和濁度
② 科研人員為什麼要做細胞株鑒定
細胞株(Cell lines)作為科研工作者常用的工具,主要用於生物醫學研究的體外實驗(In vitro)研究。截止目前,被ATCC及DSMZ官方資料庫收錄的商用細胞株約為4000種左右。近年來,隨著細胞株的廣泛應用,細胞株被錯誤鑒定和交叉污染問題顯得尤為突出。為了確保實驗結果的可重復性,NIH和ATCC近期對此發出呼籲,要求研究者對細胞株進行鑒定,已明確所使用細胞的身份。多種主流雜志也紛紛要求作者在投稿時提交細胞株鑒定(Cell Line Authentication)報告,有些雜志甚至要求作者提供實驗前、實驗中和實驗後等不同階段的細胞株鑒定報告。
大量研究表明STR Profiling方法是進行細胞交叉污染和性質鑒定的最有效和准確的方法之一,STR Profiling應用於細胞鑒定已被ATCC等機構強烈推薦。蘇州鑒達生物科技(Genetic Testing Biotechnology(Suzhou))目前採用六色熒光復合擴增體系,可同時檢測20餘個STR基因座,獲得每個基因座的STR分型結果。根據ATCC推薦的8個核心STR基因座數據進行檢索匹配,來確定細胞株身份。該方法靈敏度高,可檢測低至10ng的基因組DNA,且能排除非人源DNA的污染,為廣大科研工作者提供了方便快捷的細胞株鑒定綠色通道。
用戶只需提交細胞懸液樣本,直接送檢或郵寄細胞樣本。一般一個工作日出具英文鑒定報告,報告可直接用於外文雜志投稿。目前應用蘇州鑒達生物科技報告已發表的論文期刊包括Caner Res,Carcinogenesis,Intl J Cancer等。
③ 公安部進行dna資料庫比對一般要多長時間
2周到3周之內
④ 做蛋白質亞細胞定位分析使用什麼資料庫
預測蛋白質的亞細胞定位,是通過生物信息學的方法的。
或者你在NCBI資料庫中比對到了編碼類似蛋白的基因,如果該基因有人做過亞細胞定位的實驗,你也可以大概知道其編碼的蛋白質在細胞內部的定位。不同物種,不同基因家族成員有可能有區別。最終還是需要實驗來驗證的。
功能基因研究中,經常會進行基因編碼的蛋白質的亞細胞定位的,
如待定位蛋白和GFP、YFP、RFP等融合後,觀察融合蛋白在細胞內的定位,
或者將預測部位(如該蛋白可能在液泡膜上)的蛋白提取出來,進行western實驗,來驗證等。
希望對你有幫助吧
⑤ 如何判定蛋白質的質譜鑒定結果的差異
1 單個蛋白鑒定
1. 用於鑒定純化的單個蛋白的溶液或粉末,或經過SDS-PAGE(Sodium Dodecyl Sulfate Polyacrylamide Gel Electrophoresis)的單個條帶或二維電泳的單個點。
2. 蛋白酶解成多肽。
3. 液相分離多肽,離子化的多肽進入質譜,母離子檢測,母離子裂解成一系列子離子,子離子檢測。
4. 資料庫檢索。
5. 人工驗證,輸出報告。
2 蛋白混合物的鑒定
•用於鑒定含多種蛋白的混合物,根據樣品的復雜程度採取不同的策略分離後再進行質譜鑒定。
3 差異蛋白分析
•相對定量:比較兩組細胞/體液中的蛋白,找出差異蛋白
⑥ 細胞組分的分離和鑒定的實驗結果是什麼比較前三組塗片有什麼不同
結果是有蛋白質,DNA,脂類物質。塗片的不同應該是細胞核的有無,染色後的分布。
細菌等絕大部分微生物以及原生動物由一個細胞組成,即單細胞生物,高等植物與高等動物則是多細胞生物。細胞可分為原核細胞、真核細胞兩類,但也有人提出應分為三類,即把原屬於原核細胞的古核細胞獨立出來作為與之並列的一類。
細胞體形極微,在顯微鏡下始能窺見,形狀多種多樣。主要由細胞核與細胞質構成,表面有細胞膜。高等植物細胞膜外有細胞壁,細胞質中常有質體,體內有葉綠體和液泡,還有線粒體。
動物細胞無細胞壁,細胞質中常有中心體,而高等植物細胞中則無。細胞有運動、營養和繁殖等機能。
(6)細胞鑒定資料庫比對擴展閱讀:
所有細胞都是由水、鹽類、核酸、蛋白質、糖、脂質,以及其他各種微量物質如維生素、細胞代謝中間產物等組成的。
水、鹽離子和某些維生素或與細胞中的大分子組成復合物,或者游離存在。不同細胞或不同的生物中,它們含量的差別往往很大。
⑦ 16SrDNA測序後在ncbi上比對
是的。
99%就基本可以認為是同一種菌。
不過我問一下你是不是做了TA克隆獲得了16srDNA全長序列。
你之前也問過這個問題,我跟你說了不是直接上NCBI上比對的,NCBI上的序列是人人都可以上傳的,你比對出來和某個序列99%相似,可能這條最相似的序列並沒有被正式承認,也就是沒有被正式學術資格的。你可以打開NCBI序列的詳細信息,裡面有標示是否unpublished,標有unpublished就說明是沒有被認可的,這種對比結果你是不能採用的,因為對比的對象都是不可信的。
