① 通過哪些資料庫可以甄別轉錄因子
不久前，山中伸彌研究小組在《自然—方法學》（Nature methods）發表的一篇文章中稱他們發現了一種獲得非整合型（integration-free）人類iPS細胞的更有效方法。
在這篇文章中，研究人員利用了p53抑制因子，結合非轉化L-Myc基因，獲得了帶有非整合型質粒載體的人類誘導多能幹細胞。
這項研究未來也許可以用於自體（autologous）和同種（allologous）幹細胞治療。
② 分子生物信息資料庫的二次資料庫
二次資料庫種類繁多，以核酸資料庫為基礎構建的二次資料庫有基因調控轉錄因子資料庫TransFac，真核生物啟動子資料庫EPD，克隆載體資料庫Vector，密碼子使用表資料庫CUTG等。以蛋白質序列資料庫為基礎構建的二次資料庫有蛋白質功能位點資料庫Prosite，蛋白質功能位點序列片段資料庫Prints，同源蛋白家族資料庫Pfam，同源蛋白結構域資料庫Blocks。以具有特殊功能的蛋白為基礎構建的二次資料庫有免疫球蛋白資料庫Kabat，蛋白激酶資料庫PKinase等。以三維結構原子坐標為基礎構建的資料庫為結構分子生物學研究提供了有效的工具，如蛋白質二級結構構象參數資料庫DSSP，已知空間結構的蛋白質家族資料庫FSSP，已知空間結構的蛋白質及其同源蛋白資料庫HSSP等。蛋白質回環分類資料庫則是用於蛋白質結構、功能和分子設計研究的專門資料庫。此外，酶、限制性內切酶、輻射雜交、氨基酸特性表、序列分析文獻等，也屬於二次資料庫或專門資料庫。 法國生物信息研究中心Infobiogen生物信息資料庫目錄DBCat搜集了主要400多個資料庫的名稱、內容、數據格式、聯系地址、網址等詳細信息，使用戶對目前生物信息資料庫有一個詳盡的了解。
③ 分析miRNA的資料庫都有哪些
1、starBase
一個高通量實驗數據CLIP-Seq（或稱為HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解組測序數據支持的microRNA靶標資料庫,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的調控關系。整合和構建多個流行的靶標預測軟體的交集和調控關系。最新版本發布時間：2013年11月。
2、miRbase
眾所周知的microRNA基因注釋資料庫。目前miRBase只提供了microRNA的靶標的預測軟體的鏈接（如：PicTar）。最新版本發布時間：2010年9月。
3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的數據探討microRNA的轉錄和轉錄後調控，構建轉錄因子->microRNA->靶標的調控網路。最新版本發布時間：2012年11月。
4、Tarbase
一個收集已被實驗驗證的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2009年1月。
5、miRecords
一個整合的microRNA靶標資料庫。整合多個靶標預測軟體的調控關系。最新版本發布時間：2010年11月。
6、targetScan
基於靶mRNA序列的進化保守等特徵搜尋動物的microRNA靶基因。是預測microRNA靶標假陽性率較低的軟體。而且是microRNA領域大牛Bartel實驗室開發的。最新版本發布時間：2009年4月。
7、PicTar
基於microRNA或microRNA靶標聯合作用等特徵開發的搜尋動物的microRNA靶基因。假陽性率也較低。是microRNA領域大牛Rajewsky實驗室開發的。最新版本發布時間：2007年3月。
8、PITA
基於靶位點的可接性和自由能預測microRNA的靶標。是著名的生物信息學家Segal實驗室開發的。最新版本發布時間：2008年8月。
9、RNA22
基於序列特徵預測microRNA的結合位點。是幾個流行的microRNA靶標預測軟體的其中一個。IBM公司的研究團隊開發的。最新版本發布時間：2007年。
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人員開發的軟體和資料庫。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本發布時間：2010年8月。
