Ⅰ 16S rRNA基因序列是什麼
16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列，存在於所有細菌的基因組中。16S rRNA具有高度的保守性和特異性以及該基因序列足夠長（包含約50個功能域）。隨著PCR技術的出現及核酸研究技術的不斷完善，16S rRNA基因檢測技術已成為病原菌檢測和鑒定的一種強有力工具。資料庫的不斷完善，應用該技術可以實現對病原菌進行快速、微量、准確簡便地分類鑒定和檢測。該技術主要有三個步驟：首先是基因組DNA的獲得，其次是16S rRNA基因片段的獲得，最後是進行16S rRNA基因序列的分析。
16S RNA 即 16S ribosomal RNA，是原核核糖體30S小亞基的組成部分。16S中的"S"是一個沉降系數，亦即反映生物大分子在離心場中向下沉降速度的一個指標，值越高，說明分子越大。
16S rRNA具有多項功能。
1.對於核糖體蛋白的固定起到腳手架的作用。
2.3'末端包含反向的SD序列，用來與mRNA的AUG起始密碼子結合。16S rRNA的3'端與S1、S21的結合被發現與蛋白質合成的開始有關系。
3.與23S進行交互，幫助兩個核糖體子單元的結合。（50S+30S）
4.在A site 穩定密碼子與反密碼子的正確配對。
Ⅱ 16s rRNA序列中有專門區分種跟屬的區域嗎
參看上圖，16s rRNA是總長1.6kb的序列，其中包含有9個可變區域，這些可變區域在不同的物種中是存在序列變異的。一般我們將相似度大於97%的序列歸為同一種菌，所以通過對全長16s或其中的部分可變區域進行測序，然後比對根據相似度我們就可以鑒定細菌的種類的。
Ⅲ 為什麼通常用18S rRNA 進行物種鑒定
在細菌中是16s，在動植物中是18s。序列高度保守，在進化過程中只有少量鹼基發生變化，通過這些變化來推斷在進化過程中的親緣關系，即通過系統發生樹的構建做物種鑒定。
Ⅳ tRNAdb 是什麼生物信息資料庫
ncRNA(non-coding RNA) 就是非編碼RNA ，如小分子核仁RNA(sonRNA)、小RNA(miRNA)、小干擾RNA(siRNA)。NcRNA應該是遺傳信息的攜帶者，RNA的一種,目前主要有三大種tRNA｜轉運RNA，翻譯｜mRNA信使RNA，轉錄｜｜rRNA核糖體RNA構成核糖體
Ⅳ 將16s rRNA測序數據上傳NCBI的SRA資料庫，釋放數據的時間選擇最好是什麼時候
一般上傳數據到NCBI SRA的過程需要6步：
1、Create a BioProject for this research
2、Create a BioSample submission for your biological sample(s)
3、Gather Sequence Data Files
4、Enter Metadata on SRA website
a、Create SRA submission
b、Create Experiment(s) and link to BioProject and BioSample
c、Create Run(s)
5、Transfer Data files to SRA
6、Update Submission with PubMed links, Release Date, or Metadata Changes
需要注意的一點是，上傳的過程中很多地方一旦保存或提交就不可以修改，尤其是各處的Alias。但是，可以聯系NCBI的工作人員修改內容。NCBI的工作效率是很高的，一般不超過48小時，就可以得到確認，並拿到登錄號。
Ⅵ 16s rRNA的簡述
16S rRNA基因是細菌上編碼rRNA相對應的DNA序列，存在於所有細菌的基因組中。16S rRNA具有高度的保守性和特異性以及該基因序列足夠長（包含約50個功能域）。隨著PCR技術的出現及核酸研究技術的不斷完善，16S rRNA基因檢測技術已成為病原菌檢測和鑒定的一種強有力工具。資料庫的不斷完善，應用該技術可以實現對病原菌進行快速、微量、准確簡便地分類鑒定和檢測。該技術主要有三個步驟：首先是基因組DNA的獲得，其次是16S rRNA基因片段的獲得，最後是進行16S rRNA基因序列的分析。
Ⅶ 高通量測序16srrna基因序列用什麼基因資料庫比對比較好
silva最好，其次greengene（很久沒更新了），rdp官網也提供資料庫；還有ncbi 提供了人工矯正過的16s database。
Ⅷ rrna是什麼名稱
核糖體RNA（ribosomalRNA，rRNA）是生物細胞中主要的核糖核酸之一，是一種具有催化能力的核糖酶，但其單獨存在時不能如其他核糖核酸那樣發揮作用，僅在與多種核糖體蛋白質共同構成核糖體（一種無膜細胞器）後才能執行其功能。
23S和28S rRNA在轉譯過程中作為肽醯轉移酶催化多肽（包括蛋白質）中氨基酸之間肽鍵的形成。rRNA是單鏈RNA，但通過折疊形成了廣泛的雙鏈區域。
特點
核糖體RNA在各種生物中都有其特性，因此可以從不同生物的rRNA的對比中得出關於生物進化歷程的結論。
rRNA為肽醯轉移酶（peptidyl transferase）時，催化使肽鍵形成，不需要額外的能量。
過去認為，大亞基的蛋白質具有酶的活性，促使肽鍵形成，故稱為轉肽酶。
20世紀90年代初，H.F.Noller等證明大腸桿菌的23SrRNA能夠催化肽鍵的形成，才證明核糖體是一種核酶，從而根本改變了傳統的觀點。核糖體催化肽鍵合成的是rRNA，蛋白質只是維持rRNA構象，起輔助的作用。
(8)rrna資料庫擴展閱讀：
rRNA的重要性
rRNA的某些特徵在物種進化及醫葯方面的研究十分重要。
1、rRNA是所有細胞中都會表達的基因，即所有擁有細胞結構的生物都擁有rRNA。
因此可以通過對編碼rRNA的基因進行測序來對某種生物進行分類學上的分類、計算出相關的種群或估測物種的差異度。已有逾千種rRNA已被測序，測序的結果被儲存在特殊的資料庫（如RDP-II和SILVA）中。
2、核糖體中的rRNA是多種臨床有關抗生素的靶位點，例如：巴龍黴素可特異性地與原核生物核糖體的30S小亞基的A區（該區存在16S rRNA）結合，干擾翻譯過程的正常進行。
其他通過與rRNA反應起到殺菌作用的抗生素還有：氯黴素、紅黴素、春雷黴素、微球菌素、蓖麻毒素、帚麴黴素、大觀黴素、鏈黴素及硫鏈絲黴素。