比如我今天做了一個菌,發現和大腸桿菌的最相似,相似度是97%,然後我上傳了這個序列,名稱當然只能寫大腸桿菌,但是到底是不是還有待鑒定,然後明天你也做了同一種菌,然後對比,發現和我的相似度是99%,那你說你做的菌也大腸桿菌?顯然是沒有道理的。
你可以用NCBI比對,但是你必須要看序列是不是unpublished的
所以有韓國人為了方便就自己建立了一個二級資料庫,剔除了NCBI中unpublished的序列,你搜索Eztaxon就能搜到。
⑧ 公安局的DNA資料庫是怎麼進行比對的
如果在拐入地發現有孩子涉嫌被拐賣,首先進行孩子和拐入地大人進行DNA比對,一旦數據比對結果不吻合,則將這些孩子的DNA數據錄入打拐資料庫。打拐資料庫中存有大量拐出地父母的DNA數據,電腦可迅速進行全國范圍的遠程比對,為找回孩子大大節省了辦案時間。
打拐DNA資料庫的功能除了鑒別來歷不明的流浪、乞討未成年人是否涉嫌拐賣,還用於將來找到親人時進行親子鑒定。DNA檢驗技術具有個體識別率高、親緣關系認定準確的特點,是確認被拐賣兒童身份最有效的技術手段之一。
當再面對很多的大人帶孩子乞討的情況,民政部門就可以通過該技術手段比對大人與孩子的DNA,簡單而又准確地確定他們之間的血緣關系。DNA檢測要求通過18個基因座來比對、識別。專家認為通過18個基因座來比對,識別准確率可以達到99.99%以上。
(8)細胞鑒定資料庫比對擴展閱讀
與其他非DNA資料庫相比時,由於每個DNA序列的巨大的大小,DNA資料庫占據更多的存儲空間。每年DNA資料庫呈指數級增長。這對存儲,數據傳輸,檢索和搜索提出了重大挑戰。為了解決這些難題,DNA資料庫被壓縮以在數據傳輸期間節省存儲空間和帶寬。
它們在搜索和檢索期間解壓縮。任何壓縮演算法的效率取決於它壓縮和解壓縮的好和快,這通常以壓縮比測量。壓縮比越大,演算法的效率越好。
同時,壓縮和減壓的速度也被考慮用於評價。DNA序列以迴文形式包含A,C,T,G的重復。序列的壓縮涉及搜索和編碼這些重復,並且當解壓縮時對它們進行解碼。
⑨ 為什麼要進行細胞株鑒定(Cell Line Authentication)
細胞生物學方面的數據一直在發表,但是應用於生物醫學研究領域的哺乳動物細胞被錯誤鑒定和交叉污染的問題,一直是一個普遍存在的突出問題。早在1970年代,一項研究就發現,被廣泛使用的Hela細胞系就曾被污染,這一事件當時就促使首個細胞系質量控制手冊的誕生。HeLa細胞株是由正常子宮頸細胞被一 人類乳突狀瘤病毒(Human Papillomavirus 18或HPV18)轉型成癌細胞的,而且和正常子宮頸細胞有許多不同。
從那時候開始,細胞身份鑒定成 一個受科學家關注的問題,也是從那時候開始越來越多的細胞被污染事件開始出現。人們已經開始意識到細胞被污染的問題,導致細胞交叉污染的原因和預防措施也已經被公布,然而問題卻一直有增無減,研究人員繼續發表從錯誤鑒定和交叉污染的細胞系所獲取的數據。
據估計, 國外實驗室已建株細胞有接近 20% 存在上述問題, 有 15-25% 的研究論文因為使用了被錯誤辨識和交叉污染的細胞而導致錯誤的結論。這造成大量研究經費的浪費,並產生了大量無效或錯誤數據。
2008年,Josephine Nefkens研究所的分子生物學家Winand Dinjens與同事發現食管腺癌細胞其實與食管扁平細胞癌細胞系具有相似的基因型。這些結果促使他們開始關注細胞身份問題。 Dinjens開始驗證這些細胞系,將它們與原始的組織進行基因型比對,結果發現,這些細胞系與原始組織細胞已經有不同的基因型。在13株食管腺癌細胞系中,其中3株:SEG-1,BIC-1和SK-GT-5被污染,這些細胞株混合有其他癌細胞。這些細胞系已經被多家實驗室應用在兩個臨床試驗、並發表了超過100篇SCI文章,並申請了11個美國專利,這一研究結果被發布在最新一期的Journal of the National Cancer Institute(JNCI)。
2007 年 NIH發布了通知,強烈建議在使用培養細胞的時候進行鑒定(authentication)。2008 年底,專家提議ATCC致力於人源細胞系的鑒定工作,並制定鑒定的標准程序。
近年來,大量研究表明 STR 基因分型 方法是進行細胞交叉污染和性質鑒定的最有效和准確的方法之一,STR基因分型應用於細胞鑒定已被ATCC等機構強烈推薦。美國的ATCC 細胞庫、德國的DSMZ細胞庫以及日本的JCRB細胞庫等為STR 分型提供了各細胞株的數據供比對。
國內專業的鑒定機構蘇州鑒達生物科技(Genetic Testing Biotechnology)就在江蘇省蘇州市工業園區,可以郵寄細胞株進行鑒定,起步比較早,提供的英文報告可直接用於投稿。