11、MicroCosm
EMBL-EBI的Enright 實驗室開發的microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
12、miRTarBase
整合實驗證實的microRNA靶標的資料庫。最新版本發布時間：2010年10月。
13、miRGator v2.0
整合microRNA表達、靶標和疾病相關信息的資料庫。最新版本發布時間：2010年11月。
14、MiRNAMap
動物的microRNA基因及其靶標的資料庫。最新版本發布時間：2008年1月。
15、miRDB
動物microRNA靶標預測和功能注釋資料庫。最新版本發布時間：2010年8月。
16、RNAhybrid
一個基於miRNA-target配對自由能預測microRNA的靶標。最新版本發布時間：2011年6月。
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶標資料庫。最新版本發布時間：2007年1月。
④ SNP研究常用資料庫有哪些
SNP的研究在當前仍然可以用入火如荼形容，一方面 是各大資料庫可以方便檢索到幾乎任何一個基因的SNP分布及其頻率，另一方面SNP的功能研究有非常大的研究空間和前景，這應歸於許多SNP的流行病關聯 研究重復性差，因此只有在功能上對其闡述才能解決根本問題。當前SNP功能研究主要有以下幾方面：1、報告基因轉染技術：這一技術主要用於研究啟動子 SNP對於mRNA轉錄效率，是通過觀察轉錄結局來判斷SNP是否具有功能。2、EMSA技術：通過在體外合成含SNP位點的寡 核苷酸與轉錄因子特異性結合，觀察結合的強度和效率,但是該技術由於只人工合成較短長度的寡核苷酸，沒有考慮SNP周圍遺傳背景環境的影響,因此在重復性 和說服力上不強。3、ChiP技術：該技術通過超聲將染色體碎片化, 再將碎片化的核酸與轉錄因子的結合，最後通過PCR技術觀察判斷結合的效率和強度，該技術克服了EMSA的一些缺點,當前做的文獻較多。
⑤ in cell and developmental biology屬於哪個資料庫
in cell and developmental biology屬於生物信息學資料庫
生物信息資料庫可以分為一級資料庫和二級資料庫。
一級資料庫的數據都直接來源於實驗獲得的原始數據，只經過簡單的歸類整理和注釋；
二級資料庫是在一級資料庫、實驗數據和理論分析的基礎上針對特定目標衍生而來，是對生物學知識和信息的進一步整理。國際上著名的一級核酸資料庫有Genbank資料庫、EMBL核酸庫和DDBJ庫等；蛋白質序列資料庫有SWISS-PROT、PIR等；蛋白質結構庫有PDB等。國際上二級生物學資料庫非常多，它們因針對不同的研究內容和需要而各具特色，如人類基因組圖譜庫GDB、轉錄因子和結合位點庫TRANSFAC、蛋白質結構家族分類庫SCOP等等。
⑥ microrna 21是什麼求解答
microRNAs（miRNA）是一種大小約21-23個鹼基的單鏈小分子RNA，是由具有發夾結構的約70-90個鹼基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工後生成，不同於siRNA（雙鏈），但是和siRNA密切相關。據推測，這些非編碼小分子RNA（miRNA）參與調控基因表達，但其機制區別於siRNA接到的mRNA降解。第一個被確認的miRNA是在線蟲中發現的lin－4和let－7，隨後多個研究小組在包括人類、果蠅、植物等多種生物物種中鑒別出數百個miRNA。
miRNA有高等生物基因組編碼,通過和靶基因mRNA鹼基配對引導沉默復合體（RISC）降解mRNA或阻礙其翻譯。其在物種進化總相當保守，在植物、動物和真菌中發現的miRNAs只在特定的組織和發育階段表達，miRNA組織特異性和時序性，決定組織和細胞的功能特異性，表明miRNA在細胞生長和發育過程的調節過程中其多種作用。
microRNAs的作用機制
miRNA是一類多細胞動物或植物基因組的前體mRNA內含子，miRNA獨立轉錄單位或miRNA基因簇編碼的19-25個核苷酸大小的內源性單鏈RNA，他們在轉錄後水平沉默特定基因從而對生物體基因表達起到精細調節的作用[1]。絕大多數miRNA基因在RNA聚合酶Ⅱ的作用下形成較長的莖環結構，稱為初級miRNA（primary miRNA ,pri- miRNA）。pri- miRNA在Drosha-DGCR8復合體的作用下形成長度約60-70個核苷酸的發夾狀RNA，成為前體miRNA（precursor miRNA,pre-miRNA)。隨後，pre- miRNA在Exprotin－5復合物[2]的作用下被轉運出胞核，在胞漿中由Dicer剪切成為miRNA復合體， miRNA復合物（RNA－inced silencing comlex，RISC）[1]與該miRNA的3』翻譯區（3』UTR）結合到位於胞漿的P－body（processing bady）中[3]：如果miRNA與靶mRNA匹配完全，則該復合體降解mRNA；若兩者序列部分匹配，尤其是miRNA的5』端2-8個被稱為種子序列（seed sequence）的核苷酸與靶mRNA匹配完好，則通過抑制靶mRNA的翻譯來沉默特定基因。此外，某些miRNA，如miRNA－16能夠特異結合於某些基因3』UTA的富含AU元件（AU rich element,ARE）,指導Ago等組成RISC區的蛋白與TTP結合，從而改變相應mRNA的半衰期，加速靶mRNA的降解。
此外，miRNA也可能抑制5』UTR含有內部核糖體進入位點（intrnal ribosome entry sites,IRESs）的靶標分子[4]。
miRNA的表達調控機制
①順時調控元件 大多數miRNA基因的核心啟動子區域含有TA盒，並且含有影響miRNA表達的細胞特異轉錄調節元件。miRNAs作為轉錄因子重要的靶分子在細胞功能調控中發揮核心作用。
②表觀遺傳學 最近一些研究提示，表觀遺傳學變化會影響miRNA 基因，從而調節miRNA表達。分析基於miRNAse（release 8.0）資料庫的332個人miRNA基因序列時，發現其中155個miRNA的基因序列上游或下游2000bp處含有CG島在miR-127[6],miR-24a[6],let-7a-3[7]和miR－370[8]基因中，均含有CpG島，並且在相應地腫瘤組織中呈現高度甲基化，這些miRNA在腫瘤中的甲基化沉默將導致他們的靶基因－原癌基因（BCL6，CDK6和MAP3K8等）的表達，從而促進腫瘤發育。轉錄因子PRDM5可能參與了調解miRNAs基因的表觀遺傳學變化。在HEK293細胞中，PRDM5可以募集蛋白甲基化轉移酶G9a和一類組蛋白去乙醯基酶等組蛋白修飾到has－mir－135b基因的啟動子區域，行使抑制功能[9],miRNA在癌症細胞中的表達一般低於正常組織細胞，這表明多數miRNAs可能作為腫瘤抑制因子而發揮作用。原癌基因的低度甲基化和腫瘤抑制基因的高度甲基化被認為是癌症表觀遺傳學的主要決定因素。miRNAs基因在腫瘤中的異常甲基化使表觀遺傳學調控癌症機理更加復雜。
③單核苷酸多態性 存在於pri－mRNAs，pri－mRNA或成熟miRNAs基因序列中的單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism，SNP）能夠潛在地影響miRNA調節的細胞功能網路。miRNA基因或靶結合位點及其臨近靶位點區域的多態變化時，於miRNA的生物合成及靶位點選擇和抑制效應據重要的意義。
④RNA編輯 （RNA editing）是基因在初級轉錄物上增刪或取代某些核苷酸而改變遺傳信息的過程，從而可調節基因的表達。RNA編輯在miRNA調控基因默過程中其重要作用，不僅影響miRNA表達，而且影響特異miRNA的靶向分子的調控。此外，At編輯也有可能存在於靶分子的種子互補區域。
⑦ jaspar分析的數據怎麼下載
下載資料庫。
JASPAR資料庫包涵了9個不同的子庫，其中JASPARCORE資料庫屬於高質量，非冗餘轉錄因子資料庫，包含的信息源於已經實驗證實的真核生物轉錄因子結合位點。可供查找的物種有脊椎動物，線蟲，昆蟲，真菌和植物。將jaspar資料庫下載下來，下載其中SQL文件。
⑧ 求：一些好的有關於自然科學的英文網站！
自然科學的英文網站請進www.zhaobio.com裡面聯結很多主類別 子類別
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